楊曾文
內容提要：在清初東南地區紛亂之際，臨濟宗高僧隱元應請東渡日本九州傳法，後來在江戶幕府的支持下，在宇治建立黃檗山萬福寺作為傳法中心，成立在已有的日本臨濟宗、曹洞宗之外建立了黃檗宗，培養眾多弟子，將中國明清佛教文化乃至寺院建築藝術、書畫、篆刻等介紹到日本，對日本佛教和文化產生重大影響。論文依據國內少見的新編《隱元全集》對此作了詳細而系統的介紹。
關鍵詞：隱元 隆琦 臨濟宗 黃檗山 萬福寺
作者楊曾文，中國社會科學院榮譽學部委員、世界宗教研究所教授、博士生指導教師，中國佛教文化研究所所長、中國佛學院研究生導師。
在清初隱元東渡之前，日本流傳的禪宗有臨濟宗和曹洞宗，皆是在中國南宋時傳入的。臨濟宗先後受到鐮倉幕府(1192－1333)、室町幕府(1336－1573)時期以將軍為首的武士階層以至皇室、貴族的支持，特別是其中以五山十剎為中心的主流派——五山派不僅在社會政治、文化上有很大影響，甚至外交方面也發揮過重要作用。臨濟宗中以大德寺、妙心寺為中心的所謂應、燈、關(大應國師南浦紹明、大德寺初祖大燈國師宗峰妙超和妙心寺初祖關山慧玄)派，是屬於五山十剎以外的林下派，曾長期受到當政幕府的冷落，並且兩寺皆遭受過戰火的焚毀，直到進入15世紀以後在擁有實力的武士集團的支持下才得以復興和發展。曹洞宗也曾屬於林下派，長期在本州北部山村一帶傳播，在進入14世紀以後逐漸擴展到本州東北部、中部乃至九州的廣大地區。
隱元屬於中國臨濟宗楊岐派的法系，上承唐代臨濟義玄……宋代汾陽善昭……慈明楚圓……楊岐方會……圓悟克勤——虎丘紹隆……無准師范——元·雪岩祖欽——高峰原妙——中峰明本……明代幻有正傳——密雲圓悟——費隱通容的法系。據隱元弟子獨往性幽為獨耀性日所編《黃檗隱元禪師年譜》寫的《年譜乞言小引》所說，隱元「系曹溪正脈三十六世、臨濟正傳三十二世」。然而隱元所傳的臨濟宗在禪法上已經融會凈土念佛法門，與日本所傳的臨濟宗有顯著差別，並且讀經重漢音，又得到江戶幕府的支持在京都宇治單獨建傳法中心——「黃檗山萬福寺」，從隱元開始連續十四代住持皆是來自中國的漢僧，故被稱為黃檗派、黃檗門派，在日本進入近代以後正式稱為黃檗宗。這樣，日本在原有禪宗臨濟宗、曹洞宗之外，又新增加了黃檗宗。
一、隱元的語錄和著作
本文為了論述方便，先將記載隱元生平及其語錄、著述的各種資料進行介紹。現在日本收載隱元資料最全而且最便於查閱的著作是平久保章編、日本開明書院1979年出版的十六冊《隱元全集》。其中所載隱元的各類資料有：
(一)《黃檗隱元禪師語錄》，十六卷，嗣法門人海寧、海珠、明光、如沛、性樂……性杲等人編。記載隱元在清順治十一年(1654)出發到日本長崎之前在福建福清縣黃檗山的說法語錄及著作(頌古、法語、書信、詩偈、碑記等)。其中卷十有載錄隱元在清順治八年(辛卯歲，1651)十一月三十日自述生平的《行實》。
(二)《隱元禪師續錄》，二卷。門人興燄、侍者性尊編，也是赴日前語錄及著述。
(三)《黃檗和尚扶桑語錄》，十六卷，門人興燄、如一等編，到達日本後，先後在長崎興福寺、崇福寺、攝津普門寺的語錄及法語、拈古、代古、書問、答問題贊、雜著等。
(四)《黃檗和尚太和集》，門人性瑫、如一編，寬文元年至寬文四年(1661－1664)住持日本黃檗山萬福寺的語錄、法語、書問、小佛事、頌古、題贊及雜著。原一卷，後增加為四卷。前有寬文三年(癸卯歲，1663年)「素庵會道人」寫的序，稱頌隱元東來日本，「舉地皈依，為東國開天之祖，真與折葦西來之意津津然有合也」，「以無相、無念、無住接人，直把四大部洲入一毛孔，殆亦達磨後身也」，「人向宗門者，當以臨濟為宗也已，抑又向臨濟者，又當以大師為宗也已」。
(五)《佛祖像贊》，一卷，刊印於日本寬文二年(1662)，前有隱元的序，載錄自釋迦佛至西天二十八祖、東土六祖及此後一世南嶽懷讓至三十五世費隱通容禪師的祖師像(從二十五世萬峰時蔚至三十三世幻有正傳禪師無像)、略傳及贊。
(六)《黃檗隱元和尚雲濤集》，一卷，門人性願記錄，載錄隱元東渡日本前作的詩偈、題贊等，除一首外，已分別載錄於前述黃檗隱元禪師語錄、隱元禪師續錄之中。
(七)《黃檗隱元和尚雲濤二集》，八卷，侍者性瑩、性派編錄，在日本長崎興福寺、崇福寺及攝津普門寺等地的詩偈。
(八)《黃檗隱元和尚雲濤三集》，四卷，侍者性派、性潡編錄，在日本京都黃檗山萬福寺晉山前後的詩偈、歌贊等。
(九)《黃檗和尚松隱集》，三卷，侍者道澄編錄，隱元在寬文四年(1664年)退隱松隱堂，此集中載錄他在翌年著的七言五言詩偈、歌及題贊等。此後，隱元於寬文六年、七年所作詩偈等，分別由侍者道澄、性派等人編錄為《黃檗和尚松隱二集》、《黃檗和尚松隱三集》。此外，隱元還有《擬寒山詩》、《又擬寒山詩》各百首。
(十)《普照國師廣錄》，三十卷，門人南源性派等據隱元在中國、日本的說法語錄、法語、詩偈等摘錄編纂而成，其中的中國傳法部分比較忠於原錄，日本部分有省略及改動的地方。有以往語錄中沒有的內容，重要的有：隱元像一、《上黃檗開山大光普照佛慈廣鑒國師全錄表》、《黃檗老和尚奏對機緣》、後水尾法皇、光格上皇的賜號加號書翰四、《隱元禪師語錄序》等。
在平久保章編《新纂校訂隱元全集》附錄冊中，載有隱元門人南源性派在高泉性潡協助下編錄的《普照國師年譜》二卷，前一部分逐年附錄原由侍者獨耀性日編錄、在隱元到日本後於承應三年(1654)刻印的記述隱元從出生至六十四歲事跡的《黃檗隱元禪師年譜》。上卷記載隱元從出生至清順治十年(1653)六十二歲、下卷記載隱元從順治十一年(日本承應三年)六十三歲赴日至寬文十三年(1673)四月八十二歲在日本去世前的年譜。
日本《大正新修大藏經》(《大正藏》)第八十二卷，載有《普照國師語錄》三卷，取自前述《黃檗和尚扶桑語錄》、《黃檗和尚太和集》中隱元到日本以後在長崎興福寺、普門福元寺和黃檗山萬福寺的部分傳法語錄；《普照國師法語》二卷，當取自隱元在中日兩國向弟子或參禪者所作開示的書信或筆錄。此外，尚有《隱元和尚黃檗清規》是隱元為日本黃檗寺制定的清規。
筆者參考前述隱元自述生平的《行實》及其弟子性日、性派相繼所編《普照國師年譜》(以下皆簡稱《普照年譜》)，並著重參考隱元赴日後的傳法語錄對他的生平和禪法思想作概要介紹。
二、隱元在東渡前的經歷
隱元隆琦(1592－1673)，隱元是號，名隆琦，明萬曆二十年(1592)十一月初四生於福州福清縣靈得里(現為福建省福州市福清市上逕鎮)東林村。俗姓林，名曾昺，兄弟三人，排行第三，二哥出家為僧。父林德龍，農耕為業，在隱元六歲時離家入楚(泛指今河南、湖南、湖北一帶)遠遊後，一直沒有音訊。
