什麼是中國佛教哲學的特質？佛教中國化以後的思想特色何在？方立天教授認為，心性和直覺是中國佛教哲學的兩大要點。在中國佛教哲學思想中，最富創新、最富特色的就是心性論和直覺論。
方教授認為，心性指人的本性，是一個包含心理自然、道德修養、宗教情感、宗教實踐和眾生與萬物本原等多層面含義的概念。心性論著重論述人的心性本質，探討人覺悟成佛的根據，是中國佛教理論的核心內容，在中國佛教哲學體系中佔有非常重要的地位。在《中國佛教哲學要義》一書中，方教授用近20萬字的篇幅論述了中國佛教不同時期不同流派的心性思想，其主要成就是：第一，對中國各個時期各個宗派的心性思想都作了詳盡分析，對最具中國氣派的禪宗心性說的解析尤為細密，從而展現了中國佛教心性論的特色。第二，建構了中國佛教心性論的哲學范疇網路，在心的方面，主要論述真心與妄心，心與意識，心與神，心與物，心與理，心與佛的關系；在性方面，著重討論心性與法性，凡性與佛性，性凈與性覺，性善與性惡，性有與性無，性本有與性始有，性的體、相、用，性與情、性與理、性具、性起等范疇及其關系。第三，研究了佛教心性論與儒家、道家心性論的互動關系，進而提出心性論是儒釋道三教合流的主要契合點。方教授認為從思想文化的旨趣上看，儒釋道都是生命哲學，都強調人要在生命中進行向內磨礪、完善心性修養，這成為三教合流的前提和基礎。佛教作為一種外來文化，與中國文化傳統有明顯的差異，其融入中國文化的立足點就是心性。第四，歸納了中印佛教心性論的異同。兩者的最大共同點是強調如來藏思想和佛性說，而提倡「平常心是道」、「本覺」說和返本歸源修持方式則是中國心性論區別於印度的最大差異點。
佛教作為一種宗教，其終極歸宿是解脫成佛，如何實現這一目的？佛教創立了獨特的實踐方法，這些方式的核心就是體驗式的直覺。然而什麼是直覺？直覺有無客觀性？中國佛教直覺的特點何在？有無科學價值？這些問題長期以來研究較少，甚至有人將其視為宗教中的迷信。方教授對中國佛教中的直覺范疇予以了高度重視，認為這是中國佛教哲學最富特色和價值的部分之一。他利用現代學術方法解析這一具有濃郁宗教色彩的實踐方式，為人們客觀了解佛教的解脫途徑開闢了通道。
方立天教授認為，直覺是現代用語，指人類的一種普遍心理現象，一種不需經過分析、推理，而對客體直接洞察、完整把握的認識能力和思維方式。在佛教中，表現為觀、照、證、悟等四個概念。中國佛教對直覺思維有眾多的理論創造和實踐經驗。漢魏西晉主要修持印度所傳的禪觀和般若，東晉到南北朝流行兩者融合的直覺方式，隋唐以後天台、華嚴和禪諸宗都創造出異彩紛呈的中國式的直覺方式，特別是禪宗的禪悟式直覺，最為生動靈活。
直覺思維方式並非為佛教所獨有，中國傳統的儒家和道家也擁有豐富的直覺思維資源，而且與佛教直覺是相通的。方立天教授認為，中國佛教學者把印度佛教的直覺論與中國傳統直覺論融合起來，且有新的創發。中國佛教重視空觀是區別於中國固有哲學直覺論的根本特點，而中國佛教重視把自心與真理、本體結合起來進行觀照，以及鮮明的圓融直覺思維，則是有別於印度佛教直覺論的主要特色所在。
