上來已說寧瑪派九乘次第，在修持上跟四宗五見的開合，這部份內容，對理解本論「道上除妄」與「凈妄成覺」兩章相當重要，如果茫無所知，則很可能以為本論僅屬泛泛之談。現在，我們且分析一下本論的組織，以及各章的重點。
全論分為六段。即論首的「皈敬述意」，正分四章，以及論結的「論主迴向」。
皈敬述意部份，亦非泛泛，它說—--
這一句話，便即是大圓滿心髓派的精要。諸佛法身自性即是法性，即是如來藏，即是真如，即是佛性；遍虛空無處不在，其所開展的種種顯現，便即是萬法。萬法於此具真實法性的法界中生起，無不剎那圓滿。因此，這一句「述意」，其實已是真實大圓滿見。
接著說的，是報身佛的境界。
本來佛的色身，包括報身與化身，這里只談報身，可以說是密乘的意趣，因為寧瑪派將九乘次第，分攝為三身佛所說，而說內密者則為法身佛普賢王如來，說外密者則為報身佛金剛薩埵。至於化身佛釋迦牟尼所說，主要為因乘(顯宗)的法門，這里只提法報二身，便顯出本論內容以密法為主。
論結的「論主迴向」，主要為迴向有情能成佛道，迴向所據為大圓滿「無上寂靜、無染解脫」的意趣，亦顯出本論的精要。
由本論的一起一結，可見龍青巴尊者造論的嚴謹。
以下分談本論正分的四章。
㈠歸心於法
㈠思維輪回苦。
㈢思維死決定至。
如上所說，一般均視為大圓滿的「共前行」，共的意義，是無論修習顯密，無論修習大小乘，均應如此思維，然後才能生猛烈出離心，求脫離輪回，能得解脫。
我們千萬不可以為這樣的修習太淺，西藏密宗十分重視這部份的修習。
當阿提沙尊者臨圓寂時，他的弟子問他：「尊者去世了，我應該怎樣修行？」尊者答道：「修行是壞事，丟開了它。」弟子說：「那麼，說法嗎？」尊者答道：「說法是壞事，丟開了它。」弟子又問：「那麼，一邊修行，一邊說法，怎麼樣？」尊者還是答道：「那亦是壞事，丟開了它。」
弟子最後問道：「然則我做甚麼好呢？」
阿提沙尊者答道：「心丟開現世的五欲。」
丟開現世的五欲(財、色、名、食、睡)，即是出離。然而出離實在是一件難事，因此便必須作如上的五種思維，然後才能激勵出離心的生起。
許多學習密法的人，但求高法、深法，然而卻缺乏了出離心，因此他們的修學便也缺乏了基礎，這樣，便很容易將一切修學用來求世間福報、求本尊加持，結果一切所為便反而變成輪回的因。
是故修密行人，對本章所言，實不應視為老生常談。裡面提到的種種思維，實在是大圓滿的修習基礎，因為它是生出離心的基礎。
㈡修法為道
甲、擇師之道
乙、事師之道
㈡聞思修法
㈢建立悲智菩提心
戌、發清凈願
既「歸心於法」，即當修法，修即是實行的意思。不但應當修法，而且應該以修法作為自己的路向——路向便即是「道」。
世俗的人，重視現世的五欲，五欲便是他們的法。他們的一生，完全將精神放在名利的爭逐，那便是他們以修五欲為道。
可是他們卻不理解，五欲所帶來的其實只有困擾與痛苦，而且即是輪回的因。因此佛才示有情以正道，即是以脫離輪回作為自己人生努力的路向。
要這樣做，第一步便是擇師。西藏密宗的傳統是，弟子觀察上師三年，上師亦觀察弟子三年，彼此滿意，然後才建立師徒關系。
既擇得上師，便當知事師之道。藏密尤其強調上師的地位，因為顯宗只有三皈依，即皈依佛、皈依法、皈依僧，西藏密則有四皈依，即在於三皈依之上還加上皈依上師。蓋以具德上師一身即已攝集三寶的自性，他的意即是佛、他的語即是法、他的身即是僧。
依照藏密傳統，有上師應具十德與弟子應具十德，已於正文中注出，可予參考。漢土流行的馬鳴論師《事師五十頌》，亦可參考。
然後是聞法、思法、修法。
本章關於聞思修法，僅予略提，在下章中提到，其實即與聞思修法有關，讀者不可忽視。除擇師事師之外，本章所強調的「修法為道」，重點其實在建立悲智菩提心。
小乘跟大乘的主要分別，可以說，即在於有無建立菩提心。小乘唯重自修自證，所以不須菩提心的建立，大乘自度度他，因此菩提心便成為基礎。