家業素淡，隱元九歲就學，然而因貧翌年廢學，與長兄從事農樵以扶養老母，維持生計。隱元在十六歲時，在觀察星月流轉等自然現象之際，常思考天地萬象「誰系誰主」等玄奧問題，感到「此理非仙佛難明」，逐漸萌發慕佛出家的念頭。 二十歲時，以父游未歸為由拒絕母與長兄為己娉妻。第二年在得到母親諒解後，攜此娉金為路費踏上外出尋父的路途，先後到過豫章(今江西南昌)、金陵(今江蘇南京)等地，後輾轉至寧波、舟山，皆未找到。其間，雖逢到母舅、族叔勸他早日回家，他皆不聽。隱元二十三歲時，到南海普陀山(在舟山島東的小島)觀音道場進香，祈願找到父親，在看到佛剎勝景之後，更堅定出家之念，於是投到潮音洞主的門下以「道人」身份擔任為香客燒茶的「茶頭執事」。此後回家看望母親，在家奉養老母近五年。隱元二十八歲時，母親去世，請當地黃檗山寺法師為母舉行禮懺超度法會過程中，認識了寺中興壽鑒源法師，聽從他的勸告，捨棄到外地出家的念頭。明泰昌元年(1620)，隱元二十九歲時，在黃檗寺禮興壽為師正式出家為僧。
黃檗寺或黃檗山，全名是黃檗山萬福禪寺，因山寺多有黃檗(即黃柏)樹，故以黃檗為名。原建於唐貞元年間(785－804)，馬祖再傳弟子黃檗希運禪師(謚「斷際禪師」，？－855)曾在此出家。此後歷經五代、宋，長期頹廢不振，至明朝經中天正圓、覺田法欽、興壽鑒源，興慈鏡源，再經密雲圓悟、費隱通容、隱元隆琦幾代法師的努力，才使黃檗寺得以振興，成為東南名剎。
明代黃檗寺初祖中天正圓(？－1610)，致力重建和振興黃檗寺，為提高寺的聲望，在明神宗萬曆二十九年(1601)赴京請賜「龍藏」(當為明北藏)，然而苦等八年沒有得到而在京去世。徒孫興壽鑒源、興慈鏡源入京繼之。又經過六年(當為萬曆四十二年，1614)，在首輔大學士(宰相)葉向高 的支持斡旋下，才得到皇帝所賜藏經一部六百七十八函及金、敕書、寺額、紫衣等，在寺建藏經閣收藏藏經作鎮山之寶。 從此，黃檗寺聲振東南叢林。隱元出家之師就是興壽鑒源(？－1626)，他被後世奉為黃檗寺「護藏賜紫」禪師。
密雲圓悟(1566－1642)，號密雲，俗姓蔣，宜興人。二十九歲時到荊溪(在今宜興)龍池山禹門禪院從幻有正傳(1549－1614)剃度出家，從受臨濟宗楊岐派禪法。明神宗萬曆四十五年(1617)繼師住持龍池禪院，此後應請住持天台山通玄寺、嘉興金粟山廣慧寺、福清黃檗山萬福寺、寧波阿育王山廣利寺、天童山景德寺、金陵大報恩寺等名剎，名聞南北叢林。密雲是在明思宗崇禎三年(1630)三月至八月住持黃檗寺的，時間不到半年。他的嗣法弟子很多，著名的有長沙府溈山五峰如學、蘇州府鄧尉山漢月法藏、西蜀夔州雙桂破山海明、杭州府徑山費隱通容、嘉興府金粟石車通乘、贛州府寶華朝宗通忍、常州府龍池萬如通微、寧波府天童山翁道忞等。有《密雲禪師語錄》行世。
費隱通容(1593－1661)，號費隱，俗姓何，福建福州人。十四歲出家，先後參學於曹洞宗無明慧經(號壽昌)、湛然圓澄(號雲門)以及無異元來(號博山)的門下，皆未契悟，明熹宗天啟二年(1622)在紹興吼山護生庵參謁密雲圓悟，從受臨濟禪法。天啟七年(1627)密雲住持嘉興金粟山廣慧寺住持時，他受命任西堂首座。崇禎三年(1630)圓悟遷住福清黃檗山萬福寺，他跟隨身邊。崇禎六年(1633)應請住持黃檗山萬福寺，三年後辭職。此後先後住持過溫州法通寺、嘉興金粟山廣慧寺、寧波天童寺、松江超果寺、崇德福嚴寺、杭州徑山萬壽寺等。嗣法弟子有隱元隆琦等。著有《五燈嚴統》(1653年)、《五燈嚴統解惑編》(1654年)、《祖庭鉗錘錄》、《叢林兩序須知》等。 其中《五燈嚴統》因為將原屬青原行思——石頭希遷法系的雲門宗、法眼宗皆列入南嶽懷讓——馬祖道一的法系，並且稱當時曹洞宗高僧無明慧經、湛然圓澄及其嗣法弟子「未詳法嗣」或「未承付囑」，予以貶斥而不載錄，受到曹洞宗激烈批駁和抨擊，甚至遭到毀板。
隱元出家後，為興修黃檗寺決定到京城化緣，因京城戒嚴不得已暫住紹興，曾到雲門寺參謁曹洞宗湛然圓澄禪師，聽他講《大涅槃經》，碰到從京城回來的時仁法師，向他問「依經解義，三世佛冤；離經一字，如同魔說」，應當如何解釋？然而時仁卻迴避正面回答，說：「三十年後向汝道。」他認為受到戲弄，感到氣憤。然而此事對他影響很大，使他經常思考禪宗講的佛法既不「依經解義」，又不隨意離經妄說的道理，激勵他遍參諸方名師。天啟六年(1624)在嘉興金粟山廣慧寺參謁密雲圓悟和尚，問：「學人初入禪門，未知向甚麼做工夫？」密雲答：「我這里無工夫可做，要行便行，要住便住，要卧便卧。」又問：「蚊子多卧不得時如何？」密雲打他一把掌。他經過七晝夜考慮似有省悟，日夜坐禪參究。在密雲門下參學五年，在同參道友中以應對敏捷、善作偈頌知名。崇禎三年(1630)三月密雲和尚應請住持黃檗寺，招他隨從同往，不久受命南下化緣，八月回歸時密雲已到寧波。此後，隱元應請住持福清縣獅子岩寺，攜弟子「刀耕火種」，「種薯蔬為食」，在岩的絕頂修行。崇禎六年(1632)費隱通容應請住持黃檗寺，請隱元為西堂(曾在他寺任住持而今客居本寺者)輔佐他傳法。隱元不信仍回獅子岩寺，當地居士儒者夏春元、龔士龍前來問道，論「儒釋一貫之旨」。
崇禎十年(1637)，隱元應黃檗寺僧眾和護法居士之請，繼通容之後住持黃檗寺。翌年，開閱五千餘卷的《龍藏》(當為明北藏)，「用酬祖德，以報皇恩」，以連續千日為期。他在寺中為進京求經的中天正圓造塔，並建「梅福庵」供養。福清知縣凌鏡汭入寺參謁，問：「畢竟如何是不與萬法為侶？」他答：「百花叢里過，一葉不沾身。」意為「不與萬法為侶」的真如佛性雖顯現為萬物，又超越於萬物。此後，他為了重興寺院殿堂派出寺僧四處化緣籌資，六年後竣工，寺院煥然一新。崇禎十七年(1644)隱元請同學亘信出任黃檗寺住持，自己前往嘉興金粟寺探望費隱禪師，被任為前堂首座，不久應請赴崇德縣(在今浙江桐鄉縣)住持福岩寺。
此時中國政治形勢發生急劇變動。明崇禎十七年(1644)，李自成率農民起義軍攻入北京，推翻明朝。接著，清軍入關，攻入北京，清世祖即皇帝位，建元順治。李自成被迫率兵撤出北京西至山、陝，翌年兵敗被殺。清朝派重兵南下陸續佔領江南大部地區，清順治三年(1646)攻佔福寧、福州、泉州、漳州等福建很多地方。清兵所到之處對漢人野蠻屠殺、掠奪和焚毀房屋。自明朝被推翻至順治十六年(1659)為止，先後有在南京即位的福王弘光帝、在浙江的「監國」魯王、在福州即位的唐王隆武帝、在廣東肇慶即位的桂王永曆帝等明朝的殘余勢力，組織武裝進行抗清鬥爭，皆以失敗告終。鄭成功(1624－1662)，父鄭芝龍，曾擁戴在福州即位的隆武帝政權，隆武二年(1646)在其父降清後起兵反清，後擁戴永曆帝政權，長期以廈門(先後稱中左、思明)、金門等地為據點開展抗清復明的武裝鬥爭，從1653至1657年利用清廷提出「和議」的時機聯合南明殘部攻復浙江、江蘇和福建沿海很多失地，甚至有興師北伐之舉。1661年鄭成功率兵從荷蘭殖民者佔領下收復台灣，翌年在台灣病逝。康熙二年(1663)清兵最後平定福建。 隱元東渡及剛到日本時與家鄉的聯繫就是在這樣一種社會背景下進行的。
