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法相唯識宗因通過分析「法相」得出「萬法唯識」的結論而得名，也稱「法相宗」或「唯識宗」。由於該宗的創始人玄奘和窺基常住慈恩寺，窺基還有「慈恩大師」之稱，因此又稱「慈恩宗」。又由於該宗繼承古印度瑜伽行派的學說，《瑜伽師地論》為該宗的根本經典，故也有稱之為「瑜伽宗」的。法相唯識宗所依據的經典，號稱「六經十一論」，「十一論」中又有以《瑜伽師地論》為「本」、其他為「支」的所謂「一本十支」的說法。實際上，最主要的只有「一經二論」，即《解深密經》與《瑜伽師地論》、《成唯識論》。其中又以《成唯識論》最重要，它基本上包括了法相唯識宗的全部思想學說。法相唯識宗弘傳的基本上是印度瑜伽行派特別是護法一系的思想，其最重要的內容是唯識說、三性三無性說、轉依說、五重唯識觀和五種姓說，同時重視因明的運用，在判教方面則提出了「三時教」的理論。
「唯識說」是法相唯識宗理論的核心基礎，意思是萬法皆唯識所現，識外無真實之境。該宗所立八識、四分、種子、三能變等學說概念都是為唯識無境思想作論證。
「三性三無性說」是法相唯識宗解釋一切現象本來面目的理論依據。三性亦名三自性、三相、三自相等，即遍計執性、依他起性、圓成實性。該宗認為，要理解一切現象的實相在於詳細區分三性，也就是在依他起性上，遠離遍計執性的謬誤，去掉虛妄分別，由此獲得對一切現象的最完備最真實的認識。法相唯識宗在三性的基礎上又總結出「三無性」，即相無性、生無性、勝義無性。相無性是說一切遍計所執的事物，其相皆假而非實有；生無性是說一切法皆依因緣和合而生，因緣生則無有實性；勝義無性是說諸法勝義原無生滅，本不可說，故無有實性。三無性被認為是佛的「密意說」，而非「了義說」。之所以如此，是因為「三性」中的後二性乃「假說無性，非性全無」。也就是說，在法相唯識宗看來，真正「無」的只有「遍計所執性」，至於依他起性，雖無實性，但有假相，故非「全無」，而圓成實性，乃是真有、實有，就更非「性全無」了。現假說為無，只是為了否定世俗所執持的那種實性而已。三無性其實是從另一個角度對三性思想的表述。法相唯識宗的三無性說，反映出它與大乘中觀學派空觀思想的聯系和區別。
「轉依說」也稱「轉識成智」，是法相唯識宗的解脫論。法相宗認為，變現自我與一切事物現象的識，如同它所變現分別的事物一樣是虛妄不實的，是眾生煩惱輪回的根源。通過宗教修持的「熏習」，使染污的種子減弱，清凈的種子增強，使雜染的阿梨耶識變為純凈無垢識，就是成佛。這一根本轉變過程仍然是在藏識即阿梨耶識上實現的，所以阿梨耶識也稱為「染凈依」。一定的識經過轉化後可得相應的智，即前五識轉為成所作智、第六識轉為妙觀察智、第七識轉為平等性智，第八識轉為大圓鏡智。
「五重唯識觀」是法相唯識宗的觀行法門。五重指：一遣虛存實識，二舍濫留純識，三攝末歸本識，四隱劣顯勝識，五遣相證性識。這五重裡面所說的識，是唯識觀的簡稱。這是窺基為確立世界萬法「唯識所變」而提出的對萬法唯識之理的五個層次的觀想方法，通過這五重觀法即能認識「唯識性」，達到「轉依」的目標。
「五種姓說」是法相唯識宗的獨特學說。該宗認為一切眾生先天具有五種本性，由阿梨耶識中無漏種子和有漏種子所決定，不可改變。這五種姓指聲聞種性、緣覺種性、菩薩性、不定種性及無種性。從理論上來說，種姓與佛性之間有著內在的必然，種姓問題的實質就是佛性問題。在大乘經典中存在著兩種對立的佛性論，一種認為一切眾生皆有佛性，悉能成佛；另一種觀點，也就是玄奘所傳戒賢之五種姓說，認為有一部分眾生永遠不能成佛。這種說法因將部分眾生排斥在成佛的可能性之外，與在中國佔主導地位的「一切眾生悉有佛性，皆得成佛」的說法不合，因而不受歡迎。五種性說表現出的獨斷的佛性論，在很大程度上限制了人們的宗教熱情，同時也不可避免地受到佛教內部各派(以天台宗為首)的責難。
法相唯識宗對佛教因明學也有所發展。因明，五明之一，是佛教的論理方法。關於因明和量論的介紹，雖然不是始於玄奘，但是經過玄奘及其弟子窺基的闡揚，才在中國傳播開來，湧現出了一批專門研究因明的學者和註疏。法相唯識宗主要繼承了印度佛教因明學的論證、推理方面，例如玄奘對因明三支作法的完善，避免了三支比量因立言多繁帶來的束縛，使因明更好地成為論證的工具。因明傳授是法相唯識宗獨有的特徵，相傳圓測在與窺基爭奪師承時，就是因為窺基獨得因明之學而得真傳。
法相唯識宗的傳承一般作：無著→世親→陳那→護法→戒賢→玄奘→窺基→慧沼→智周。玄奘曾西天取經，遊學印度17年，特別在當時印度佛教的最高學府那爛陀寺師從著名的瑜伽行派論師戒賢學習唯識教義，深諳其真諦。回國後，玄奘受到了唐王朝的敬重。在唐太宗的支持下，玄奘在系統譯出大量佛典的同時，重點翻譯介紹了瑜伽行派的思想和學說，為法相唯識宗的創立奠定了理論基礎。玄奘還接受窺基的建議，將古印度「唯識十大論師」解釋世親《唯識三十頌》的有關著作編譯成了《成唯識論》十卷，這成為法相唯識宗的最重要的代表作。在譯經的過程中，玄奘培養了一大批弟子，其中最有名最富有才氣的是窺基。窺基致力於著書立說，發揮玄奘所傳的法相唯識學說，有「百部疏主」之稱。《成唯識論述記》是其眾多論著中最重要的一部，歷來受到高度重視，其影響甚至超過了《成唯識論》本身。窺基在協助玄奘創宗方面曾起了很大的作用，法相唯識宗實際上是經由窺基才完全建立發展起來的，《宋高僧傳》卷四《窺基傳》中評價說，「奘師為瑜伽唯識開創之祖，基乃守文述作之宗」。
綜上所述，由玄奘、窺基所創立的法相唯識宗，其理論體系之龐大，論證之繁瑣，在世界宗教史上亦屬罕見。他們的研究和闡述，雖有局部創見，但總體上是對印度瑜伽行派學說的嚴格繼承和反覆論證。他們所建立的理論體系，即使在佛學氣氛濃厚的唐代，也很難為一般人所接受，以至於其學說缺乏必要的社會基礎和傳播土壤。它在帝王的支持下曾盛極一時，但還是很快就衰微了，僅在歷史上輝煌了幾十年。法相唯識宗的有關學說和論證方法，也對中國哲學產生過重大影響，為後人留下了一筆豐碩的思想遺產，在近代中國的知識階層中，就曾湧現出一個復興唯識學的文化運動。
