富民帶著富國出走後，玉堂即派人四處打聽，最後找到鼓山。當時剛好受完戒，寺里住僧很多，所以家人來問時知客僧三言兩語就唐塞過去了，但家人並不相信。為避免家人找到，富國立即外出雲游訪道參禪。富民即虛雲和尚則馬上隱居到寺後深山岩洞，不敢路面，以禮《萬佛懺》為修行功課。日日、月月、年年，毫不鬆懈，如此堅持了整整3年。
直到同治元年(1862)春，寺里派人來告訴虛雲和尚說：「泉州的蕭老太爺，已經告老還鄉，你可不必匿避。方丈和尚說你恆心苦行實為難得，但修慧還須培福，叫你回寺任職，為眾作務。」虛雲和尚遂同來僧回寺。
虛雲和尚住在寺里，初為水頭，負責挑全寺僧總的飲用水;繼而充當種菜的園頭;而後又作齋堂里為大眾添加飯菜的行堂;後來又當了安排大眾伙食的典座。任何苦差事他都認真負責，從無一聲怨言。其間，方丈和尚曾經考慮安排他任管理職位，他都推辭了。寺里發零用錢，他一概不要。每天只吃一缽粥，但體力強健。與此同時他勤習規矩、學禮儀、練唱念，參禪打坐，道業日隆。虛雲和尚謙虛好學，不懂之處主動請教。寺里又一位故曰禪師，被公認為苦行第一，虛雲和尚經常親近這位師傅。4年過去，虛雲和尚想到自己在修行上還有很多障礙，又想昔日玄奘法師，為到天竺取經，提前10年，先習方言，日行百里，復試絕食，先由一日起增至若干日，以防沙漠絕水草。古人為佛法是這樣，難道我們後輩不應效仿?便向方丈辭去職事，把衣服等物全部送人，僅穿一套衣服，一雙草鞋，帶著一隻蒲團，一個方便鏟，再次回到寺後深山，住進岩洞里修習苦練。
在岩洞修習苦行，虛雲和尚居住岩穴、渴飲山泉，飢則以野菜、青草果腹，與世隔絕，與虎狼為伴，蛇蟲相隨，每日禮懺參禪不懈，力求盡除煩惱早證菩提。如此一晃又是3年過去了，時間長了衣服都很破爛，但他也不覺得冷;雙目炯炯有神，看得特別遠特別清楚;他頭上束著金剛圈，須發長有一尺多，偶有到深山裡采葯的人看見他，都誤以為是遇到了山精鬼怪，嚇得趕快逃跑，他也不與他們說話。頭一兩年，在參禪時常進入勝境，他不執著，不歡喜，不怖畏，還是一心參禪持誦《觀音心咒》以攝心。虛雲和尚獨處深山密林中，被天席地，心中沒有煩惱憂愁恐怖妄想，自在無礙，自認為是達到了四禪天的修行境界。且不知不覺體力日強，耳聰目明，步履如飛，可隨便攀登懸崖峭壁如行平地，有時行走到一兩丈寬的山澗溝壑，也可一躍而過，自覺奇怪不知其所以然。他又試著搬石頭，一頓多重的石頭一般就動，要敢粗的大樹也可以一掌打斷。神了，武功不學而無意間練成，虛雲和尚不知其意，心中反倒惘然起來。想想自己出家11年未出過鼓山，坐井觀天自學自修，如今尚不知根本。想到善財童子尚參學過53位善知識後才悟入佛道，遂下山向浙江方向走去，訪道參禪。
同治九年(1870)虛雲和尚雲游到溫州，在朱龍山的觀音洞中修禪時，有一年前禪人來訪，頂禮問到：「久聞法師高行，特求開示。」
青年禪人這樣一問，虛雲和尚想了半天竟然不知如何回答，非常慚愧，乃說：「我學得很少，還望您慈悲指示。」
