藥師佛十二大願的第一、第二大願是針對四諦當中的滅諦所建立起來的。滅諦就是要告訴我們：學佛的真正目的是要圓滿我們生命的真相，就是諸法實相。因為我們對自己的生命非常不了解，又因為不了解而產生了許許多多不必要的錯誤，因為錯誤造成了生命的傷害、殘缺和不完美，所以佛陀把他所證悟的境界告訴我們，讓我們能夠迷途知返，迴光返照自己的生命，讓我們徹底地看清在自己身心中哪一些是可以解決的痛苦，哪一些是本來具備的智慧、慈悲或者愛心。當你內心中所有的優點全部被開發出來，而且如實了知自身所有的缺點全部都是誤會和虛幻的，這就是佛所證悟的生命實相。所謂成佛就是明白這個真相，開發這種智慧和慈悲的力量。
我們平常的人對自己智力的開發，是非常少的。據科學家研究，我們一個人的大腦智商大部分都只開發出百分之三到百分之五，也就是有百分之九十五以上我們還沒有開發出來。所以佛所覺悟的生命，所成就的智慧和慈悲是通常人連想都無法想像的，故名不可思議之法。那麼藥師琉璃光如來的第一、第二大願就是告訴我們：佛所具備的三十二相八十種好及種種的功德庄嚴(就是佛道證得的真理)。因為看到了佛的生命是這麼圓滿，而且佛還告訴我們，每一個眾生的生命都是這麼圓滿，那我們自然會生起一種希望，讓自己也能夠明白生命的真相。我們大家都要生起對自己生命真相徹底了解的這種心態，既然自己的身心中有無窮的寶藏，為什麼不去打開呢？所以我們希望能夠打開心中的寶藏。如何打開，那就要講究方法。
所以接下來的第三願到第五願這三個願，是按照四諦當中的道諦而發的。前面兩願是依滅諦而發，滅就是滅除煩惱以後的涅槃。佛的涅槃有前面講的三十二相，光明晃耀，功德巍巍，過於日月，乃至於其他的種種功德庄嚴。但是如何才能達到呢？就要通過修道，修道就要有方法。所以，這三願是藥師琉璃光如來因地圍繞佛所成就功德的方法而發的願。大家知道，特別是已經為人父母的，當你獲得快樂的時候，你的第一個念頭是要子女也能跟我一樣獲得快樂，第二個念頭會是讓子女自己也有能力獲得這種快樂，所以你會特別願意把獲得快樂的方法也告訴他。好比我們自己吃飯的時候吃飽了，覺得我的親人也應該吃飽飯，因此你就要再進一步告訴他，怎麼樣才能種田獲得稻穀。其實成佛也是同樣的道理，佛開悟了，他覺得成佛非常好，然後就發願令一切眾生都能成佛。接下來講的這三個願，就是藥師佛為我們開示的成佛方法，是依道諦而發的三個大願。
第三大願：【願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。】就是藥師佛發願滿足所有眾生一切正當的需求，不令有所缺乏，或者有所減少，這是藥師佛發的關於修行方法上的一個願。藥師佛說：「我在得菩提、成究竟佛的時候，要以無量無邊的智慧與方便化導眾生。」這裡的智慧是指世間的智慧、出世間的智慧。世間的智慧是有分別的，比如說男女老少、是非好壞，我們要分清楚。你學習佛法，連是非都不分怎麼行呢？長幼有序，尊卑有節，人與人、人與自然、身體與內心等各種各樣的關係，我們都要看清楚，這是分別智——有分別的心。但是這種分別是局限在有相的輪回當中的，所以我們還要學會無分別的智慧。
無分別智
第一個無分別的智慧就是要打破我執。因為我們大家首先確立了一個「我」的存在，你只要確立了「我」的存在，那麼我之外的一切人、一切事，都是對立於我而存在的。我對的是你或者我對的是他；我是人，那對的是物質，或者是山河大地，也可能是畜生。所以只要有「我」存在，你的思想永遠是對立的。只要有對立，就會有摩擦，就會有矛盾。那麼無分別的智慧是怎麼產生的呢？無分別的智慧是要透過現象看到它的本質。
就現象而言，像我們大家現在坐在這裡，男女老少各不相同，有認識的、有不認識的，有你喜歡的、有你討厭的。但是你要想到大家都是人，「人」的本質是沒有差別的，你也是人，我也是人，人和人是平等的。從這個平等的角度看，我們就不能分別了。那我們再跟一切眾生來對比一下：我是眾生，有生死有痛苦；螞蟻蟲子等其他的動物也是眾生，它也是有血有肉，也是有痛苦的。於是我們想到我是眾生，它也是眾生，眾生也是平等的，那你就不能去分別了，要用平等的心去對待眾生。那麼外在的山河大地，是地水火風這四大構成，我們身體也是地水火風這四大構成，這麼一看，山河大地跟我也是不能分別的，這叫做「身土不二」。這麼一來，你的內心越來越覺得自己就是山河大地，也就是一切眾生，這樣你的內心跟一切眾生即是「同共一法身，無二亦無別」。所以要獲得無分別的智慧，即出世間的智慧，就要超越你心靈的各種局限。
