凈除業障，是佛法中不可或缺、非常重要的一個行門，只有消了業障，才能開啟智慧。有人會想：念阿彌陀佛一樣可以凈除業障，何必多此一舉再加念金剛薩埵心咒呢?
回答：念阿彌陀佛並不是不能消業障，念金剛薩埵心咒也並不是不能往生(只要具足信願行，萬善都可歸向凈土，成為往生的資糧)。凈土宗第十三祖聖量光公大師說：「到底是念阿彌陀佛好，還是念觀音聖號好，何必多此一種閑計較?末法時代劫難多，眾生痛苦深重，觀世音菩薩悲願弘深，救苦救難，感應最著，所以我常勸人在念佛外兼念大士名號，以期很快能獲得大士的冥顯垂護。但這並不是說念佛就得不到感通，念佛之外一定要兼念觀音聖號，專念佛號當然可以，兼念觀音聖號也可以的。」光公的這段開示，就說明不同的名號、心咒在名言中自有著重在某個方面的功用，不可執此廢彼，勢同水火。
雖然從實相而言，諸佛在法界中同一意味，所謂「十方三世佛，同共一法身」，沒有一者、他者的區別，但是從名言現相上來說，諸佛的心咒和名號，隨著學地各自的願力和眾生的因緣，在顯現上也會有側面上的不同，比如有些心咒特別能增上智慧，有些心咒特別能增上信心，有些心咒特別能增上大悲……。而金剛薩埵心咒特別能消業障，是最為殊勝的懺悔法門。
為什麼依靠具德金剛薩埵能夠凈除罪障、成就二利呢?因為金剛薩埵在因地曾經發願道：「願我未來現證佛果時，若有眾生已造五無間罪、毀壞誓言，只要聞我名號、作意於我、念誦百字咒王，一切罪障都可無餘清凈，此願若不成就，我誓不成佛，願我住於破戒者前，一切罪障都能清凈。」現在金剛薩埵已經成佛，他的大願完全實現，所以念修金剛薩埵本尊和心咒一定可以清凈無邊的罪障。續部中說：「僅念一遍上師金剛薩埵心咒，也是對自己的大護持，而且剎那獲得殊勝悉地。」還有續部說：「若能如理念誦十萬遍心咒，即可清凈毀壞根本誓言的重罪。」阿底峽尊者曾說：「修學小乘、大乘、密乘最重要的是懺除業障，在八萬四千法門中，在懺除罪障上最有加持的就是密乘中金剛薩埵的修法。」皈依具德金剛薩埵，如法念修金剛薩埵心咒，具足四和對治力，一定能清凈業障。
凈土行者之所以不容易往生，就是因為相續染污得太厲害、罪業深重，乃至臨終仍然現行粗大的煩惱，對往生作嚴重的障礙，如果平時多念修金剛薩埵心咒，罪業得以減輕乃至清凈，臨終時就不會起很大的煩惱現行而對往生作障礙，自然能面見諸佛、徑趨極樂。罪業輕了，障礙少了，不但往生有了保證，往生的品位也會更高啊，所以這兩個法門應該結合起來，念佛的人最好能兼修金剛薩埵心咒，將念佛和持咒的功德都發願往生西方極樂世界。
心咒具有不可思議的功用，拿漢傳佛教來說，各宗各派的大德多有兼持密咒的。如天台宗第三祖南嶽慧思大師行方等懺(依《大方等陀羅尼經》)而證得六根清凈位(就是別教的十信位、圓教的相似即位，已斷除見、思惑)，賢首宗第四祖清涼澄觀國師也是專行方等懺法。凈土宗第九祖藕益旭公大師非常注重修懺悔法門，他老人家自己一生念了地藏王菩薩滅定業真言數千萬遍，楞嚴咒數百萬遍，並常閉關修凈土懺儀、占察懺儀、大悲懺儀、金光明懺儀等懺法。
哪怕是禪門里無一實法予人的宗匠，也有常持心咒的，如唐代以一指禪聞名於世的金華俱胝禪師就常持准提佛母心咒，民國靈隱寺宗門大德慧明老和尚常勸導禪者念觀世音菩薩六字大明咒，並將功德迴向凈土，說這是「禪凈密兼修」，還有些宗匠主張藉助心咒來消除修法過程中的障礙，如憨山清公大師說：「陀羅尼，此雲總持，謂總一切法，持無量義，乃一心之異稱。而雲神咒者，乃一切諸佛秘密實相心印，即如世之大將兵符耳。上根利智修行之士，能一超直入，奈何無始習氣，微細幽潛，雖以止觀之力而消磨之，蓋有深固幽遠，殊非智力可到者，苟非仰仗諸佛如來秘密心印咒輪而攻擊之，倘內習一發，則外魔易侵，如此又何能出生死，證真常，而入寂光凈土哉?
是故修行者，無有一人不仗秘密神咒收功故也。蓋行有顯密，前正觀之力，所謂顯行，此陀羅尼，乃密行耳。《首楞嚴》雲：『若修行人，習氣未除，應當一心誦我悉怛哆缽怛啰秘密神咒。』此所以法華三昧妙行功圓，世尊憂愍末法，復說此陀羅尼品，以深防邪誤，是所謂以神力加持也。……行人於生死險難之中，而欲證菩提，非神力加持，又何以濟眾難出險道乎?」又說：「若藏識中習氣愛根種子堅固深潛，話頭用力不得處，觀心照不及處，自己下手不得，須禮佛誦經懺悔。 又要密持咒心，仗佛密印以消除之。以諸密咒，皆佛之金剛心印，吾人用之，如執金剛寶杵，摧碎一切物，物遇如微塵。從上佛祖心印秘訣皆不出此，故曰：『十方如來，持此咒心，得成無上正等正覺。』然佛則明言，祖師門下恐落常情，故秘而不言，非不用也。」
