現在，我們將進入修行道上最精髓的部分，也就是上師瑜伽的修持。藉此，智慧可以自然且不費力地在我們心中顯現。上師瑜伽即是密乘之無上密意，究竟密意，圓滿密意。
【上師即佛亦即法，如是上師即僧眾，一切能作乃上師，師為具德金剛持。】
從各方面看來，我們的根本上師的功德與能力，和過去諸佛毫無差別，但他對我們顯示的慈悲則更偉大。怎麼說呢？因為，他是真正指引我們解脫之道的人。我們應深深感念此獨特的恩慈，並永遠尊崇上師如同佛陀本人，上師集三寶功德於一身。
過去、現在已證悟，或未來將證悟的諸佛，均靠依止上師而成就。一切法教中，最甚深的心地法門、大方廣、大手印和大圓滿，其證悟乃是虔誠心，而非體力和智力上的造作。以堅定不移和專一的虔誠心視上師為佛，其所作所行皆圓滿無瑕；然後，他的加持，亦即諸佛心性的智慧，將自然流瀉於我們。遵照其指示修行，當一切的疑雲與躊躇消釋時，他的悲光將照耀我們全身，讓我們充滿喜悅的暖流。
傳說中世界的統治者——轉輪聖王，不論去哪裡都隨身帶著奇妙的寶輪，以得到統治四大部洲的力量。同樣的，如果我們永遠保持虔誠心，它會帶給我們在解脫道上輕易前進的力量。如世尊所說：我永遠與虔誠者同在。如同湖面清澈澄凈時，最能映顯出月色的皎潔明亮般，當我們的信心堅定明澈時，上師的加持也會更強而有力。
經由上師的加持，可以最快速地獲得證悟。「上師之意為佛，上師之語為法，上師之身為僧；上師具現諸佛智。」
將此銘記於心，如對本尊阿彌陀佛般地向上師祈請：「上師心乃不變法身；上師語乃無盡報身；上師身乃大悲遍滿之化身；祈請四身本俱之上師。」
向與本尊阿彌陀佛無二無別的上師祈請，是上師瑜伽的根本精華。「上師瑜伽」的字義是「與上師的本性合一」。將我們的心與上師的心融合為一，是一切修行中最深奧的，也是證悟的最短捷徑。他是修道的生命力，也是總攝一切教法的修持法。藉由依止上師，過去一切菩薩得以生起菩提心，並證得圓滿果位。例如，常啼菩薩為了懇求上師收他為弟子，願意供養任何東西，甚至自己的血肉；而善財童子跟隨過的上師，超過一百四十三位；禪宗二祖慧可，向上師斷臂求法。
【上師祈禱文：慈悲偉大的上師，我生命的航燈，您是如此完美而神聖，我要向您表達我的感恩和贊美。您源自空性的如來藏，是諸佛的光明化身，帶著偉大使命，賜予我智慧和能量。我卻沒有好好追隨您，導致證悟的延緩。對不起，請原諒！我非常愛您，今後我將以您為榜樣，尊師如父，事師如佛，精進修行！祈願您一如既往地加持我，讓我時時感沐三寶的慈悲，身語意融入佛陀的悲智光明。】
因此，於一切時，於一切處，發自深心肺腑地向上師祈請，是非常重要的。坐時，觀想他在我們的頭頂，向他祈請；行時，觀想他在我們的右肩上，向他頂禮繞行；進食時，觀想他在我們的喉間，將食物轉化為最清凈的甘露向他供養；將入睡時，觀想他在我們心中，坐於四瓣紅蓮上，放光普照全宇宙。我們所經驗到的一切歡愉，所有美好的景象與音聲，生命中的一切喜悅，在心中將它們無限加倍後，獻給上師。當我們的處境愉悅、諸事如意時，思惟這全是他的慈悲所致，如夢如幻的無執享受我們所擁有的一切。當我們因疾病、悲傷、或惡劣的遭遇而沉沮時，反省這其實也是上師的慈悲，讓我們有機會藉此困境，清凈過去的惡行與業債，並發願希望所有眾生的痛苦都加諸於我們，讓他們毋須再受苦。
若我們還能將一切眾生及自我，視為本尊阿彌陀佛的化身，那麼我們認為「貪嗔痴」為實的執著將會消失，這些煩惱的力量也無法再對我們的生命或修行形成障礙。將一切眾生及自我之「貪」，視為佛性之喜樂本尊；將一切眾生及自我之「嗔」，視為佛性之忿怒本尊；將一切眾生及自我之「痴」，視為佛性之寂靜本尊。就算雷電交加、山崩地裂、群獸進逼或者粉身碎骨、身敗名裂，如果我們的心充滿了對阿彌陀佛的憶念，並全心依止他，我們將無所畏懼。在死亡的時刻，我們如果只想著阿彌陀佛，對於中陰的恐怖幻境便毫無懼怕，此時阿彌陀佛將引領我們，進入殊勝證悟領域。但是，若我們被恐懼淹沒，在逃奔或躲藏間驚惶失措，我們將悔恨終生，在死時也無法克服中陰的虛妄恐懼。
一切佛經、密乘的至高修行，都可濃縮為對上師的虔誠心，這些法教也盡攝於持誦「南無阿彌陀佛」六字聖號的修行中。牢記對上師的虔誠心，是一切證悟之源；而上師瑜伽的精髓，也就是將我們的心與阿彌陀佛的本性融合為一，是一切修持中最深奧的。請一心持誦「南無阿彌陀佛」六字洪名。
「南無」就是皈依、歸命之意。我們應發願，為了一切眾生皆得成佛而皈依。無論處於順境或逆境，我們都願以真誠的信心供養身、語、意予阿彌陀佛，全然依止他，這就是完全具義的皈依——大乘的真實皈依。
皈依阿彌陀佛，可依「外、內、密」三層面來說。在外的層面，阿彌陀佛是佛、法、僧三寶；在內的層面，他是上師、本尊和護法三根本；在密的層面，他是法身、報身、化身三身。因此，皈依絕不只是一個前行或初學者的修行而已；事實上，皈依的深意涵蓋了直至成佛的完整修道。盡管有各種不同程度的皈依，但只要堅信上師與阿彌陀佛無二無別，是三寶一切表相的唯一精髓，依此信心持誦六字聖號，便能圓滿一切的皈依。