在明福王弘光元年(1645)二月清兵迅速南下之際，隱元南歸，經過福州時應請到諸寺說法，又應當地士紳之請住持長樂縣龍泉寺，遠近前來問道或請他說法者絡繹不絕。當時清兵已逼近福州福清一帶，黃檗寺僧人及護法居士緊急會商，決定請隱元立即回來住持寺院。隱元在順治三年(1646)正月底回黃檗寺。此年九月清兵在汀州(今福建長汀)將唐王隆武帝及近臣等殺害。清兵攻破福州，殘殺城中居民十之八、九，翌年三月攻陷福清海口、鎮東二城，殺居民數千人。隱元率眾前往海口、龍江兩地修水陸法會超度亡靈，並作偈五首哀輓，其中有「故國英賢何處去，唯余孤月照空城」；「兩城人物今何在，一陣悲風起骷髏」；「愧無道力資君福，聊借金風剪業花」等句 ，反映了他對明亡和民眾慘遭清兵屠殺而自己無力救助的悲憤心情。在戰亂日益加劇的年月，他帶領弟子「清淡自守」，挑擔入市賣柴以維持寺院日用。順治九年臘月初八(已進入1652年)，隱元在開戒儀式宣讀疏文至「開戒於洪武十年，善述於成祖昭世，列聖恩深，今皇德生」時，不禁「傷感涕泣，不能仰眾」，可見他對明朝的眷戀深情。他還為擁戴南明政權參加抗清活動的殉節死難的士大夫林化熙、黃道周、錢肅樂等人寫輓詩或祭文，經辦葬禮，表示自己對他們的欽敬和讚歎之情。 當時一些不甘心做清朝順民的儒者士大夫有的出家為僧。隱元赴日前剃度三山儒者歐全甫出家，授法名性幽，字獨往，讓他修《黃檗山志》八卷；又剃度海寧儒者姚興出家，授法名性日，字獨耀，讓他擔任身邊的記室(書記)。
三、應邀赴日傳法
清順治八年(1651)，日本長崎崇福寺邀請隱元的弟子、莆田鳳山寺也嬾性圭任東渡擔任崇福寺首座，然而不幸途中遇難喪身大海。消息傳來，隱元含悲著偈哀悼。
從清順治九年(壬辰歲，1652)四月至第二年(癸巳)十一月，日本長崎興福寺住持逸然性融和在家信眾(檀越)連續托商船主甚至派專使給隱元送信和禮物，請他東渡傳法，然而隱元開始以年老等為由一再復信婉絕，直到收到逸然派弟子古石送來第四次邀請信(《第四請啟》)，被對方的至誠深為感動，才復信表示同意東渡傳法，偈稱：「三請*輪能不退，千秋道振在斯時」。 順治十一年(1654)，隱元六十三歲，前後住持黃檗寺達十七年，五月在將寺院傳付弟子慧門如沛住持之後，辭別前來挽留的僧俗信眾後，與弟子多人踏上南下東渡的日程，途中應請入莆田鳳山寺、泉州開元寺暫住說法，六月到達中左(今廈門)。
當時中左是擁戴南明桂王永曆帝積極開展抗清鬥爭的鄭成功的重要基地。他對隱元到來表示歡迎，還特地送上齋金供養，後撥船護送。隱元在中左時，已為鄭成功收編的鄭彩與諸將前來參謁。《普照年譜》記載：「六月初三至中左，寓仙岩，藩主送齋金供養。建國鄭公暨諸勛鎮絡繹參謁，師以平等慈接之，各盡歡心而去。……二十一日，藩主備舟護送。」其中的「藩主」即鄭成功，因他在順治三年(1646)從隆武帝受封「忠孝伯」，順治六年(1639)從永曆帝受封「延平公」，後受封「延平郡王」；《黃檗隱元禪師年譜》稱之為「國姓公」，是因為他曾從隆武帝受賜朱姓。「建國公」即鄭彩，原為鄭芝龍部將，鄭降清後與其弟鄭聯在浙、閩沿海抗清，迎明宗室魯王監國入閩，受封「建國公」，後被鄭成功收編。現存鄭成功緻隱元的一封信提到此事，其中說：
得侍法教，頓開悟門，執手未幾，忽又言別，只有臨風神想耳。但日國之人雖勤勤致請，未知果能十分敬信，使宗風廣播乎？……倘能誠心皈依我佛，自當駐駕數時，大闡三昧。不然，不必淹留歲月，以負我中土檀那之願。況本藩及各鄉紳善念甚殷，不欲大師飛錫他方。所以撥船護送者，亦以日國頂禮誠深，不忍辜彼想望之情也。……法駕榮行，本藩不及面辭，至次早聞知，甚然眷念，愈以失禮為歉。(陳智超等編《旅日高僧隱元中土來往書信集·隱元所收中土來信之六》)
可見，在隱元滯留中左的近二十天中，鄭成功對隱元十分欽敬，曾當面聽隱元宣說禪法，雖撥船護送然而他沒有前往告別，希望隱元到日本後看傳法情況再決定是否長住，如果情況不理想就早回國。
隱元向前來送行的僧俗弟子告別，在《江頭別諸子偈》中表示：「暫離故山峰十二，碧天雲凈是歸期。」 表示他只是暫離故土，到「碧天雲凈」時還要回來。然而何為「碧天雲凈」？也許意味社會安定政治清明，也許他對復明還存在希望。
當年七月初五船到達以「多船、多僧、多瑞雪」著稱的長崎，逸然率僧俗信眾把隱元一行請進興福寺。長崎二位行政長官(「長崎奉行」)前來參謁。隨隱元同到日本的弟子有30多人，其中有的後來回到國內，留在日本的著名弟子有大眉性善、慧林性機、獨言性聞、獨湛性瑩、獨吼性獅、南源性派、唯一道實等人；嗣後來者有木庵性瑫、即非如一等人。
當時是日本後光明天皇承應三年(1654)，主持幕府軍政的是第四代將軍德川家綱。他在德川家光之弟保科正之、大老井伊直孝、酒井忠勝、老中松平信綱等重臣的輔佐下十分重視文教事業。
隱元到長崎的第二天便舉行住持東明山興福禪寺的開堂儀式。按照中國禪宗傳統拈香祝聖做法，連續拈香三次，向皇帝、州府及自己的師父祝壽祝福和報法乳之恩。然而隱元在這一場合，連續拈香五次，分別祝「今上皇帝(天皇)聖壽無疆，伏願皇圖與佛國鞏固，帝道共祖道齊彰」；大將軍(幕府將軍)「威鎮天下，德被蒼生」；長崎檀越(此特指行政長官)「仁政如青天白日，德相如古柏蒼松」；興福寺外護居士長者「般若現前，照見本來無一物」；興福寺僧眾「傳臨濟正宗如龍如虎」；為在餘杭徑山傳法的師父費隱通容「酬法乳之恩」。在當年元旦特地上堂祝聖說法，說：
唯祈四海無虞，處處村歌社舞，人人咸樂堯天，是以陰陽和，瑞物生；師資和，學業成；君臣和，天下平；父子和，家門興。而我格外衲僧，慕忠義之國，樂太和之風，以道教人，無往而不化；以德先人，何莫而不從，一言契會，萬里同風。
隱元在明曆元年(1655)三月應請住持長崎聖壽山崇福禪寺，十一月又應請到攝津(在今大阪)住持慈雲山普門寺，在上堂儀式拈香祝聖和日常說法也說了類似上述詞語，也以忠孝慈悲教化信眾。可以認為，隱元對日本的社會情況是有所了解的。他通過拈香祝聖和上堂說法，表明自己對日本雖尊奉天皇為全國最高首領然而實權歸幕府將軍把持的政治體制，對佛教傳播須在地方政府保護和管理之下的制度是認可的，並且在弘傳禪宗「即心即佛」、「明心見性成佛」的基本宗旨的同時，還向官民、僧俗宣示彼此協調和諧和忠孝仁慈等倫理思想，可以消除官府對他一行到來的戒心，並能贏得廣大民眾的好感和支持。隱元在住持攝律普門寺後，盡管「碩德高士聞風而至者」很多，然而仍引起一些人的猜忌，如《普照年譜》所說：「四方道俗，疑信相半」。當時日本佛教界既有天台、真言諸宗，還有禪宗的臨濟、曹洞二宗，各宗內部又有不同派別，出現這種現象是很自然的。隱元對此泰然處之。確實，這種現象並不反映主流。隱元來到日本傳法的消息迅速傳向四方，親自前來或通過書信向他問道求法的人很多，其中也不乏擔任地方行政長官的人。
