關於佛教的特質，也就是佛教是宗教還是哲學的問題，在現代學術史上爭論很大。方立天教授繼承了湯用彤先生佛法亦宗教亦哲學的觀點，認為佛教既是一個宗教信仰系統，又內含豐富深刻的哲學內容。方教授畢生的學術重心，就圍繞佛教哲學而展開。
佛教哲學在佛教文化體系中佔有一個什麼樣的位置呢？方立天教授認為佛教文化體系是一個內含豐富而復雜內容的有機體，包括了神學、哲學、道德、文獻、文學、藝術、科學和社會心理，而哲學是整個佛教文化體系的核心。首先，佛教哲學表達了佛教對宇宙人生的根本看法，體現了佛教的最高理論思維；其次，佛教哲學深刻地影響了佛教的信仰觀念、道德實踐、文學藝術和社會心理；再次，佛教哲學處於佛教文化諸元素的最高層次，對其它因素有決定作用。
方立天教授在佛教哲學領域的首要貢獻，是成功地建構了佛教哲學和中國佛教哲學的體系。儘管佛教包含了極其豐富的哲學思想，但佛教本身是以宗教形態存在於世的，通常並不直接表現為哲學，這也就是近代有人主張佛教非宗教非哲學，或只是宗教不是哲學的重要原因。因此，提出佛教哲學的概念，首先就要建構佛教哲學的體系，闡明佛教哲學的框架和內涵。
在《佛教哲學》一書中，方立天教授從現代哲學視角出發，舉重若輕，對遍及五大洲歷時2500餘年的佛教文化作了解析，提煉出佛教哲學的三個主要成分，這就是人生論、宇宙論和認識論。人生論主要包括人生學說和倫理學說，宇宙觀包括宇宙要素論、構成論、生成論和本體論，認識論則主要分析禪觀、般若中觀、因明、頓悟、三諦等認識方式。這一體系綜合運用了價值學、心理論、認識論等現代研究方法，比較如實地反映了佛教自身的特色，同時充滿時代精神，從而成為國內外各個層次的讀者了解佛教文化的入門佳作。
在《中國佛教哲學要義》一書中，方立天教授進一步對中國佛教哲學體系作出了前所未有的概括。他以大量獨具中國特色的佛教著述說明，在佛教中國化進程中，出現了印度佛教文化與中國文化的深層融和，產生了中國佛教哲學。有一種影響很大的觀點，認為只有印度佛教哲學，沒有中國佛教哲學，中國佛學只是印度佛學的繼續發展，不屬於中國哲學的傳統。(牟宗三，1989)方教授認為這一觀點只看到了中印佛教的聯系，而未嘗注意其差異。在中國固有文化和哲學的強力影響下，印度佛教在中國流傳過程中，在體用觀念、心性理論、倫理學說、修持方法和思維方式等一系列重大問題上都發生了偏離，乃至性質的變化，甚至與印度佛教教義完全相反，這在天台宗、華嚴宗、凈土宗和禪宗等幾個中國化的宗派上均有程度不同的表現，舉凡這些異於印度佛教的部分，就構成了中國佛教哲學的獨特內涵。
在對中國佛教兩千年間所有重要佛教思想家和流派系統研究的基礎上，方立天教授對中國佛教哲學體系做出了概括，認為中國佛教哲學包含了人生論、宇宙論和實踐論三大部分。人生論主要說明人生主體的本質和理想，宇宙論論述人生所處的環境，實踐論闡釋人如何修行解脫，實現終極目的。三者相互聯系，構成了中國佛教哲學的框架，體現了中國佛教哲學的特色。其中每一部分，又包含了眾多不同的側面和多重內涵。人生論包括了人生本原、因果、價值、形神、心性、佛性、道德和理想等內容，宇宙論涉及結構論、現象論和本體論，實踐論則主要指修持的方法、方式、步驟、過程和直覺思維等議題。
方立天教授有關中國佛教哲學體系的建構得到了學術界的高度評價。學術界認為，這一體系擺脫了半個多世紀以來在中國佛教思想研究中拘泥於唯物主義和唯心主義兩軍對壘的傳統，從中國佛教哲學的實際出發，將西方哲學、中國哲學與佛教哲學真正匯融起來，達到了一個新的高度，具有示範意義(方廣錩語，載李艷輝，2003)。更重要的是，這一體系從人學的角度入手，抓住了佛教哲學乃至所有宗教哲學的核心。這一體系先講人生論、心性論，次講宇宙論，最後是實踐論，全部圍繞人的問題展開，沒有像一般的哲學體系那樣，將宇宙論放在第一位。「這本書把握的不僅是佛學，而且是整個宗教的本質問題」，「這部書不僅作為學術著作有貢獻，對我們的精神生活也會有很大作用」。