所謂菩提心，即是「覺心」。自己固求覺悟，亦圖令人覺悟，這就必須基於悲心。是故便有將一切有情視為自己過去生中的父母或眷屬，願有情能成佛道、迴向、隨喜、發清凈願等等修習，都是為了悲心的建立。
然而覺心除了悲心的成份外，還須要建立智心，這才能稱為「悲智雙運」。
這種智心，即是「般若」(prajna)，亦即了知一切法本無自性。關於這點，我們在談四宗宗義時已經談過。
在這方面，尤須重視「三輪體空」。所謂「三輪」，即施者、受者、與所施之物或法。若行布施，即應將自己、對方及布施之物皆體會其空性，三者皆非實有，由是說既無施者，亦無受者，復無所施之物。能這樣做，便可說為「悲智雙運」——即於生起悲心，欲行布施的同時，即已能體會三輪的空性。在這里，須注意的是悲心智心同時生起，而不是先有悲心，然後才生起般若智。因若有先後，則便不能稱為「雙運」了。
第一、二章所說，其所攝內容，主要是三種。一出離心；二清凈見；三菩提心。其中第二種說得較略，因為清凈見即是知諸法的空性，屬於聞思修法的范圍。
後來格魯派祖師宗喀巴大士著《菩提道次第廣論》及《菩提道次第略論》，建立上中下三士道，其所建立亦不出本論所說范圍之外。
宗喀巴大士先建立三士道的共同基礎，即㈠須親近善知識(承事上師)；㈡思維人身難得。
其所謂三士道。「下士道」指脫離惡趣，能生人天的法門；「中士道」指解脫輪回，能斷煩惱，證菩提的法門；「上士道」指修菩薩行，發菩提心，證大菩提的法門。
這三士道，亦各有其基礎。
修下士道的基礎是——於思維人身難得的基礎上，生起怖畏輪回之心，欲求遠離惡趣，因此便能止惡修善，命終得生人天。
修中士道的基礎是——於止惡修善的基礎上，對三界六道生厭離心，因此出離塵俗，精進於斷煩惱的修習，由是得證小乘果。
修上士道的基礎是——於斷煩惱修習的基礎上，想到六道有情的痛苦，因此發悲智菩提心，不但求自己解脫，同時亦求能令六道有情解脫。由是入菩薩道，證菩薩果以至佛果。
宗喀巴大士的如上建立，顯然是對本論所述加以發揮，同時能整理出一個「道次第」出來。由是可知寧瑪派的教授，跟格魯派教授彼此之間的淵源與開合。
㈢道上除妄
第三「道上除妄」，為本論的重點。達賴喇嘛特別邀請寧瑪派法王敦珠寧波車為本章作解釋，足見其對本章的重視。
本章依九乘次第，將清除妄念分共法、不共法、無上法三類。
共法，指顯密二乘共同的修習，即包括全部九乘次第的修行在內。不共法指密乘的修習，即包括外密三乘與內密三乘。無上法則專指內密三乘的修習。
這樣的分類，每類並非孤立，依然成一次第，即無上法以共法、不共法為基礎；不共法以共法為基礎；而共法則以前兩章所述的出離心、清凈見為基礎，大乘共法則當然還應該加上菩提心的基礎。
本論略於小乘，側重大乘，因此一開頭談到共法時，便先說菩提心。
敦珠寧波車於釋文中強調，菩提心有兩種層次，即悲心——世俗菩提心；智心——勝義菩提心。
㈡修三十七助道品，完成資糧道、加行道、見道及修道。進而修十六空及六波羅蜜多，由是修勝義菩提心。
清除妄念之法，於世俗菩提心的修習時，以對治法對治貪嗔痴三毒；於勝義菩提心的修習時，則應修習「緣起」，體會「緣生性空」之旨，由是離涅槃輪回兩邊、離取捨兩邊，而入中觀見。此即中觀應成派的見地。如是兩種修習，即能除修菩提心的迷亂與妄見。
敦珠寧波車於注釋本節時，特別提出：「顯宗見地與密乘大圓滿見，證悟空性均無二致。」這是相當持平之論。因為見雖不同，而果則無二，是故證悟空性即為成佛之因。依照寧瑪派的觀點，顯密的分別，僅在於密乘別有一套「不共修習」，能令行者由修習而逐步證悟空性，顯乘則缺少此綿密的次第。
(甲)外三乘
不共法統括密乘之內外六乘而言。
外三乘密法都有能所，因其修持所依據的理論，依次為小乘毘婆沙宗、經部宗及大乘唯識宗，依中觀見，三宗皆有「實事」的建立，以此為「不了義」。有實事，即有能所。