在隱元傳法和建立宇治黃檗寺過程中，曾得到日本臨濟宗妙心寺派中不少禪僧的熱心幫助，其中著名的有屬於妙心寺靈雲派龍安寺的龍溪宗潛(後改性潛)、龍華院的竺印祖門，還有妙心寺仙壽院的禿翁妙周、大雄院的萬拙知善、慧照院的大春元貞、大坂大仙寺的湛月紹圓、廣島禪林寺的虛欞了廓等人。龍溪和禿翁出於振興妙心寺的意願，不顧妙心寺開山祖師關山慧玄遵照花園法皇旨意制定的「一流」相承的寺規，曾打算讓剛到長崎的隱元到妙心寺擔任住持，然而由於遭到妙心寺主流派的反對而未能實現，不得已請隱元住持原由龍溪住持的攝津普門寺。
隱元到日本後與福清黃檗寺和其師費隱通容一直保持密切的聯繫。他在住持興福寺的第二年七月派人回國給費隱送信，解釋日本長崎方面原請也嬾性圭，然而因遭遇海難未能實現；他因為他們的「懇請再四」所感動，才同意東渡，似乎是「子債父還」。費隱為「吾道東矣」感到高興。隱元原無長留日本的打算，出國前曾答應黃檗寺僧俗信眾三年後回山，因此在他入住攝津普門寺後的兩年間連續收到黃檗寺及其師費隱通容的書信，催促他踐行三年回山之約。隱元一再向龍潛表示要回國，然而皆因受到執意挽留而未能成行。(《普照年譜》)
四、黃檗山萬福禪寺的創立
龍溪宗潛為了使隱元在日本能展開弘法活動，親自到江戶幕府進行斡旋和溝通。萬治元年(1658)九月，按照幕府的安排，隱元在龍溪陪同下到江戶傳法，住入天澤寺，受到民眾熱烈歡迎。十一月，德川家綱接見隱元，賜贈袈裟和金。隱元皆用來舉辦放生法會，為日本國民祈福。在這期間，他受到擔任幕府擔任重大職務的大老酒井忠勝(後出家名空印，1587－1662)、老中稻葉正則(1623－1696) 等人的信敬。酒井忠勝請隱元到長安寺為其父酒井忠利去世三十五周年舉行「遠忌」法會，並拈香向他問法。稻葉正則新建成養源寺，請隱元前去主持奉安佛像儀式。隱元回到普門後，曾應請到京都等地參觀了很多名寺，對日本佛教有了更多了解。隱元在日本的名聲日著，向他求法問道者也越來越多。
萬治二年(1659)六月，幕府將軍德川家綱下令允准隱元在京都擇地建寺傳法。隱元選擇在京都南邊的太和山(宇治郡大和田莊)建寺，在幕府的直接過問和支持下，寬文元年(1661)八月寺初步建成。隱元為不忘本，以福清黃檗寺之名命名，寺額為「黃檗山萬福禪寺」。從此有「西黃檗」(「古黃檗」)和「東黃檗」(「新黃檗」)之稱。隱元在攜弟子進山居住之後繼續擴建，建成以法堂為中心，左右建有方丈室、開山壽塔、禪堂、鐘樓、浴室等建築的莊嚴恢宏的寺院。隱元認為日本寺院造像「不甚如法」，特請福建的名匠范道生負責造像，又命擔任監院的弟子大眉性善督造韋陀、伽藍祖師、監齋等像，因而寺院造像精美，並且保持明代造像的風格。寬文三年(1663)正月十五日，龍溪宗潛奉德川家綱之命請隱元在黃檗舉行隆重的「祝國開堂」儀式，德川家綱親自臨席。隱元拈香為皇帝(天皇)、大將軍、「主國太宰、輔弼功勛」(幕府大老、老中等重臣)、「主京尊官、法護長者」(在京都臣僚)等祝壽祝福，其中祝將軍「不令而化」，「不言而彰」，祝幕府重臣「德政明如青天，護民如保赤子」……， 這些看似是搬弄套話，然而在當時對維護以德川氏為首的幕府體制，營造上下和諧的社會氣氛是有積極意義的。
德川家綱(《普照年譜》稱為國主)施贈黃檗寺僧糧四百石，隱元書偈致謝，其中有「靈苖秀髮三冬實，一眾飽參祝聖人」之句。此後，德川家綱還施贈隱元白金二萬兩及來自西域的木材為擴建黃檗寺用。後水尾太上法皇曾召龍溪入宮問法，對他表示敬信，特地托他請隱元開示禪門「法要」。隱元答之以「別無言說，惟放下身心，覷破無位真人(按：喻指自性)，自徹自悟」等宗旨，得到後水尾法皇的讚賞和敬重，從此與隱元有文字交往並多次給予賞賜。法皇還賜舍利寶塔，隱元特建舍利殿供養。這為隱元和黃檗寺開展傳法活動提供了十分優越的條件。隱元在七十六歲應參觀奈良諸寺時，據載「四眾追隨參禮者日以萬計」，說明他在日本佛教界已經有很大的影響。
隱元自寬文四年(1664)九月辭眾退居於寺內的松隱堂，命弟子木庵性瑫擔任住持。然而他每天仍要接待四方前來參謁問法者，並且書寫大量回應問道者的書偈。寬文十三年(1673)三月隱元開始患病，各界前來慰問者絡繹不絕。隱元寫好遺書及偈頌，又寫信給福清黃檗寺僧眾及護法居士，囑咐他們「護念祖庭」。水尾法皇也派使者慰問，並特賜「大光普照國師」之號，聽說隱元病重不起，嘆曰：「師者，國之寶也。倘世壽可續，朕願以身代之。」四月三日，隱元寫下遺偈：「西來楖栗(按：當為蒺藜，喻指禪法)起雄風，幻出檗山不宰功，今日身心俱放下，頓超法界一真空。」然後去世，年八十二歲。
五、隱元的弟子和黃檗宗的發展
黃檗寺的建立，標誌著在日本臨濟宗、曹洞宗之外黃檗宗正式成立。通過隱元及其後繼弟子的努力，黃檗宗迅速發展，並且逐漸融入日本佛教界和社會。
隱元門下擁有文才和經營才乾的弟子很多，《普照年譜》的最後載有嗣法弟子23人：無得海寧、玄生海珠、西岩明光、慧門如沛、也嬾性圭、良冶性樂、中柱性砥、木庵性瑫、虛白性願、即非如一、心盤真橋、三非廣徹、廣超弘宣、良照性杲、常熙興焰、慧林性機、龍溪性潛、獨湛性瑩、大眉性善、獨昭性圓、南源性派、獨吼性獅、獨本性源。 其中也嬾性圭已經死於海難，無得海寧、玄生海珠、西岩明光、慧門如沛等人沒有到日本，龍溪性潛、獨昭性圓、獨本性源三人是日本人。實際上，隱元的弟子絕不止23人，例如編寫《黃檗隱元禪師年譜》(出生至六十四歲)的獨耀性日，為此年譜寫序的獨往性幽以及以善詩文、書法和醫道著稱的獨立性易、編撰《隱元禪師續錄》的性尊等人也是他的弟子 。
