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六祖惠能大師的修行法門是“以定慧為本”，主張定慧雙修，但他主要注重“慧”學。所以他認為“定”即是“內心不亂”。如他在解釋“坐禪”的意義時說：“何名坐禪，此法門中，無障無礙，外於一切善惡境界，心念不起，名為坐。內見自性不動，名為禪。”
“今有盜法之人，潛在此會。志誠即出禮拜，具陳其事（志誠即是北宗神秀門下弟子）。”
師曰：“汝師若為示眾？”
對曰：“常指誨大眾，住心觀靜，長坐不卧。”
師曰：“住心觀靜，是病非禪，常坐拘身，於理何益，聽吾偈曰：‘生來坐不卧，死去卧不坐，一具臭骨頭，何為立功課’。”
另外薛簡與六祖有一段對話：
薛簡曰：“京城禪德皆雲：欲得會道，必須坐禪習定，若不因禪定而得解脫者，未之有也，未審師所說法如何？”
師曰：“道由心悟，豈在坐也。經雲：‘若言如來若坐若卧，是行邪道，何故？無所從來，亦無所去，無生無滅，是如來清凈禪，諸法空寂，是如來清凈坐，究竟無證，豈況坐耶’？”
惠能主張“禪不在坐”的思想，據《曹溪大師別傳》中說：大師三十二歲時，從樂昌智遠禪師學坐禪，當時惠紀禪師在那裡誦《投陀經》，大師聽到此經的大意，就認識到“今我空坐何為？”又《壇經》中惠能大師說“迷人著法相，執一行三昧，直言常坐不動，妄不起心，那是一行三昧，作此解者，即同無情，卻是障道因緣，善知識……心不住法，道即通流，心若住法，名為自縛，若言常坐不動，是只如舍利弗，宴坐林中，卻被維摩詰訶，善知識：又有人教坐，看心觀靜，不動不起，從此置動，迷人不會，便執成顛，如此者眾，如是相教，故知大錯。”大師說的這番話，正如《維摩經、弟子品》中佛叫舍利弗去看維摩居士的病時，舍利弗提出不堪任的原因，那是一天，舍利弗在“林中宴坐樹下”，維摩走到他眼前說：“唯！舍利弗，不必是坐為宴坐也。夫宴坐者，不於三界現身意，是為宴坐，不起滅定而現諸威儀，是為宴坐，不舍道法而現凡夫事，是為宴坐，心不住內，亦不在外，是為宴坐，佛所印可。”由此可知惠能大師的“禪不在坐”思想，是受到《維摩經》的啟發。第二年，大師由惠紀禪師介紹去黃梅山，參禮弘忍大師，忍大師密授他一部《金剛經》，叫他依此經弘揚大法。所以《壇經》多處記載，五祖傳法於六祖就是從講《金剛經》開始的。據史載，早在四祖道信時，就巳宣傳般若思想。到五祖弘忍大師就正式改傳《金剛經》。據敦煌本和宗寶本《壇經》載：惠能明確告訴眾弟子：“但持《金剛般若波羅密經》一卷即得見性。”
六祖大師依《金剛經》的般若思想，強調要由智慧去覺悟諸法皆空的道理，把達磨依據的《楞伽經》所主張的自性清凈思想，發展為自性本空的思想，由漸悟引向頓悟。
二、頓悟成佛惠能大師的“頓漸”說，據敦煌本《壇經》說：“何以漸頓？法即一種，見有遲疾，見遲即漸，見疾即頓，法無漸頓，人有利鈍。”
“少根之人，聞說此頓教，猶如大地草木，根性自少者，若被大雨一沃，悉皆自倒，不能增長，少根之人亦復如是，有般若之智與大智之人，亦無差別，因何聞法即不悟？緣邪見障重，煩惱根深，猶如大雲蓋覆於日，不得風吹，日無能現，般若之智亦無大小，為一切眾生自有，迷心外修覓佛，未悟自性，即是小根人，聞其頓教，又信外修，但於自心，令自本性常起正見，煩惱塵勞，眾生當時盡悟。”（《大正藏》卷48、342—340頁）
