手印在密宗修行非常重要，三密瑜伽中「手結佛菩薩身印」便是行者與本尊「天人合一」的要件之一，換言之「入我我入」即「本尊入我身，加持施護念；我入本尊身，恭敬勤供養；如是證悉地，尊我同一體。」
因此手印便不是照貓畫虎般的模仿，而是具有非常重要意義的修法方式。為什麼要結手印？一方面手印乃諸佛菩薩或者明王世天等的身份標識，結其手印在其他精神生命體便能感受到諸如佛菩薩、明王世天等之「蒞臨」，亦即本尊精神信息場之存在；另一方面手印和相應真言、相應觀想一致方能使行者很快進入三昧耶狀態。
在古印度無論行者修行什麼法門，瑜伽是必修的。而瑜伽術的理論以「三脈七輪」為核心，依照現代醫學觀點「三脈七輪」在解剖學上是不存在的。然我們知道現代醫學屬於「還原法」研究的結果，不能全系統評估人類機體，所以是片面的，因此其很多結論也是不可靠的。瑜伽術修到很高境界其行為便有超乎常識的能力相應出現。其實如果我們充分理解人體的物質與精神存在「臨界狀態」，那麼「三脈七輪」便容易接受了。「三脈七輪」雖然和我們傳統中醫的經絡理論完全不同，然其全息意義則完全一致。
因此手印和我們身體經絡氣血運行的密切關係不言而喻，設若行者智慧開顯功德增加，在修法中手印不僅帶動經絡氣血運行還能和周圍環境進行「和氣」交流，「和氣」的結果便是密法的神奇不可思議法驗之顯現。如果密法行人不理解手印的全息意義，那麼其修法充其量是作秀而已，徒具形式不能產生法驗，欲證悉地難比登天。
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