木庵性瑫(1611－1684)，木庵是字，性瑫是法名，俗姓吳，中國福建泉州晉江人，年十九剃度出家，明崇禎八年(1635)在鼓山永覺元賢門下受具足戒，參學曹洞宗。後先後參學寧波鄞縣天童寺臨濟宗僧密雲圓悟、嘉興金粟山廣慧寺費隱通容禪師，曾長期修持看話禪。清順治五年(1647)到臨清黃檗寺參謁隱元，並從嗣法，後任首座，順治十一年(1654)應請住持永春縣象山慧明寺，翌年應已在長崎崇福寺的隱元招請赴日，先應請住持長崎福濟寺，在宇治黃檗寺建成後來到隱元身邊。寬文三年(1663)冬，黃檗寺僧眾達500多人，隱元命木庵與即非如一分任兩堂首座輔佐他傳法。第二年隱元退位，命木庵繼為第二世住持。木庵在幕府支持下繼續擴建寺院，建大雄寶殿、韋陀殿和禪悅堂等，寬文十年(1670)受賜紫衣，又應江戶端山居士(小倉領主青木重兼)之請住持新建的瑞聖寺。延寶二年(1674)，木庵在再住瑞聖寺期間，主持盛大三壇授戒(沙彌戒、比丘戒、菩薩戒)儀式，按中國佛教的融大小乘戒法為一體的戒規授戒，有很多僧俗信眾前來受戒。貞享元年(1684)正月，木庵寫下「末後句」「一切空寂，萬法無相」後逝世，年七十四歲，弟子鐵牛道機繼後。木庵前後住持宇治黃檗寺十七年，在幕府和各地大名武士的支持下，在寺內建有萬壽院、紫雲院兩所塔頭(在祖師塔所在寺院內建的寺)，並應請為豐前(在今大分縣)開善寺、攝津方向寺、大坂舍利寺三寺的開山祖師。木庵的嗣法弟子有50多人，其中有很多日本人，有傳法廣錄三十卷、續錄七卷傳世。(道契《續日本高僧傳》卷五〈木庵性瑫傳〉)
即非如一(1616－1671)，俗姓林，福州福清縣人，出家受具足戒後，在福清黃檗寺從隱元受菩薩戒，後從隱元嗣法，曾住持福州雪峰寺，清順治十四年(日本明歷三年，1657)應隱元招請東渡，先住持長崎崇福寺，聲名遠揚，與當時住持福濟寺的木庵唱拍相隨被稱為「二甘露門」。寬文三年(1663)如一到宇治黃檗寺看望隱元，隱元請他住持竹林精舍，不久與木庵同時受命分任東西兩堂首座，輔佐傳法。翌年秋，如一辭行，打算回歸福州雪峰寺，然而途經九州豐前時，開善寺長老和法雲明洞奉小倉領主之命將他熱情留住，特建福聚禪寺請他出任開山住持。如一在此寺傳法四年，慕名投到門下受法者很多，寬文八年(1668)請法雲明洞繼任住持，自己退隱於長崎崇福寺。寬文十一年(1671)如一揮筆寫下「生如是，死如是，坐斷生死關，觸破沒把鼻」，泊然逝世，年五十六歲。有傳法語錄二十五卷傳世，嗣法弟子有柏岩道節、千呆道安等5人，被奉為尾張東輪寺、伊豫千秋寺、攝津雪峰寺的開山祖師。如一在傳法之餘擅長書畫，受到人們的讚賞。(《續日本高僧傳》卷五〈即非如一傳〉)
龍溪性潛(1602－1670)，龍溪是字，原名宗潛，歸依隱元後改性潛，俗姓奧村，日本京都人，十六歲時到攝津普門寺剃度出家，此後曾在長達15年間到日本南部諸寺參學，在閱讀記載中國宋代雪竇重顯的傳法語錄後，才感到自己以往所學「皆古人糟粕」，從此竭力參究，六年後始有所悟。慶安四年(1651)住持京都妙心寺，向眾僧講佛教經論和禪宗列祖語錄。後住持攝津普門寺，在隱元來到長崎興福寺之後，聽說隱元上堂說過「挑雲入市無人買，惱殺杖黎歸去來」等禪句，表示讚賞，經徵詢眾人意見後，邀請隱元住持普門寺，自為監院(寺主、院主)。他在隱元指導下朝參暮扣，深得禪法旨要。此後，應後水尾太上法皇之召入宮問法，因奏對稱旨，受到信敬。龍溪此後為隱元進入江戶傳法和從幕府得到賜地建新黃檗寺、受到後水尾上皇崇信等，做了大量聯絡疏通的工作。在寬文三年(1663)宇治黃檗寺舉行夏安居的時候，隱元請他為西堂(曾住持他寺，任以輔佐住持傳法的長老)，經常參加隱元主持的參禪活動。翌年龍溪正式嗣法於隱元，應請住持江戶正明寺。他常奉旨入宮為後水尾上皇說法，曾向後水尾上皇授菩薩戒，得賜「大宗正統禪師」之號。寬文十年(1670)八月應請到大坂傳法，住於九島庵，在端心坐禪中遭遇突發的暴雨洪水，然而堅不起坐，寫下「三十年前恨未消，幾回受屈爛藤條，今晨怒氣向人噀，喝一喝，卻倒胥江八月潮」的偈頌後，安坐水中溺亡，享年六十九歲。後水尾上皇聽說痛悼，特為之在內殿祭祀。龍溪有語錄三卷，著有《鐵觜錄》、《辨正錄》、《宗統錄》等。(《續日本高僧傳》卷六〈龍溪性潛傳〉)
獨照性圓(1617－1694)，俗姓富田，江戶人，幼而喪父，隨叔移居但馬出石郡(在今兵庫縣)，十一歲出家修學佛法，在和泉(在今大阪)祥雲寺師事臨濟宗大德寺派僧澤庵宗彭(1573－1645)，後參妙心寺派僧一絲文守(1608－1646)，曾效法中國元代臨濟宗僧高峰元妙獨居「死關」石室參究的做法，以三年為期參扣一個「無」字，有所悟處。後在京都嵯峨西谷建直指庵居住修行。獨照聽說隱元在長崎興福寺傳法，特地前往參謁，朝參暮扣深有所得，並得以隨侍隱元身邊，隨至普門寺。萬治二年(1659)在隱元到江戶謁見德川家綱回到普門寺後，獨照邀請並伴隨隱元到京都自己的嵯峨直指庵並參訪禪宗名剎。隱元贈偈，其中有「雲到不辭分半榻，鳥困靜處覓同參」之句。隱元就在這次參訪京都將結束之際，受幕府令旨留京都選地建寺。寬文十一年(1671)隱元派人送給獨照「源流」(禪法世系圖)及法衣，表明正式承認獨照為嗣法弟子。元祿七年(1694)去世，享年七十八歲。有弟子法燈、月潭等三人。(《續日本高僧傳》卷五〈獨照性圓傳〉)
獨本性源(1617－1674)，俗姓法木，安房(在今千葉縣)人，年十四齣家。先參曹洞宗「五位」宗旨，後到京都龍安寺參謁臨濟宗妙心寺派僧龍溪宗潛(後改性潛)，學臨濟宗禪法，正保四年(1647)回到江戶，建自肯庵居住修行，聽說隱元在長崎興福寺傳法的消息，率弟子前往參謁，受到隱元器重，後住持江戶海福寺。萬治元年(1658)隱元應召到江戶進見德川家綱之後，獨本請隱元訪問海福寺，並請隱元為海福寺開山祖師。隱元在去世之前，特地為獨本寫付囑偈，以確認他為嗣法弟子，偈的最後兩句是：「一柄龜毛(按：喻示禪法不可以實有視之)今付子，勿孤黃檗老婆禪。」隱元去世，獨本前來奔喪，在奉安隱元遺體的龕前得受此偈。此後，獨本在鐮倉建凈業禪寺。元祿二年(1689)去世，享年七十二歲。獨本死前命弟子將著作和語錄燒掉，表示汗牛充棟的佛經祖錄尚讀不完，豈可以修補前人「葛藤」(著述)為事，說「不必留片語以辱於我也」。(《續日本高僧傳》卷五〈獨本性源傳〉)
隱元弟子中雖以中國人最多，然而畢竟也有親自培養的日本弟子，並且擁有大量繼承他的法脈的二傳或三傳弟子，傑出者如鐵牛道機、鐵眼道光、潮音道海、了翁道覺等人，他們在包括江戶、京都等地在內的各地傳法，培養門徒，將隱元的禪法介紹到日本佛教界，激發更多禪林有識之士對傳統公案禪、看話禪和當時禪風的反思，推動佛法的革新和振興。當時日本臨濟宗妙心寺派正在開展的正法復興運動應當說是受到隱元黃檗宗的影響的。
黃檗寺實際是以幕府將軍德川家綱為外護建造和發展起來的，在寬文五年幕府下達朱印狀(幕府的蓋印證書)給予四百石的寺院領地。此後，黃檗寺也得到幕府歷代將軍的支持，從第五代將軍德川綱吉到第十四代將軍德川家茂皆為黃檗寺下達朱印狀加以保護。
隱元生前為宇治黃檗寺訂立住持選任規則：
本山第三代住持，仍依吾法嗣中照位次輪流推補；後及法孫亦須有德望者，方合輿情，克振道風。……