在生活中，我們經常因為分別心而生煩惱。比如人家有錢，我沒錢；他對她好，對我不好；這個人有情感，那個人沒情調。你這麼一想，分別心就出來了。這就是全部煩惱產生的根源。所以當你以平等的心，從共同平等的這個角度去認識、去思維，去想一下，你的智慧就開始生起來了。智慧兩個字把它分開解釋的話，有分別的叫智，無分別的叫慧。有分別的智就是：你吃飯的時候，不能把飯夾在鼻子裡面，要把它夾到嘴巴裡面去吃，這你要分別清楚；上廁所的時候，男眾不要跑到女眾廁所里去，女眾也不要跑到男眾廁所去。聽說現在西方國家男女眾廁所不分了，不分也沒關係，反正我們小時候在農村裡面誰分誰啊，也沒有分的。但是社會大眾有公共約定的生活方式的，你還是要有分別地去對待。你不分別，明天見到你兒子叫爸爸，那就亂套了。所以，智是有分別的世間智，就是我們要長幼有序，分得很清楚。
慧是無分別的，不但父母兄弟姐妹是平等的，所有一切眾生、山河大地，我們都要以平等的心看待它們。有人說：「你吃素，不吃動物，那吃素吃的植物也是有生命的。是不是不吃了？」還有的人說：「不吃肉對不起我啊，我也需要吃的，我的生命也要活著，是不是啊？」吃素吃葷，在對象上存在無情眾生和有情眾生的區別。有情眾生有感情，會有痛苦；而吃素呢，像木頭是沒有感情的，它不會痛苦，它放在這裡也好，放在我肚子里也好，是沒有什麼區別的，所以吃了也是可以的。但如果是你的肉，放在你的身上蠻舒服的；割下來放在別人的嘴裡，你就不舒服了，就會痛苦難忍。所以不能殺生，不能傷害眾生，是從這個有分別的角度去看。
我們在生活做事中真正體會到無分別，就是你的心跟每一個灰塵，跟整個世界的每個角落，都是平等的。你不要說我是人，我是至高無上的。像有些人說和諧社會，我們要和諧，但是和諧社會要以人為本。其實和諧就是完全平等，完全相合，沒有矛盾，沒有障礙，彼此各有立場和角度，它做灰塵就做它的灰塵，我做人就做我的人，它做畜生就做它的畜生，我們在一起生活相安無事，彼此只有增長智慧，只有慈悲，只有更好不會更壞，這叫和諧。但是，如果你想到是以我為本，你們都要聽我的，聽我的就意味著我要侵犯你，你也要聽我的，你要侵犯自然，大自然也要服從你。但是你要是侵犯了自然，自然不好了。自然要是不好了，你還能好嗎？也好不了了。所以，我們很多人不會生活，跟家裡人也要吵架。其實家裡人不好了，你還能好到哪裡去呢？
如果大多數社會大眾都沒有修養，那你還能好到哪裡去？你還不是痛苦死了！所以，如果我們看到自己跟一切眾生完全平等，當你內心生起了這種認識，你會覺得非常舒服。不需要去分別這是他的東西還是我的東西，沒關係。如果你被小偷偷了，報警了也沒有抓回來，你就不要難過了。你就當這是他的，以無分別的智慧去對待他。如果說你還可以看到他，那你可以教育他，使他幡然醒悟，不再以惡業為生，而不是說看到小偷偷東西，我也不管。你要把握好有分別跟無分別的度，有分別可以讓你更好地生活，更豐富地展現生命中各個層面的內容；無分別是你自己內心中完全清凈，這是凈化自己煩惱的最好辦法。
我們在哪裡才能體會到無分別？就是你要通過修行觀察認識到無我了，才能真正體會到無分別。所以，打破我執所開的智慧叫做一切智，也叫真正的慧眼。古人講「慧眼識英雄」，慧眼是怎麼來的？就是你已經不以自我作為核心，把自我解散了，沒有自我，你好像是空氣，好像是虛空。虛空和空氣對一切眾生是平等的，牛羊呼吸也是靠空氣，我們人呼吸也靠空氣，草木叢林也要靠空氣，山河大地都要靠空氣。所以，你的生命像空氣一樣，對待一切眾生都能夠平等自在，這就是真正的智慧。所以智慧的這兩方面，一個是世間的有分別智，一個是出世間的無分別智。無分別智有了以後，在無分別的基礎上，再回過頭來可以善加分別。
