佛教自漢代傳人中國以來，大師輩出，浩瀚汪洋的佛典與著作亦使人嘆為觀止.然近百年來，於佛學研究有深刻造詣者恐唯有印公導師一人。但印公卻在《法海微波》的序文中自嘆：「一生寫作。出版而不能對佛教有些影響，不免有些浪費筆墨的感覺。」由此可見印公治學之態度是怎樣的謙虛。著作等身的印公導師，他的治學方法是如何呢?《游心法海六十年》中印公說：「我是笨人笨辦法：學習久了，多少理解佛法，就漸漸的應用佛法來處理佛法。」
《研究佛法的立場與方法》中，印公導師說：「我是一個佛教徒，我們要用我們佛教的方法。那麼我們怎樣來研究佛法呢?佛曾說過一種現實世間的普遍真理，也可以說是，凡事實上的一切存在都離不開的普遍法則。這個法則，就是「諸行無常，諸法無我」。我覺得，我們研究佛法的時候，應該要引用這一方法來處理一切問題。」《以佛法研究佛法》中印公導師又說：「我，也是自以為以佛法來研究佛法的，我以為所研究的佛法，不但是空有、理事、心性應該是佛教所有的一切一一教、理、行、果。教，是一切經律論，也可包含得佛教的藝術品，六塵都是教體，這都有表詮佛法的功能。理，是一切義理，究竟深義。行，是個人的修行方法，大眾的和合軌律。果，是聲聞、緣覺與佛陀的聖果。這一切佛法，要以什麼去研究，才算以佛法研究佛法？我以為：所研究的佛法，是佛教的一切內容；作為能研究的方法的佛法，是佛法的根本法則，普遍法則一一也可說最高法則。」這最高法則是什麼呢? 印公導師說：「那就是緣起法的三法印。」研究佛法應該把握這樣的法則，隨順這樣的法則來研究，這才算是以佛法來研究佛法，才能正確地體認不違反佛法的佛法。印公就是遵循著這樣的法則：「以佛法來研究佛法。」
現代人研究佛法的方法，大多以西歐及日本為馬首是瞻；這些純為知識性的學術職業的研究，是無法窺見釋尊真面目的原始本懷，所以，印公在《以佛法研究佛法》中，以極其精闢的論斷指出：「現代的佛法研究者，每以歷史眼光去考證研究。如不能把握正確的無常論，往往會作出極愚拙的結論。有人從考證求真的見地出發，同情佛世的佛教，因而鼓吹錫、暹式的佛教而批評其它的。這種思想，不但忽略了因時因地演變的必然性，並漠視了後代佛教發掘佛學真義的一切努力與成果。愈古愈真愈善的見地，把清代的漢學者，送到孔子托古改制的最後一步，我想拙劣的原始佛教者，也必然要作出釋尊是印度文明發展中的成就者的謬論。有些人，受了進化說的眩惑，主張由小乘而大乘，而空宗而唯識而密宗，事部行部一直到無上瑜伽，愈後，愈進步愈圓滿。這與上一類見解恰恰相反，但是同樣的錯誤。從諸行無常的生滅的見地去看：前生滅系與後一生滅系，前因後果的鉤鎖演變，不是命定的進化與退化。不論是佛法全體，或其中某一思想，某一制度，某一行法，都在或上升或下降或維持的現象中推移。在每一階段中，還都有新的確立，舊的廢棄。從個別觀察到整體，是異樣復雜的.愈古愈真者，又漠視了畸形發展與病態的演進。我們要依據佛法的諸行無常法則，從佛法演化的見地中，去發現佛法真義的健全發展與正常適應。佛法的思想、制度、流行在世間，就不能不受著無常演變法則所支配.若把它看成一成不變的東西，或以為佛世可變異後人唯有老實的遵守，說什麼「放之四海而皆準，推之百世而可行」；或以為祖師才能酌量取捨，我們只有照著做：這就違反了佛法一一諸行無常法則的佛法。這樣的真知灼見，實可震爍古今。