歷觀古來東渡諸祖嗣法者，三四代後即便斷絕，遂使祖席寥寥。前承酒井空印老居士(按：幕府大老酒井忠勝)護法之念，嘗言本山他日主法，茍無其人，當去唐山(按：指中國)請補，使法脈繩繩不斷。此議甚當，惟在後代賢子孫舉而行之，則是法門重光之象也。(《黃檗清規·老人預囑語》)
隱元退席前已選嗣法弟子木庵性瑫為第二代住持，這里又明確提出第三代住持也必須由他的嗣法弟子擔任，至於此後的住持需從他的法孫有德望者中選任；並且按照幕府大老酒井的建議，以後若在本寺找不到合適人選，應到中國聘任。遵照這一規定，自隱元隆琦開始，在長達九十多年時間裡宇治黃檗寺的十三代住持皆為中國人，繼第二代木庵性瑫之後的第三第四代住持分別是慧林性機、獨湛性瑩，皆是隱元的嗣法弟子；從第五代至第八代是隱元的法孫高泉性潡、千獃性侒、悅山道宗、悅峰道章；從第九代至第十三代是木庵、即非等人的嗣法弟子或法孫靈源海脈、旭如蓮昉、獨文方炳、杲堂元昶、竺庵凈印。此後至第二十一代的住持中，既有中國僧也有日本僧，中國僧住持有連任第十五代、第十八代的大鵬正鯤、第十九代仙岩元嵩、第二十代伯珣照浩、第二十一代大成照漢。因從中國招聘高僧越來越難，幕府便停止從中國招聘住持的做法，黃檗寺住持皆由日本僧擔任。
黃檗寺在發展過程中建成以寺中隱元祖塔為中心的很多塔院，如木庵的萬壽院、紫雲院、慧林的龍興院、獨湛的獅子林院等。因木庵擔任住持近20年，法裔弟子很多，後世建成包括他的紫雲院在內的十三所塔院，有鐵牛的長松院、潮音的綠樹院等等，在法繫上形成在黃檗宗內最有影響的紫雲派。
六、隱元的禪法
隱元在法繫上屬於中國臨濟宗楊岐派，是「曹溪正脈三十六世、臨濟正傳三十二世」(《黃檗年譜·年譜乞言小引》)，上承唐·臨濟義玄……宋·汾陽善昭……慈明楚圓……楊岐方會……圓悟克勤——虎丘紹隆……無准師范——元·雪岩祖欽——高峰原妙——中峰明本……明·幻有正傳——密雲圓悟——費隱通容的法系。現主要根據《大正藏》卷82所載《普照國師語錄》、《普照國師法語》及《黃檗清規》，並參考隱元赴日之前的部分語錄，對他的禪法思想進行介紹。
隱元在日本先後住持長崎興福寺和崇福寺、攝津普門禪寺、宇治黃檗寺，向日本信眾旗幟鮮明地宣告自己傳承的臨濟宗法系，闡揚禪法基本宗旨，宣示人人生來皆有佛性，引導他們自修自悟，提倡源自宋代大慧宗杲以來的看話禪，然而同時要求不廢念經，還保持明代禪凈雙修的做法，既參禪也要念佛，並且在說法中會通儒佛，要求信眾遵循儒家的忠孝之道。
(一)鮮明闡揚禪宗宗旨，明確傳承臨濟法脈
隱元踏上日本國土，先後住持長崎興福、崇福及攝津普門諸寺，在說法中經常以十分明了的語言向日本信眾宣示禪宗的 「即心即佛」、「明心見性成佛」的基本宗旨。在江戶幕府寬文三年(1663)正月十五日，隱元應幕府將軍德川家綱之請在新建成的宇治黃檗寺舉行隆重的「祝國開堂」儀式。五月，後水尾太上法皇通過龍溪性潛向隱元問禪宗的「單傳之道，不歷階級，直指人心，見性成佛」的宗旨。隱元書面回答說：
單傳直指之道，別無言說，唯要自己放下身心及一切塵勞，直下返照本來面目，覷破無位真人(按：《臨濟錄》中以「無位真人」比喻自性)，則不被外物所蒙，如鏡對鏡，了了分明，原無一物染污，亦無點塵留礙，圓陀陀、活潑潑、赤灑灑、轉轆轆，名不可名，識焉能識，直得自徹自悟自了而後已。既徹悟瞭然，則生死去來，自由自在，處富貴不為富貴之所牢籠，處人天不為人天之所留礙，可謂萬象主而作四生(按：原指卵生、胎生、濕生、化生，泛指一切有情眾生)父。以天下為一家，以萬類為一子，繼往開來，駢臻民福，聖種彌隆於萬代，法門砥柱於千秋，大哉！於穆佛心天子(按：贊稱法皇為懷有佛心的天子)，世出世間無以加矣。(《普照國師法語》卷下〈癸卯夏五月二十五日〉)
所謂「單傳」意為唯傳超越於語言文字的「佛心」；「直指」為「直指人心」之略，意為直接體悟心性。隱元這段話是說，禪宗宗旨是教人擺脫身心和一切煩惱的束縛，直接省悟自己的本性——「本來面目」或「無位真人」，領悟自己與生俱來的本性(佛性)是本來清凈、本來超越於世俗認識，並且是不能用語言文字表達的。這樣便達到自徹自悟，達到超脫生死苦惱的自由境界，處於富貴乃至人、天(天界)等任何境地皆精神自由。隱元特別針對後水尾法皇的地位，將佛與天子之位會通，說達到覺悟解脫境界，便是天地萬物和一切眾生的主人，處於世與出世間的最高地位。據載，後水尾法皇看了後十分高興。
隱元自稱黃檗，對自己應邀東渡日本負有一種使命感，所謂「曹溪正脈，黃檗傳東」(《普照國師語錄》卷下) ，以傳播曹溪慧能的正法自任。龍溪性潛原屬日本臨濟宗妙心寺派的高僧，對隱元在日本傳法給予多種幫助，後師從隱元。隱元曾滿懷自信對他說：
佛祖命脈拈花已來，至曹溪三十三世，曹溪至龍池又三十三世，龍池傳天童師翁，天童付徑山本師，皆從正知正見、大機大用中而來。故諸方稱正傳，王臣重焉，龍天相諸，豈小知偏邪而能紊其毫端！(《普照國師法語》卷上〈示龍溪上座〉)
意為自釋迦牟尼佛以「拈花示眾」方式傳心法於大迦葉以後，至曹溪慧能為三十三世，從慧能至荊溪(在今宜興)龍池禪院的幻有正傳又經三十三世，然後經天童圓悟、徑山費隱通容傳至他本人，皆傳承「正知正法，大機大用」的禪法，受到王臣的崇奉，天龍佑護，絕非偏邪禪法能夠紊亂。
隱元在確認自己的嗣法弟子時，按照當時中國禪林的傳統，要傳授稱為「法卷」的嗣法文書及傳法偈頌。隱元在禪法上屬臨濟宗楊岐法系，他傳授的法卷上記述自唐代臨濟義玄……費隱通容，直到隱元的小傳的傳法偈，示以在臨濟宗中的代數。
隱元當時中日兩國禪林中存在的弊病曾提出尖銳的批評。他在《示無純鈍居士》的法語中指出：
今時有一種無恥之徒，戴大帽，侈大話，以《維摩經》中所說為遮自己面門，縱淫怒痴為解脫大道，斥戒定慧為二乘小果，鈴言肆說，昧己謾人。無知之者從而和之，相習成風。如盲引盲墮於火坑，未免識者所鄙。(《普照國師法語》卷下〈示無純居士〉)
今時邪昧者眾，惑亂無知，如盲引盲入於火坑所不免也。(同上〈示眾善士·又〉
隱元所引的《維摩經》大概是其中〈方便品〉的文字，說維摩詰居士「雖處居家，不著三界；示有妻子，常修梵行；現有眷屬，常樂遠離，……若至博弈戲處，輒以度人；受諸異道，不毀正信；雖明世典，常樂佛法，……一切治生諧偶，雖獲俗利，不以喜悅；游諸四衢，饒益眾生；入治政法，救護一切；入講論處，導以大乘；入諸學堂，誘開童蒙；入諸淫舍，示欲之過；入諸酒肆，能立其志。」意為維摩詰居士雖過著世俗生活卻能修持佛法，濟度群生。隱元批評叢林中有些無恥之徒假借效仿維摩詰居士，自吹自擂，恣意違犯戒律，淫亂妄為，反而污衊按照佛教傳統戒定慧三學修持的人為小乘(聲聞．緣覺)，迷惑了許多信眾。隱元訓誡弟子對此應有所警惕，在行動上劃清界線。
