九月初十午，公命侍者撤退佛龕，供奉在別室中。侍者知公有異，銀屏往報方丈及三寮職事，齊集向公頭號安，請為法長住，公曰：「事到而今，還作俗態，請派人為我在大殿念佛。」
眾請公作最後開示及遺囑，公曰：「身後事數日前已向眾說過，不必贅言，今問我最後語只有：勤修戒定慧，息滅貪瞋痴。」有頃，復曰：「正念正心，養出大無畏精神，度人度世。諸位辛苦，宜早休息。」眾告退，已中夜矣。
雲居山地勢本高，時際深秋，寒風凄歷，萬山木落，簌簌有聲，古樹參天，幢幢亂影，室內則一燈如豆，戶外已滴露成珠，回顧茅蓬中，只有一老人靜卧其中，且去大殿頗遠，第覺幽磬遙聞，經聲斷續，待送此老人去也。
農曆九月十二日晨，侍者二人進入室內，公跏跌如常，惟雙頰微紅於往日，不敢驚動，退出室外守候，十二時在窗外窺見公竟自起床，自取水飲，旋起立作禮佛狀，侍者以公久病之身，恐其傾跌，即推門入，公乃就坐，徐告侍者曰：「我頃在睡夢中，見一牛踏斷佛印橋石，又見碧溪水斷流。」遂閉目不語。
至十二時半，公喚侍者一起進來，舉目遍視，有頃曰：「你等侍我有年，辛勞可感。從前的事不必說了。我近十年來，含辛茹苦，日在危疑震憾之中，受謗受屈，我都甘心，只想為國內保存佛祖道場，為寺院守祖德清規，為一般出家人保存此一領大衣。即此一領大衣，我是拚命爭回的，你各人今日皆為我入室弟子，是知道經過的。你們此後如有把茅蓋頭，或應住四方，須堅持保守此一領大衣，但如何能夠永久保守呢?只有一字，曰：『戒』。」說畢合掌道珍重，諸人含淚而退，至室外檐下守候。
至午一時四十五分，侍者二人入視，見公右脅作吉祥卧，示寂矣!銀屏報住持及大眾，齊集誦經送行，日夜輪流念佛，一日後裝龕，肢體軟若棉絮。十八日封龕。十九日荼毗，舉火後，香氣四溢，白煙滾滾上沖。
公世壽一百二十歲，僧臘一百零一歲，示寂日，寺中僧人正智法師在公住處《禪門日誦》中，發現其親筆所書遺囑一份，內曰：吾死後化身畢，請各位將吾骨灰碾成細末，以油糖面共骨灰塵和好，做成丸果，請送放河中，以供水族結緣，滿吾所願，感謝無盡，偈曰：
暇恤蟻命不投水，吾慰水族身擲江;
還債人虛雲頂禮
又偈：
請各法侶，不必憂慮，
生死循業，如蠶縛繭，
貪迷不休，囚閑憂喜，
欲除此患，努力修鍊，
妙契無生，明通性地，
參凈三學，堅持四念，
誓不罷休願圖成，
質幻露電，證悟真空，
萬法一體，離合悲歡，
隨緣泡水。
又偈：
吁嗟我衰老，空具報恩心，
宿債無時了，智淺識業深，
愧未成一事，守拙在雲門，
誦子吃唏句，深愧對世尊，
是韋天再世，耀毗耶真風，
自他一體視，咸仰金粟尊，
中流作砥柱，蒼生賴片言，
末法眾生苦，向道有幾人，
愧我名虛負，羨子覺迷津，
道範時殷慕，華堂愧未趨，
謹呈覆幾句，聊以表區區。
