事乘、行乘、瑜伽乘都被稱為外密，原因即在於他們的修習，總或多或少以「實事」為根據。事密內外皆實，行乘內心真實，瑜伽乘將自己融入一個由心識所成的境界來修心識，亦即視內識為實。因此他們的方便道總帶點實事的色彩，是故便稱為外。
在外密看起來，貪嗔痴三毒都是遣返除的對象，事密的遣除主要靠三密加持(本尊的身、語、意加持)；行密的遣除有如服用解毒劑；瑜伽密的遣除，是在壇城世界中轉毒成智，即將現實世界的煩惱(毒)升華，成為觀想中的法界真實智。既有遣除的對象，因此便必然有能遣所遣。
至於內密，則於方便道上不生實執，同時亦無能所。即對於煩惱並不作遣除，即就此煩惱的特性而作修道。貪是大樂與空性；嗔是光明與空性；痴是覺性與空性，所以內密乘便在空性的基礎上修樂、明、無念。
必須這樣認識內密乘，所修的樂、明、無念等，僅是道上的方便，這方便一定要跟空性配合，雙運而修，這才是無上瑜伽密法的修持要領，若不了知空性，則一切修習便都無解脫的基礎。
因為基於空性，如來藏上的污垢便根本不須有作意去清洗。在空性中，無污垢與清凈的區別，因為污垢與清凈都無自性。在修行道上，由貪起大樂，由嗔起光明、由痴起無念，如是如來藏即能赤裸裸呈現。若有作意，則一切皆非，所以內密乘的究竟道，實同漢土的祖師禪。此乘的說法是—--
如果有人問，乳酪是甚麼顏色，若答如雪，他去摸那些雪時，便會認為乳酪很凍；他又問雪是甚麼顏色，若答如白鵝翼，他去摸白鵝翼時，便會以為雪會撲動；他更問白鵝翼是甚麼顏色，若答如白螺殼，他去摸白螺殼時，便會以為白鵝翼很硬很滑。
這個譬喻，即說究竟道無法用語言文字去詮釋，必須自行體驗，看見乳酪是甚麼顏色，就是甚麼顏色。
這個譬喻亦同祖師禪所說的「指月」。人間甚麼是月，若以手指天空，說這就是月，問者便可能以為那手指即是月亮。因此內密無上瑜伽密乘的「大圓滿」，其究竟即同漢土的祖師禪，是故藏密行人亦稱禪宗為「大密宗」。二者的分別，是大圓滿以生起次第及圓滿次第為前行，修大圓滿正行時亦有層次，而且前行及正行的各層次都有證量；祖師禪則須「一超直入」，無次第可依。
有些顯宗行人，不承認無上瑜伽乘的說法，認為它根本不能跟漢土的祖師禪相比，因為密乘有許多觀想，這些觀想即是「頭上安頭」。這種指責，可說是完全不了解密乘「道次第」的特色。蓋一切頭上安頭，無非只是前行次第。
有些顯宗行人，一提到密乘的觀想，就認為是婆羅門教的外道修習，他們忘記了釋迦亦教人觀想，如《觀無量壽佛經》，由日輪觀起，觀到西方三聖(阿彌陀佛及其二脅侍觀世音菩薩及大勢至菩薩)，那便有如密乘的壇城觀與本尊觀，因此對情器世間的觀想，又怎能稱為外道呢？
內密的三乘，是大瑜伽乘、無比瑜伽乘與無上瑜伽乘；其修習則為三次第，即生起次第、圓滿次第及大圓滿。然而卻並不是每乘分修一次第。只可以這樣說—--
大瑜伽乘以修生起次第為主，同時亦必兼修圓滿次第。無比瑜伽乘以修圓滿次第為主，但卻仍以生起次第為基礎。無上瑜伽乘以修大圓滿為主，則以生起圓滿二次第為基礎。
生起次第的修習，是生起本尊和壇城。但在內密的生起，卻不同於外密。內密的生起次第，是在空性大海中的自然呈現，一切都是「任運」而成，這就離開了作意。
我們也可以這樣說，生起次第的理論基礎，其實跟中觀自續派相通。
生起次第的勝義是，內在的智可以無整治而呈現為外境。當其呈現，若一有作意，那便落於世俗的層次。倘如用中觀自續派的話來說，無作意的內智顯現，是在「二顯」消失的情況下直觀對象，一有作意，便有「二顯」對立存在(有能顯的主體和所顯的客境)，因此便是世俗。
大瑜伽的修習，主要在世俗諦的層面，雖然視佛身壇城是為如來藏的開展，但究竟不離作意的層次。若修習圓熟，自性自然顯露，則是無比瑜伽的生起次第。故同一生起次第，大瑜伽的層次仍落唯識的方便，與無比瑜伽的層次不同。
