有些弟子，接受了灌頂，卻與金剛師兄弟發生嚴重矛盾，或者誹謗金剛上師，這就失壞了三昧耶戒。因此，在接受灌頂或聽聞密法之前與之後，必須了解相關要守持的誓言。密宗三昧耶誓言，若詳細分類，不下十萬種。密宗諸續部中說：「三門即使一剎那離開三壇城之本性，也違越密宗誓言。」
在聲聞乘中，若犯了一次根本墮戒，就像瓷器破碎一樣，無法彌補;破了菩薩戒，就像珍寶的製品破了，可以依靠工匠巧手補合一樣，可以依靠善知識來彌補;破了金剛乘的戒律，就像珍寶的製品有了凹陷，可以自己修補一樣，依靠本尊、密咒、念修百字明等來懺悔，完全可以清凈。可見，密宗誓言雖然聽起來很可怕，但只要隨時能提起正知正念，犯了戒律也容易懺悔。
如果違犯後，立刻懺悔，很容易清凈;超過三年以上，一般來說，雖然作懺悔，也很難清凈。這就像治病一樣，在病情剛發作時，很容易救治，但如果一再拖延，到病情極為嚴重之時再去懺悔，就算醫生有再好的醫術，也會束手無策。同樣的，罪業沒有及時懺悔，它的力量會不斷增長，等到惡業的力量極為強大之時，想再懺悔清凈，為時已晚。當然，如果能夠猛烈地持續懺悔，依然會對清凈業障有很大幫助。
懺悔，是越及時越好，這一點非常重要，絕對不能輕忽，這是佛陀在密續里所講的究竟之理。我們應該要在罪業剛剛生起時，就立刻懺悔。
有些人想要以咒力加持他人或去救人，想兼顧自利與利他，那就一定要先凈除自己的語障，而清凈語障最好的方法，就是修持念誦百字明咒。
養成日日懺悔的習慣，罪業就不會累積，否則，長期累積下來，會成為解脫的最大障礙。最好是每天至少不間斷專心念誦二十一遍百字明，這個修起來不用花費太多時間，也不難做到。當然，如果能發願每天專心持誦一百零八遍百字明，甚至更多，那就更好了。
我們可以發現，金剛薩埵整個修法，包含了皈依、發心、懺罪，也在上供下施時，累積了福德和智慧資糧，而金剛薩埵的本體是根本上師，也就是上師瑜伽。觀想本尊降下甘露，清凈罪障，是生起次第的凈障法;最後安住在空性本覺中，是圓滿次第的凈障法。因此，在一個金剛薩埵修法中，等同於修持了所有儀軌的功效，是非常殊勝的善巧法門。
總之，金剛薩埵法門是集百部於一部的總體，所有寂靜、忿怒本尊，全都攝於金剛薩埵中;金剛薩埵之本體為根本上師，所以也包括了上師瑜伽，是珍寶總集的觀修法，是極為深奧究竟之法。其中百字明又是密咒之王，殊勝無比。所以，金剛薩埵修行之法，實為稀有究竟的法門。