《研究佛法的立場與方法》中印公導師說：「我的研究，是從「無常」、「無我」著眼的，無常是時代先後的演變；無我是同時的影響關係。將時間與空間結合起來看問題，看它為什麼演變。所以我告訴大家沒有別的研究方法。世間上的方法很多，我沒有看過，我不懂，我只用我們佛法的基本方法一一無常、無我做為我研究的方法論。」為了說明印公導師的這種方法論，僅舉《以佛法研究佛法》中，無常法則一例為證：
以無著的唯識學為例：如果說，像無著所說的唯識學，在佛世已圓滿而具體的成立，無著不過從慈氏那邊聽來，原樣不動的把它傳出而已。這等於說，本來成就了的東西，從新發現，這是「自生」，不是諸行無常的因緣生。若說：佛世根本沒有，無著假託彌勒而獨創的；或從某一派直接產生的，這也不正確，這是「它生」。如果說：唯識學雖是本有的，但由種種學派的引發，種種環境的需要而出現的，這還是「共生」，而不是緣生。若說：自然而有，沒有因緣可說，那更是「無因生」的邪見了。那到底是怎樣產生、成立的呢?是緣生、緣成，是幻化無性的發展過程 須理解：無著的唯識學，是發展中的成立階段，到此時，充分而確定地成立了唯識學的特質，唯識學的精義，本沒有不變的自體性，在不斷的演化中成立，成立了也還是不斷的演化。佛世，有唯識的傾向，有可以解說為唯識的章句。演化到無著學的階段，是從種種問題，種種思想，經無限錯綜演化而來；這其中白然有主要的因緣。成立唯識思想的條件，在印度佛教界的某一角落裡，發展到快要成熟；除了時代思潮或順逆的激發，特別是受了無著的師承、熏修，與個人的嚴密思想的融合發揮，才能有無著唯識學的出現。成立了，經世親、陳那、護法諸大師的傳宏，還是在不斷的演化中。然而始終不曾離棄唯識學的物質，主要的意義，始終還是唯識學。如含有大量墨色素的流水，水雖不息的流變，而在不失墨色的特質以前，永遠還是墨水一樣。
印公導師是以佛法來研究佛法的，所以他的治學亦是以佛法為方法的。《游心法海六十年》中，印公導師把自己治學的方法，歸納為以下幾點：
l、「從論人手」：我從研究論書入門，本是偶然的。有些論典，煩瑣、思辨，對修持有點泛而不切。但直到現在，還是推重論書。因為論書，不問小乘大乘，都要說明生死流轉的原因何在。知道生死的癥結所在，然後對治、突破，達成生死的寂滅。抉發問題，然後處理解決問題；這是理智的而不只是信仰的。決不只說這個法門好，那個法門妙；這個法門成佛快，那個法門很快了生死。從不說明更快更妙的原理何在，只是充滿宣傳詞句，勸人來學。我覺得論書條理分明，至少修學幾部簡要的，對於佛法的進修，明智抉擇，一定是有幫助的。
2、「重於大義」：佛法的內容深廣，術語特別多，中國人又創造了不少。重視瑣細的，就不能充分注意重要的。所以十八地獄，三十二相，八十種好等，看過了事，知道就好，不用費心力的記憶他(久了，自會多少知道些)。佛法不出於三寶，如釋尊化世的方法與精神，制律攝僧的意義，法義的重要理論，修持的主要方法，卻非常注意.重於大義，也就注意到佛法的整體性.我的寫作(與講肋，雖是一分一分的，但與部分的研究者，沒有對佛法的整體印象，只是選定論題，搜集資料來加以研究，不大相同。
3、「重於辨異」：不知道佛法中有什麼問題，那就閱讀經論，也不容易發現問題，不知經論是怎樣的處理問題。由於我從修學論書人手，知道論師間有不少異議，後來知道部派間的異論更多。如《成實論》所說的「十論」，就是當時最一般的論題。《大般涅槃經》(卷二三、二四)，《顯宗論》「序品」，都列舉當時佛教界的異論.大乘法中，闡提有沒有佛性，一乘究竟還是三乘究竟，阿賴耶是真是妄，依他起是有是空，異說也是非常多。世間法是「二」，也就是相對的.佛法流傳於世間，發展出不同意見，也是不可免的.如不知異義的差異所在，為什麼不同，就方便的給以會通，「無諍」雖是好事，但可能是附會的，籠統的，含混的。