青年禪人說：「我剛出家3年，沒有什麼修學，不能教你，只是常常聽師父說學佛人不論修學任何宗派法門，先學好經典，再按經典上說的方法去實踐，這很重要，所謂『教、理、行、證』……如果不學經典，不通內學，荒廢聞思，於己，或忙修瞎練，或落於暗證起增上慢;於人，開口漏逗，不涉典章。時間一長，無有所得，信心疲勞，道心難保。因為道心之堅固長遠要以如理修行、如理體證作保障。欲知理，先明理，這就是內明。世法不通，對於著急的修行暫時也許無大妨礙，但如果要出而為人、隨即施化，則應在通達內明的基礎上於世法略知一二。這樣，佛法、世法融為貫通，才能深入塵勞，照明佛法開悟眾生。」又說：「天台山華頂峰龍泉寺的融鏡老法師，是天台山第一有道行者，我剛從老法師處參學回來，你可前去請教，必得利益。」
虛雲和尚驚嘆這位年紀輕輕的禪人，才出家學佛3年，就有如此好的知見，而自己出家11年獨自在山裡靜修時自感有所得，可一出山竟被人家一句話就問住了，將來如何承擔如來家業弘法利生?他慚愧萬分，深感這位禪人言之有理，意識到了學習經典教理的重要性，便直奔天台山。
當衣服破爛、長發散亂的虛雲和尚來到天台山華頂峰龍泉寺時，看門的僧人嚇壞了，以為來了山精鬼怪，立即拿起木棍阻攔，不讓進門。虛雲和尚用嘶啞的聲音再三解釋著急是在深山隱修多年的僧人，門頭師才准入內。入得寺來他見以僧人，便問：「請問融鏡老法師在嗎?」答：「補衣服的那位就是。」
虛雲和尚即上前頂禮，老法師不搭理。虛雲和尚又說：「學人特來親近法師，望祈慈悲教導。」老法師大量了他很久，問：「你是和尚，道士，還是俗人?」
回答說：「和尚。」
問：「受戒了沒有?」
答：「已經受過具足戒。」
問：「誰教你這麼做?」
問：「你知道古人修身，還知道古人修心嗎?你這樣子的修法，接近於外道，與佛教根本不相符。即使壽命萬年，亦不過如《楞嚴經》上所說的十種仙人之一，去道尚遠。即進一步，證到初果，也之能成為自了的羅漢。我們出家人要發菩薩心，上求證佛道下度化眾生，自利利人。『佛法在世間，不離世間覺。』『飢來吃飯困來眠。』你飯也不吃，衣又不遮體，未免顯奇立異了。你如此苦行，心人牛角尖，怎麼能悟入佛的知見呢?」
虛雲和尚被老法師痛擊一錐，卻心意快然，復頂禮法師請進一步開示。法師說：「我教你，你喜歡聽就在這裡常住下來，不喜歡聽，就隨你去!」
虛雲和尚說：：「我是特意來親近法師的，一定依教奉行。」法師即送給他衣服，讓他剃頭洗澡。
融鏡老法師時年80多歲，一山德望，是一位精研戒律，禪學和經教俱通的老法師。虛雲和尚撰有《融鏡老人真贊》雲：
道齊諸祖，行繼百丈。
吳越欽尊，一山德望。
獨耀天台，千崖花燦。
人天眼目，後裔月湛。
飄渺遐風，千古之上。
在融鏡老法師的指導下，虛雲和尚從此每天隨眾勞動，學經典理論，學禪修方法，先後學習《法華經》、《金剛經》、《楞嚴經》、《六祖壇經》等許多經論，並參「拖死屍是誰?」的話頭。
經過4年的學習，虛雲和尚有了正確的知見，掌握了正確的禪修方法。佛在世時，阿難問佛：「善知識在我們修行中，是否能起到一半的作用?」佛回答說：「錯了，不是一半，是全部的作用。」可見在我們修行生活中，能否親近到一位善知識很重要。如果說當年虛雲和尚在鼓山湧泉寺禮堂開老人剃度出家，是他人生的一大轉折，那麼這次他得融鏡法師的點撥，則又是他修行道路上的另一大轉折和飛躍，為他日後的開悟，弘法利生打下樂堅實的基礎。