“我於忍和尚處，一聞言下大悟，頓見真如本性，是故將此教法流行後代，會學道者頓悟菩提，令自本性頓悟。”
“若悟無生頓法，見西方只在剎那，不悟頓教大乘，念佛往生路遙。”
“迷來經累劫，悟則剎那間。”
由此可見，六祖大師的頓悟說，是建立在眾生根機的“利頓”之上的，即所謂“迷即是眾生，悟即是佛，自性本自清凈。”這就是說，每個眾生自性本來就是清凈的，如有大智慧的利根之人，他即可在一剎那間轉凡成聖，這就是惠能大師的頓悟成佛思想。其頓悟思想，早在秦道生（355—434）時，就依《涅槃經》開始提倡“頓悟成佛”說，而惠能大師的“頓悟成佛”說，是改進以前的傳統思想。在“即心即佛”的基礎上更立“頓悟見性”的新思想。他所說的‘悟’和‘頓悟’，並不是指歷盡諸多苦行而證理之後的恍然大悟，指的是人們當下在每一念間，都可能從自心中頓現真如本性，都可悟得無生法忍。所以這種頓悟和《楞伽》所說的次第漸修的頓悟不一樣，他的頓悟是從般若思想中發揮出來的，換句話說就是從《金剛》、《維摩》中發揮出來的。這就是大師提倡“頓悟成佛”說的主要依據。到後來，六師的弟子對這方面又有了進一步的發展。如神會等提倡“單刀直入，直了見性，不言階漸。”而形成了不須方便的法門。
三、得法偈五祖將付衣法之時，其弟子神秀在壁上寫了一首偈是“身是菩提樹，心如明鏡台，時時勤拂試，勿使惹塵埃。”又有弟子惠能聞後，也叫人代筆寫了一首偈是“菩提本無樹，明鏡亦非台，本來無一物，何處惹塵埃。”
從表面上看，惠能得到了五祖忍大師的衣法親傳，就是因為這一偈頌比神秀高深。其實不盡然，神秀所說的“身是菩提樹，心如明鏡台”，正如經中說的“煩惱即菩提，生死即涅槃。”按道理下面二句應接“本不容拂拭，亦不染塵埃。，／然而這並非一般人所能了達的，所以神秀不得不為中下根機人寫道“時時勤拂拭，勿使惹塵埃”。因此，五祖只是說：“但留此偈與人誦持，依此偈修免墮惡道，依此偈修有大利益，盡誦此偈，即得見性。”
而惠能說的“菩提本無樹，明鏡亦非台，本來無一物，何處惹塵埃。”這是為人解粘去縛，是從理上說的，所以五祖還是說“亦未見性”，不過弘忍大師對惠能從初見面就知道他是利根上智之人，才叫他三更入室，為他說《金剛經》。講到“應無所住，而生其心”時，惠能大悟，知道了“一切萬法，不離自性”，於是說：“何期自性本自清凈，何期自性本不生滅，何期自性本自具足，何期自性本無動搖，何期自性能生萬法。”到此時五祖知道惠能已經體悟到“本性”，所以才獨傳衣法給他。
五祖之所以將衣法傳給惠能，是因其有頓悟的根器。正由於禪宗的宗旨是“明心見性”，自達摩起“一脈相承”，而到六祖惠能卻是以“借教悟宗"。依四卷《楞伽》轉而暢說《金剛般若》。般若須頓得，如《金剛經》說：“般若波羅密，即非般若波羅密，是名般若波羅密。”此三句要求人在一剎那際悟得，即是頓悟的般若。
因此，我們不能從得法偈上去分優劣，也不能於“南頓北漸”上去分高低。正如經中所說：“佛法平等，無有高下。”又如佛在菩提樹下悟道時第一句話說：“奇哉！奇哉！大地眾生皆有佛性，只因妄想執著而不能證得。”這就說明是我們眾生的根機有利頓，佛方“應機設教”。而法卻是平等不二的。故此佛說八萬四千法門，眾生因機而入，從而產生難行門、易行門。然就其總的說來，佛法是沒有高下的。那麼我們就應以平等無分別心，來悟入佛之境界。