我在(第一部講說成書的)《攝大乘論講論》「自序」中說：「『非精嚴不足以圓融』。我著重辨異，心裡記得不少異論，所以閱讀經論時，覺得到處都是可引用的資料。我的立場是佛法，不是宗派，所以超然的去理解異論，探求異說的原因.如《攝大乘論講記》的「附論」中，列舉唯識經論對唯識變的說明，條理出：重於阿賴耶種子識的，成為「一能變」說；重於阿賴耶現行識的，成為。三能變。說。這都是淵源於印度的真諦與玄奘所傳，各有所重，何必偏新偏舊，非要「只此一家」不可呢：我先要知道差別，再慢慢來觀察其相通。
4、「重於思惟」：佛法，無論從人或從經論中來，都應該作合理的思惟。我的記憶力弱，透過思考，才能加深印象，所以我多運用思惟，學習所得到的，起初都是片段片段的。如認真記憶而不善思惟，死讀死記，即使刻苦用功，將來寫作，也不過將別人的拼湊成篇。如經過思惟，片段的便能連貫起來。有時在固有的知識堆里，忽而啟發得新的理解，觸類旁通.不過思惟耍適可而止，一時思不通，不明白，苦思是沒有用的，可以「存疑」。知道某一問題、某一意義不明白那末在閱讀的過程中，會慢慢明白過來。或是見到了解說，答案，或因某一問題的了解而連帶解決了。對於某些問題，為什麼彼此見解不同，彼此有什麼根本的岐見？為什麼會如此?我常常憑藉已有的理解，經思惟而作成假定答案。在修講過程中(也許聽到見到別人的意見)，發現了以前的見解錯了，或者不圓滿，就再經思惟而作出修正、補充，或完全改變。總之，決不隨便的以自己的見解為一定對的。這樣的修正又修正，也就是進步更進步，漸漸的凝定下來，這樣，我的理解，即使不能完滿的把握問題，至少也是這問題的部分意義。
印公導師治學的另外一個很重要的方法，就是依賴筆錄，在家學佛時，曾抄錄從辭源中的佛學詞類。出家以後，印公導師又在三論的章疏中抄錄出南朝法師們的種種見解，有關史的也一並抄出，這對印公研究中國佛學有很大的幫助。尤其是《大毗婆沙論》諸論師的異解及可作佛教史料的內容，印公都一一全文錄出。《游心法海六十年》中印公導師說：《說一切有部為主的論書及論師之研究》中，「說一切有部的四大論師」、「大毗婆沙論的諸大論師」一一二章，就是憑這些資料寫成的。「集錄」是印公導師用分類的方式，把論文分解了。將有關的論義，集成一類一類的。如以「空」為總題，將全論說空的都集在一處。實相、法身、凈土、菩薩行位，不同類型的菩薩，連所引的經論，也一一的錄出(約義集錄，不是抄錄)。這樣就避免了讀到後面，忘了前面的毛病。「科判」表式學習法，也是印公導師治學的一種主要方法，《游心法海六十年》中印公導師說：「泛讀大乘經部，閱讀以後，將內容作成「科判」那樣的表式，如有特殊的事，可注意的文義，就附記在經的科判以後，這樣的略讀，費時不多，而留下科判表式，如要檢查內容，卻非常便利。
以上只是印公導師在平時整備資料時所用的方法，如要作某一問題的研考寫作，印公導師則是首先對問題所在及組織大綱有一個輪廓的構想，然後分類的集錄資料，再加以辨析、整理、從無邊的資料中，抉發深隱的問題。然後以充分的資料來證明這一問題。《初期大乘佛教之起源與開展》就是通過這種方法而完成的。
印公導師的治學方法，在《游心法海六十年》、《以佛法研究佛法》、《研究佛法的立場與方法》等著作中都有過精要的論述。本文不過摘錄其中的片段，以饗讀者，希望有志於佛法研究的同修，能從印公的治學方法中得到新的啟發。共同增進我們的學業。最後，似印公導師的這句話作為本文的結束：「治學以佛法為方法」。
1996.8.18