所以外三乘的除妄，仍須用對治法，一如世俗菩提心的修習。然而所謂能所，系指能除妄之智，與為智所除之妄，是故於對治時，智妄兩途有顯然分別，不能如實入於中道。由是敦珠寧波車指出，外三乘都須用「交替修法」。交替的目的，即在於盡量泯滅能所。
提出「交替」，是很重要的指示。是故修外乘者，當著意於此。其修習要領，具見宗喀巴大士著的《密咒道次第廣論》及克主傑大師著的《密宗道次第論》(原名《密續部總建立廣釋》，譯者已另行譯出)。本論不贅。
(乙)無上法
內密修習的道上除妄，即「無上法」，是本論的重點，故論之特詳。
首先，本論提出一個很重要的總綱—--「是故所舍，即反成為修道之方便。」
我們要舍貪嗔痴三毒，即就貪嗔痴三毒而修，如是不著意於舍離迷妄，迷妄便自然轉成覺性。這即是所謂「反修」。
顯乘的人，對密乘的反修很不理解，只有禪宗的人對此方能會心，這即是見地不同之故。顯乘的人對密乘的雙身法尤其痛心疾首，或詆毀其淵源來自印度教的「性力派」，更從日本移植「左道密」一詞來加以指斥，即是由於不明白反修之理。
其實《華嚴經》中，即記載有菩薩化身為妓女，以度脫貪慾特重的有情。這便等於菩薩教導反修。如果說根本無反修這一回事，則這位婆須蜜多女菩薩，又焉能藉聲音、目瞬(晴神)、抱持、接吻、親近(交合)等而令天人、人、非人等得度。
本論說明反修之理，實基於大圓滿見，即「於壇城中一切自然顯現者，均為佛性展露，亦為行者自心所造。」這便是如來藏的思想，亦即由無二智證得的法性界，此點已見前說。
然而反修卻亦須基礎，否則便徒然修毒而非修智。所以於提出這總綱之後，本論即由生起次第說起。讀者須對此實際修持的「道次第」加以重視。
第一、生起次第修行道上的除妄，是將行者的身轉為本尊、語轉為咒音、意轉為本覺。
第二、圓滿次第修行道上的除妄，是藉脈氣點的修習，入光明界，且能駕御心氣。
第三、大圓滿次第修行道上的除妄，為令行者得入本來具足之法界。
凡此三點，具見於本論及敦珠寧波車的釋文。筆者附加的注文，雖為狗尾續貂之舉，但對初學亦應有參考價值。三點之中，又特詳大圓滿，則因生起、圓滿二次第，雖每次第均有證量(即修行道上的收穫)，但若以大圓滿的層次視之，則二者亦可看成是大圓滿修習的前行。筆者已詳注龍青巴尊者的《大圓滿禪定休息清凈車解》一書，即詳述此前行二次第的修習法。讀者有緣可以參考。
筆者於注本論時，用中觀應成派的理論來解釋大圓滿見，並非有意將兩種見地混淆，只是用基礎理論來解釋，則較易理解而已。
然本論提到大圓滿的具體修習，分正見、正定、正行三者，實為修習大圓滿的三個次第，敦珠寧波車對此已有詳釋，讀者可自行體會。此實為心髓派的無上口訣，不可忽略。
㈣凈妄成覺
第四「凈妄成覺」，是對如何清凈妄心，使成本覺的指示。本章釋文，為親尊寧波車所釋。凈妄成覺，分加行與正行兩部份。
由外密修至內密的圓滿次第，屬於加行(即前行)。這階段的修習，即轉五毒成五智。大圓滿的修習，屬於正行(若自究竟而言，則且卻、妥噶等仍屬加行)。此即為「自廣大佛性中清除污染」。
以上二者，在本論及釋文中已經詳說。
關於大圓滿正行的修習，各部均有口訣，龍青巴尊者之《大圓滿虛幻休息妙車疏》，以如夢釋不生、如幻釋不滅；如眼華釋不來、如陽焰釋不去；如水月釋無斷、如谷響釋無常；如乾達婆城釋不異、如變化釋不一。雖仍以中觀見釋大圓滿見，然此中已實有口訣。此為心髓部之名著，對大圓滿有興趣的讀者，實應細讀，則可與本論互為補充。
此外妙吉祥友尊者(manjusrimitra)著有《心部口訣教授》一書，近年已有英譯，名為《primordial experience》，可與龍青巴尊者此論比較，即可知心部與心髓部的區別。至於界部的口訣，則未見譯出。
本論讀者，若能對「四宗」、「五見」，以及「九乘次第」加以認識，則對寧瑪派的密法當已可初步全面了解。倘用根、道、果的觀點來理解本論，第一、二章可視為根；第三章可視為道；第四章則可視為果。然而此根道果三者，均須與宗、見、次第配合。