圓滿次第的修習，並不是將已生起的外境加以整治，令其圓滿——例如觀想本尊時，覺得無法清楚觀想其周身的嚴飾，如指環、手釧、臂環、腳鐲等，於是集中思念加以觀想圓滿。這樣做，則仍然是生起次第，而且是有作意的生起次第。
所謂圓滿。是視萬法無非一心，此心即是法界，由法界能生起萬法，無有缺漏，因此才稱之為圓滿。因此圓滿便亦是含容萬法而不遺的意思。
這種見地，其實即是中觀應成派的見地。應成派的勝義無自性，即是心所生起的萬法，本質皆空，而能生的心亦空。應成派的世俗，是所生起的種種，無論屬於內心抑或外境，雖性相都不真實，但一切作用不失，所以修習圓滿次第，便能藉觀想所成，而得修習的功能。
在大瑜伽乘，圓滿次第修習，僅是外境的智慧尊化光融入三昧耶尊身(即行者由止觀而自成的本尊身)，行者即於光鬘中入定，由此引生樂明無念。在無比瑜伽乘，圓滿次第則以修細身為主，即將粗的身語意，歸納為細的脈氣明點，由是作脈氣明點的修習，藉此引生樂明無念。兩種瑜伽，其實都是依性相非真實的名言量而修，因其雖非真實但卻有作用。這樣修習，如來藏就自能漸漸顯露，斯即為自明本體。
當圓滿次第修習圓熟時，一切顯露都是法爾佛性，如來藏非染非凈，自然呈現為大樂光明。由於法爾呈現，遠離能所作意，因此便能無念。此即是大圓滿前行的修習。因此同一圓滿次第，於無比瑜伽的層次，亦與無上瑜伽的層次不同。
至於「生圓雙運」，則是二次第的無區別修習方便。
㈡大圓滿
無上瑜伽乘的主要修習為大圓滿，所謂大圓滿，亦可視為圓滿次第的進一步修習。因為無論在圓滿次第中如何離作意，離能所，甚至能令佛性法爾展露，但卻終歸仍屬於「界智」邊的事。此即有如中觀應成派的理論，一切法空，無論有為法無為法皆勝義無自性，但卻仍然落於辯證的范疇。
怎樣脫離界智，即是大圓滿的種種修習目的。所謂界智，亦即五根本智——妙觀察智、大圓鏡智、平等性智、成所作智，與法界體性智。作圓滿次第修習時，將貪嗔痴妒慢五毒，轉化為五智，由是如來藏自然顯露。但大圓滿卻並不認為這種轉化即是究竟。徹底的辦法，是令五毒自然清融於五智之中，於是五智亦不呈現，這才算真真正正證人法身空性的境界。
大圓滿心部的修習，超越上述諸乘次第之處，在於排除一切概念，離因果、離善惡、離取捨兩邊，由心自然生起萬法。也可以這樣說，無論見到任何外境，其實都是自心的自然智。因此便無要轉化的毒，亦無轉化而成的智。因為毒與智都是法，都是自然智的呈現。
大圓滿界部的修習，是視虛空界為法界本體之自然顯露，萬法只是此顯露之盛妝。是故無所謂解脫與束縛，要顯現，便顯現。此部超越心部之處，在於心部仍將萬法歸之於心性顯露的自然智，雖說是自然顯露，畢竟仍有心。
但依口訣部的觀點，此兩部仍未免落於俱生智見。心部的心，即知一切法本體的自然智；界部的界，即俱生法性境界，由於仍有意度，因此仍未能得大圓滿見之究竟。
口訣部依大圓滿見，直遣輪回涅槃。一切法雖呈現於法界，但卻不以此法性空為能取。即以離取捨之智(名言上稱為無二智)，將一切輪涅法都匯歸於離空執的法性中，是故無輪涅分別，於無分別中即證得法性境。
口訣部復分為三部。
隨機部以萬法不停自顯，是故稱為隨機，蓋謂隨機而現，而未現者亦未嘗不能顯。
口耳部則以無一法不能自顯，是故萬法畢呈，無所謂現不現之機。
心髓部亦以萬法皆能自顯，但其自顯實離善惡兩邊。故心髓者，即不思善、不思惡、不思煩惱與覺智、不思輪回與涅槃，如是但證人萬法生起剎那圓滿境界，是之謂無念三昧。
如《大無上庄嚴論》雲—--
諸持心者為心部 持虛空界為界部
若於道上無修治 此即口訣部心髓
至於心髓部之修習，復有「且卻」(khreg chod)及「妥噶」(thodr- ga)二法門，亦譯為「立斷」與「頓超」，則以妥噶較勝，直如祖師禪之一超直證。至其具體修習法，則非本論所詳。論主另有專論述及。