隱元到日本後，先後住持四所寺院，在每次開堂升座儀式的拈香祝聖中皆拈香申明自己嗣法於「曹溪正脈三十五世費隱容本師大和尚」，以報「法乳之恩」。這樣，僅從法繫上，隱元的法系與日本舊有的禪法法系明顯有別，後被稱為「黃檗宗」是有道理的。
(二)說人人皆有佛性，修行者應「返本還源，直證本具之心」
禪宗在向信眾傳法過程中特別強調人人生來具有與佛一樣的本性，引導信眾確立自信，通過自修達到覺悟。隱元也堅守這一宗旨，只不過在說法中帶有自己的特色而已。現存這方面的語錄很多，現選引一部分語錄，然後加以說明。
然佛祖聖賢之心，清凈圓滿具足。從中所發，正和純真，其氣也吉。一見一聞，令人踴躍，生正信心，是成佛之正因，則為善之本也。(《普照國師法語》卷下〈示永井日向守〉)
真正衲僧，心眼圓明，自知清凈具足之心，為成佛之正因，豈更向外馳求！縱有苦修瞎煉，未免魔外生涯，正如蒸沙欲圖成飯，無有是處，與夫本分正覺道果爰交涉也？此事本來現成，奚假修持？本來清凈，阿誰污染？本來圓明，阿誰塞礙？本來具足，阿誰缺少？(《普照國師法語》卷上〈示峨山照上座〉)
指諸眾生本來清凈，本自具足，本自圓明。欲眾生返本還源，直證本具之心矣。……迷為眾生，覺為佛祖。(《普照國師法語》卷下〈示獨廣方居士〉)
然金剛種智，人人本具，個個不無，只緣一念妄動，昧卻本來，即成無明種草，或所修所結，盡皆業果，無益於己，與失正因正果，有何干涉？……當人即心是佛，無心是道。一念清凈圓明是彌陀，一念無差別智是文殊，一念平等行是普賢，千佛萬祖，皆從一心而成，離心而成，則成外道。(《普照國師法語》卷下〈示丹羽玉峰居士〉)
意為對修行者最重要的不是到處求佛求法，而是必須了解自己本具佛祖聖賢的清凈心性。這種心性既是成佛的內在依據，也是平時為善的根本。修行就是要體認一切皆空寂平等的道理，斷除污染心性的妄念、差別觀念和各種煩惱，使心性重新明潔，此即所謂「返本還源，直證本具之心」。如果做到「一念清凈」、「一念無差別」、「一念平等行」，則自己就是佛，就是阿彌陀佛，就是文殊、普照菩薩。
隱元還用十分形象的語句說眾生之所以有迷、悟的差別，有四生、六道的差別，皆是由他們的心、意識決定的。他說：
心佛眾生，三無差別，只因迷悟為間，則有四生六道之隔。為人幽險毒害，即地獄道；慳貪嫉妒，即餓鬼道；淫濫無恥，即畜生道；秉心忠義，尊持五戒，即人道；純修十善，植德如法，即天道；我慢貢高，鬥爭勝負，即修羅道；執著偏見，頓證空理，即二乘小果；廣行六度，精修萬行，即大乘菩薩道；頓悟真心，具足圓明，清凈無染如大圓鏡。(《普照國師語錄》卷上)
「心佛眾生，三無差別」來自晉譯《華嚴經》卷十〈佛升夜摩天宮自在品〉中的一首偈頌，原句為「心佛及眾生，是三無差別。諸佛悉了知，一切從心轉」 ，意為心與佛、眾生皆由心生，在本質上是沒有差別的。隱元引用此句的目的是說明人的心境決定是迷惑於自性的凡夫還是已經體悟自性的佛或菩薩。循環輪回於「四生」(胎生、卵生、濕生、化生，概指一切眾生)、「六道」(地獄、餓鬼、畜生、阿修羅、人間、天)中的眾生，歸根到底是由他們自己的心境造成的，並且表現於現實生活之中。隱元說，為人幽險毒害即相當地獄道，慳貪嫉妒則為餓鬼道，淫濫無恥則為畜生道；心懷忠義，尊守五戒(不殺生、不偷盜、不邪淫、不妄語、不飲酒)則為人道；修持十善(不殺生、不偷盜、不邪淫、不妄語、不兩舌、不惡口、不綺語、不貪、不嗔、不痴)，積功累德則為天道；傲慢自大，好鬥爭勝則為阿修羅道。同樣，如果執著和滿足於體悟空理，則只不過僅得到小乘佛教(聲聞、緣覺)的果位；進而修持六度(布施、持戒、忍辱、精進、禪定、智慧)，則為大乘菩薩之道。只有遵照禪宗的宗旨，在徹悟真心自性上下功夫，使清凈佛性顯現，才算進入最高覺悟境界。這種說法看來是直接受到《六祖壇經》中六祖慧能類似說法的影響 。
這種說法實際是在佛教倫理、戒規中融入社會公德的思想，以此向信眾進行教化，容易得到社會各界的認同，可以取得普遍勸善的效果。
(三)既提倡看話頭和參究身心，又主張修禪不廢念經
隱元上承宋元以來臨濟宗的禪法，提倡參話頭，然而尤其提倡參究自心。
參話頭的禪法是要求修行者在坐禪乃至日常生活中專心參究前代祖師語錄中的某些語句、字，在參究中做到超越語句或字的任何含義，以清除心中的「妄念」和「雜念」，達到所謂「無念」或「無心」的精神境界。例如，他曾對達空禪師說：「老僧說的汝用不著，既未能一刀兩段，須晝三夜三，無間間忙，且看『虛空如何磕碎』？只此一句看來看去，久久純熟，不知不覺處，忽然撞破。……切不可起別念餘思，恐雜毒入心，不可療也。」(《普照國師法語》卷上〈示達空禪人〉) 他所說的「虛空如何磕碎」就是參究的話頭。他要求達空禪師日夜反復參究這個話頭，說久而久之便可在不知不覺中體悟自性，達到精神解脫。
然而從現存隱元的語錄來看，他更多的是提倡參究自身和自心，要求修行者從有分別之心的「疑」，到通過修行斷除各種分別觀念、煩惱，體悟自性的「悟」。現舉幾段他的語錄：
祖師西來，直指人心，見性成佛。然則心性不從外得，豈可向外馳求乎，須向己躬下晝三夜三，念念返照，時時追覓心性在甚麼處？行住坐卧、迎賓待客時，心性在甚麼處？正思正想、無思無慮時是個甚麼？追來追去，究來究去，追至無可追，究至無可究，不知有人，不知有我，空蕩盪，虛豁豁地，忽然咄地一聲，便知落處，則不被流俗阿師所瞞。(《普照國師法語》卷下〈示津陽彥信士〉)
須自己日常返照，看畢竟死了燒了，此一段靈明向何處去？即今轉動施為、折旋俯仰是誰主宰？無想無夢之際，主人翁在甚麼處？孜孜返照，念念追尋，無間閑忙，不分晝夜。忽然不知不覺咄地一聲，便知落處，了了分明，更不問人也。般若之智，時時現前；一切境緣，如紅爐點雪；靈明湛寂，覿體如如。千魔百怪，不能動搖，如大圓鏡，物來便鑒物，去了無朕跡，所謂本來無一物，觸處獨圓明也，只此是出生死緊要處。(《普照國師法語》卷下〈示秀雲性英道人〉)
但看貪時，貪從何起？嗔時，嗔從何來？痴時，痴作何狀？看之照之，不計歲月，久久純熟打成一片，忽然咄(按：音duò)地一聲，便見本來面目，盡是大圓滿覺，於中覓一點貪嗔痴相了不可得，便是出生死，證菩提，到彼岸時節也。(《普照國師法語》卷下〈示小濱民部居士〉)
專入禪定者誰？提撕話頭者誰？或時不入禪定者又是誰？不提撕話頭者又是誰？如是參去，忽然看破兩重關，縱橫於天地之間，自由自在，則佛祖不相謾耳。(《普照國師法語》卷下〈示藤資清尚書〉)
善人誰縛汝？誰將生死煩惱與汝？既未知下落，須時時觀察，念念返照。忽然眉毛觸殺虛空，自有倒斷處，更不問人。乃知般若智現前，如亘天烈焰，一切夢幻空花，實時消殞，凈盡無餘矣。(《普照國師法語》卷下〈示道成善士〉)
