禪宗的修行，是直接建立於覺悟本體之上。和教下的修行相比，更為直接，更為簡明。
如皈依三寶，教下主要是強調住持三寶，側重外在的引導，而禪宗則強調自性三寶。所謂自性三寶，即與佛法僧對應的覺、正、凈。覺，是覺悟本體；正，是通向解脫的道路；凈，是覺悟本體所具有的特點。那麼，又該如何皈依自性三寶呢？《壇經》告訴我們：「自心歸依覺，邪迷不生，少欲知足，能離財色，名兩足尊；自心歸依正，念念無邪見，以無邪見故，即無人我貢高，貪愛執著，名離欲尊；自心歸依凈，一切塵勞愛欲境界，自性皆不染著，名眾中尊。若修此行，是自歸依。」
再如《壇經》對法報化三身的詮釋，也有別於教下經典。經雲：「清凈法身，汝之性也；圓滿報身，汝之智也；千百億化身，汝之行也。」清凈法身是什麼？是覺悟本體所代表的空性力量；圓滿報身是什麼？是無欠無餘的覺悟本體；千百億化身是什麼？是覺悟本體的無量妙用。所以說，法報化三身同樣沒有離開我們的覺悟本體。
至於戒定慧的修行，依然是建立在覺悟本之體上。經雲：「心地無非自性戒，心地無痴自性慧，心地無亂自性定。」因為覺悟本體就具備無非、無亂、無痴的特點，倘能安住於此，還有什麼不是道用，不是修行的呢？關於這一原理，六祖在《壇經》中還有很多開示，如「心平何勞持戒，行直何用修禪」，「菩提只向心覓，何勞向外求玄，聽說依此修行，西方只在目前」，等等。可見，無論持戒、修定，都離不開心的作用。
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