光緒年間(1857)四月。融鏡老法師見虛雲和尚已有了正確的知見，便讓他到其他地方繼續參學，他這才依依不捨的告別老法師下山，前往雪竇山、普陀山等地繼續訪道參禪。
光緒三年(1877)，虛雲和尚38歲，繼續雲游訪道參禪。一天，從寧波坐船到杭州，當時正是三伏天熱夏，虛雲和尚到時船上已擠滿了人，好在乘客多是從杭州到普陀山進香禮佛後回去的善男信女，大家見有出家人來，都很客氣地把行李挪一挪，擠出一塊地方給他。
虛雲和尚這下倒為難了起來，因為船上的乘客都是拜完佛回去的婦女，無奈，出門在外，將就吧!便坐下參禪觀心。
陳舊的帆船行速緩慢，船客們「嘰嘰喳喳」地說著話，吵鬧聲不絕於耳。虛雲和尚依然靜坐參禪。一個時辰過去，兩個時辰過去。又一位年輕少婦，無心參與這些無聊的話題。她已經觀察虛雲和尚很久了，相信這是一位有見地功行的僧人，便跟大夥說：「大家都別說話，佛法難聞，今天又一位法師和我媽同船，這很難得，我們請這位法師給我們講講佛法吧!」「好!」大家鼓起掌來。對於僧人來說弘法是家務，利生為事業。虛雲和尚當然樂而為之，便端身正坐，蓮目低垂，給大家講起佛法來：「大眾!今日人們聞著佛法兩字，腦中便起奇特和神秘感，至少亦以為是很深奧難解的一回事。其實諸佛的道法，皆是眾生本分上的東西，就是三身四智，五眼六通，亦是眾生本來具足，並非從外面跑進來的，亦非諸佛祖師替我們加得微塵許的。大眾只須遵守佛陀所教授的三皈五戒，奉行佛所倡導的『諸惡莫作，諸善奉行』久而久之，惡染漸漸消除，身口意習氣漸漸清凈，所行所言所思均符合天地法則，自然善有善報。所謂『自性眾生誓願成』」是也，無人能代……虛雲和尚從佛法的基本道理，學佛的好處，降到在家學佛人的修行方法。虛雲和尚通俗易懂的宣講，令船客們飽餐法味，不時暴出真真熱烈的掌聲。
可是，虛雲和尚萬萬沒有想到，鄰鋪那位富家少婦靜靜地聽著他說，竟然在不知不覺中對他動了芳心。夜裡，船客們都睡了。心無雜念的虛雲和尚一躺下就安然入睡。鄰鋪的那位富家少婦，聽著那「嘩---嘩---」的濤聲卻翻來覆去難以入眠。她翻過身來看著身邊熟睡的虛雲和尚，淡淡地月光透過船窗，靜靜地落在虛雲和尚慈悲端莊的臉上。她越看越越覺得這和尚很可愛，春心涌動越來越強烈，最後竟禁不住伸出手去撫摸虛雲和尚。虛雲和尚驚醒，發現那少婦已解開衣扣，用她那豐滿的前胸緊緊地貼著他。虛雲和尚急坐起，為避免驚醒船客們知道了令自己和她都狼狽，並不做聲，自個端身禪坐，細聲持誦當年釋迦牟尼佛用來解救弟子阿難化齋時被摩登伽女淫誘的《大佛頂首楞嚴神咒》。那位少婦也就不敢亂來，如此知道天亮，船客們也不知道發生了什麼事，誰也不說什麼，言談話語都很自然，好像什麼也沒有發生過。
虛雲和尚十分重視戒律，他認為「七眾成佛，戒為精進之基;六度攝心，戒居定慧之首。」對於參透了世間欲樂的虛雲和尚，早將這些誘惑視作鏡花水月，心境寂然不動。虛雲和尚在寧波到杭州船中拒富家少婦色情引誘，可當「梵行已立」4字而無愧。