據此可知，隱元的參究自己身心的禪法的特點是：1、參究的對象是自己的身心，例如可參究自己的心性在何處？在行住坐卧、迎賓待客時心性在什麼地方？在思慮時與不思慮時心性是什麼樣子？死後火化了，靈魂到何處？也可參究自己的貪瞋之心，追問自己「貪時，貪從何起？嗔時，嗔從何來？」還可自已參究是誰在坐禪，誰在參扣話頭？參扣是誰在束縛自己，誰給自己帶來生死煩惱？2、參究的場合不限於在入定坐禪的時候，在晝三夜三的任何時間和行住坐卧乃至迎賓待客的任何場合皆可參究；3、在參究中對參究的問題要達觀對待，並且參究不要間斷，所謂「追來追去，究來究去，追至無可追」；「孜孜返照，念念追尋，無間閑忙，不分晝夜」；得到般若之智，心如明鏡；「看之照之，不計歲月」；「時時觀察，念念返照」；4、達到的最高精神境界是體悟自性(佛性)，認識一切皆空的道理，不再執著於分辨他與我、內與外、身與心等的世俗認識，從而出離生死，精神自由，即所謂「不知有人，不知有我，空蕩盪，虛豁豁地」；「看破兩重關，縱橫於天地之間，自由自在」；「一切夢幻空花，實時消殞，凈盡無餘」及《普照國師法語》卷下〈示仁禪人〉所說的「一念萬年，萬年一念，身心一如，我人一致」 。隱元強調，這種精神境界是通過長期參究而達到頓悟得來的，所謂「咄地一聲，便見本來面目」。
隱元雖然一再地表示，達到頓悟解脫不靠語言文字，不靠思維推理，然而他還是要求門下弟子要經常閱讀佛典乃至禪宗祖師的語錄。他制定的《黃檗清規·梵行章第五》中明確地規定：「凡是黃檗兒孫，須依黃檗規約持戒禮誦，增激參禪。禪暇不妨博覽藏典、尊宿語錄。」
(四)保持明代禪凈雙修的做法，參禪還要念佛
自北宋永明延壽(904－975)提倡禪凈雙修以後，不少禪僧也提倡修持凈土念佛黨法門，如南宋曹洞宗的真歇清了(1090－1151)、元代臨濟宗的中峰明本(1263－1323)、天如惟則(？－1354)等人，雖也標榜「自性彌陀，唯心凈土」，然而也皆提倡念佛。從隱元的著作和語錄來看，他雖很少正面提倡念佛，然而在他親自參與制訂的《黃檗清規》中確實有讀誦《阿彌陀經》和念阿彌陀佛的記載，例如：
晚堂誦《彌陀經》、《蒙山施食文》、《心經》、《往生咒》。
每月遇十四、三十羯磨夜，誦《彌陀經》已。
晚間《彌陀經》(或《大悲咒》)、南無阿彌陀如來(三遍)。
這實際是照搬中國漢地寺院的做法，與在佛教宗派壁壘森嚴的日本的禪寺是不一樣的。在他的弟子中，據《續日本高僧傳》卷五〈性瑩傳〉記載，隱元弟子獨湛性瑩(1629－1706)特別注重念佛，曾住持遠江(在今靜岡縣)初山寺、上野(在今群馬縣)國瑞寺，天和二年(1682)奉旨住持黃檗寺，先後十一年，「律身精嚴，兼修凈土，日課《彌陀經》四十八卷(按：經只一卷，此指誦經四十八遍)，禮佛三百或五百返，恆持佛號，未嘗暫停」，最後在念佛中去世。日本臨濟宗妙心寺派學僧無著道忠所著《妙心寺志》中說，黃檗宗的「問答說禪」似禪宗，然而「高唱彌陀佛」似凈土宗，「手結印契」似真言宗。 這正反映了隱元所傳是中國進入明代以後盛行的帶有諸宗融合色彩的佛教。
盡管如此，隱元仍是從禪宗「即心是佛」和「自性彌陀，唯心凈土」的傳統觀點來對待凈土念佛法門的，如前面所引，他曾對丹羽玉峰居士說過「一念清凈圓明是彌陀……千佛萬祖，皆從一心而成，離心而成，則成外道。」另外他在一次上堂說法中引述了一首偈頌，其中有「一言之下了無生(按：體認諸法空寂無生無滅的道理)，始信自家是佛陀」之句(《普照國師語錄》卷下)；在《普照國師法語》卷下〈示陳道人〉中也有「念不凈，不往極樂；心不染，不來娑婆(按：指現實世界)。娑婆、極樂，只在當人心念凈染之間矣」。 從這里可見隱元仍堅持中國禪宗的基本宗旨，將修持心地法門和體悟自性當作修行解脫的根本。
此外，黃檗寺僧眾在修行、經營佛事等方面長期保持中國明代禪寺的傳統，例如讀誦佛經用漢音，舉辦法會時演奏中國佛教的法器等。
(五)會通儒佛，在說法中提倡儒家忠孝之道
隱元在日本傳法過程中，除上堂說法、解答僧俗信眾的疑問外，還經常舉辦各種法會，其中有很多是應來自幕府、朝廷重臣或地方政府的官員、仕紳信徒的請求而舉行的追薦父母、祖先的法會。隱元在這些法會說法中提倡儒佛一致的思想，將儒家的倫理觀念與佛法巧妙地揉合在一起，既勸人孝親忠君，又教人信奉佛法，受到日本朝野的歡迎。
隱元在中國時雖正式上學讀書時間很短，然而經過刻苦自學和長期受到儒家思想文化的熏染，對儒家思想是十分熟悉的。這從他的大量語錄、著作可以看出。他認為，一個在社會上有作為的人，應當既懂得佛教又精通儒家學問。他曾說：
知儒方可入佛，入佛而後通儒。只如真俗不二一句，作么生道？儒佛並擔真鐵漢，人間天上出頭高。(《普照國師語錄》卷上)
令知儒而後入佛，則成大家名流。蓋佛儒跡雖異，而心莫不皆同。心雖一，其修證不無小大淺深矣。(《普照國師法語》卷下〈示石川居士〉)
這些語句不像是向普通信眾講的，對象似乎是對儒學已有相當修養的人。隱元表示，只有了解儒學的人方可信奉佛教，而奉佛之後才能真正通曉儒學，做到儒、佛兼奉，在世間則能立功出名，即使死後生到天上也非同凡輩。他還說，佛教與儒家雖然表現形態各異，然而二者的「心」(基本宗旨、趨向)是一致的，但在修證要求和方式方面卻存在大小、淺深之別。言外之意自然是佛教屬大、深，儒家屬小、淺，佛教是優越於儒家的。
隱元在講述儒家的孝道時也貫徹了這種思想。他在應請為不同信眾舉辦的追薦父母、先祖的法會上說過：
父母乃人生之大本，人主乃天下之大本，天地乃萬物之大本。佛祖乃群生之大本。能知大本之恩可報，其唯人中之孝歟。是以知恩方解報恩，識法乃能重法。知恩者知此大本也，以己推人，令普天之下盡行孝道，其恩不亦廣且大乎。重法者重世出世間之法，捨身衛護以壽將來，不亦悠久無疆乎。能立廣大悠久無疆之功，以成天下大孝，可謂至善至美矣。(《普照國師語錄》卷下)
為孝不孝父母，非孝也。為忠不忠其君，非忠也。不忠不孝，人亦不成，況僧乎！況佛祖乎！我等學佛之徒，須體佛心，凈佛戒，行佛言，證佛果。不唯一世二親已薦，乃至無量劫來父母俱已薦矣。(《普照國師語錄》卷上)
恩重天倫，稟乾坤之正氣；義存昆仲，盡孝悌之真心。正氣升，二儀判，三才立，雨暘時，百穀登，萬民樂業，天道全矣。真心現，倫理明，敬事修，思慕切，哀樂當，生死去來，各正性命，人道成矣。若夫天人一貫，幽顯一致，十界一如，萬靈同體，冤親平等，逆順合轍，唯證乃知，非淺智之所測也。(《普照國師語錄》卷上)
隱元從不同角度闡釋孝道的重要性，主要有以下幾點：
1、人生之本是父母，天下之本是君主，萬物之本是天地，群生之本是佛祖。既然知本，就應當報本報恩，最重要的是奉行
