在中國佛教史中，影響最大，並得到充分發展的宗派首推禪宗。若從盛唐時的六祖慧能大師算起，歷朝歷代，禪宗都是中國佛教中的主角，其聲勢和力量遠遠超過了唯識、天台和華嚴。一千多年來，禪宗在中國佛教中的地位是崇高的，幾乎沒有遇到什麼挑戰，也沒有人對它有過什麼懷疑。但在近代，隨著唯識學的復興，佛教的理性主義加強，對禪宗的質疑就隨之而來。
禪宗號稱「教外別傳」，教是佛教的經教，也就是以經、律、論這「三藏」作為理論系統和立教的依據。禪宗既是「教外別傳」，它的行為則不受經教理論的規範，也不求在經教中去尋求依據。加上唐代後期禪宗完全拋開了「籍教悟宗」的「如來禪」，而別標「超佛越祖」的「祖師禪」，更使禪宗和經教的聯繫紐帶斷裂。但那時唯識、天台、華嚴這幾家以經論傳家的大宗派已經衰落，禪宗「祖師禪」的形成幾乎沒有遇到什麼阻力，加之「祖師禪」自身也是光芒萬丈，耀人眼目，人們趨之猶恐不及，哪裡還談得上去懷疑呢？何況「祖師禪」本身，對因循經教就不屑一顧，甚至大加斧鉞。在唐武宗滅佛運動之後，唯識、天台、華嚴這幾家宗派在喪失了立宗的典籍之後(這些宗派豐富浩翰的典籍，被唐武宗焚毀殆盡)，自己尚失去了立宗的依據，又哪有力量來對禪宗質疑呢？
近代唯識學復新，加之有眾多的高級知識分子的參與，隨著對唯識學理論研究的深入，對禪宗的質疑和發難也就隨之而起了。
首先是對禪宗「明心見性，頓悟成佛」的懷疑。禪宗「頓悟」的標準是什麼？這樣的「頓悟」就能成佛嗎？禪宗既自稱「教外別傳」，加上又拋開「籍教悟宗」的「如來禪」，所以在經教中是找不到依據的。禪師們的依據是一代一代的「以燈傳燈」，「以心印心」，局外人根本不知道其中的準繩是什麼。
另外，禪宗的開悟與教下各宗所講的開悟是同是別呢？教下的開悟就是「見道位」，這在唯識學中是有次第、有標准、有依據的。何況「見道位」遠未成佛，後面還有「修道位」和「究竟位」，「見道」僅僅是第六意識的清純，對作為「我」的第七末那識，對於「一切種」的阿賴耶識尚無根本的影響，還處在「轉」的過程中，並沒有取得最終的成果。何況一經「見道」就成了「初地菩薩」，那些「開悟」的禪師們是菩薩嗎？菩薩就有「化身」和「報身」，就有相當的神通變化，這些禪師們有嗎？還有許多，如禪宗一方面標榜「頓悟」，後來又安立「三關」，即破本參、透重關、砸牢關這「三關」之說，既是「頓悟」，就不應有「三關」的次第；若有「三關」這種漸進，就談不上「頓悟」。加上明清以來，禪宗也逐漸衰落，沒有令人振奮的氣象，狂禪、文字禪和念佛禪遠非唐五代和兩宋時禪宗那樣的意氣風發，以至有人把明清以來佛教衰落的責任，歸咎到禪宗的頭上——是禪宗破壞了佛教經教的理性傳統，是禪宗掃蕩了佛教的理論系統。回顧南北朝和盛唐時期佛教內那種朝氣蓬勃、百花齊放、群星燦爛的時代，人們必然會引起這樣的看法。
的確，與唯識宗的嚴密，天台宗的精細，華嚴宗的博大相比，禪宗的確沒有系統的充滿理性的說教。它的機鋒、棒喝、參話頭、默照，以及許多相應的開示、小參、上堂等禪師們的「法語」，的確如禪師們所說的，是「羚羊掛角，無跡可尋」，理性的思維、邏輯的推論似乎對此毫無下手之處。有人說禪宗之禪就是一種「不確定」——天知道是什麼東西!所以，如果要「研究」禪宗，那就找錯了對象，因為禪宗之禪本身就不是研究的對象。不過，如果把禪宗之禪納入精神現象，作為一種心理狀態來進行體會，或許會使人對它有所了解，或許也會體驗到其中的妙處和樂趣。
前面我們對唯識學、天台和華嚴都作了一些介紹，這些介紹，著重於它們在人們現實精神、心理中的意義，而非僅為學術性的探討，對禪宗也是如此。因為佛學是心性之學，並且是實踐性的心性之學，如果作為學術對象來研究，就失去了它的根本意義。禪宗的產生，原本就是對佛教學術化的一種批判。禪宗自稱「佛心宗」，它要求眾生之心升華——回歸為佛心，這種升華——回歸，是在人的精神和生命之中，而不僅僅停留或周旋於認識之中。禪宗的方法，類似於老莊的「棄聖絕知」，甚至更為乾淨徹底，因為老莊所「棄」的聖人之道是儒家的，不是自己的。而禪宗所「棄」的，恰恰是佛教自身經千年發展積累的那一份龐大的精神成果。禪宗認為這已經是向佛心升華、回歸的障礙和累贅——釋迦牟尼成佛時何嘗有這么多的累贅呢？理論需要完備和盡善盡美，而實踐則需要簡捷明快，這是佛教修行中所遇到的矛盾，一個佛教內的二律背反，學佛需要經教作為理論的指導，沒有佛教經論作為指導的修行決非佛教，絕對不能成佛；另一方面，理論的東西又絕非真正意義的佛教，理論並不能使人成佛，佛教經論往往成為「所知障」，是修行實踐中的大敵。唐代禪師似乎就意識到了這個矛盾，以至有「依經解教，三世佛冤，離經一字，如同魔說」之論。
禪宗之禪是什麼呢？是一種禪定或高級禪定，還是一種止觀或高級止觀呢？都不是。
在前面的介紹中我們曾經看到，禪定的定，或止觀的止，都是第六意識的一種功能狀態。第六意識有明了位、散心位、睡眠位和禪定位四種狀態，禪定僅是其中的一種而已。在這樣的大前提下，哪怕修行者窮盡了四禪八定，也只是在第六意識中打轉而已。定就是「言語道斷，心行處滅」，也就是使思維在運動中停頓和靜止下來，如同放錄像帶時，按一下靜止的鍵紐，進行中的境像就靜止不動了，被「定」在那兒了。定的定義就是「心一境性」，心與境相即，不移不動，等同於錄像中的靜止狀態。在這樣的狀態中，時間凝固了，空間也凝固了，被流動思維所遮掩的深層精神中的某類現象，在定中顯現了出來——這是生命和精神中更為內在的部分，思維只能及其表而不能入其里。定——所謂「波靜珠沉」——思維在定中以非思維的形式反而得以深入裡面進行觀照。這就是禪定的功用。
禪的另一層意思是思維修。就個人而言，其理性的思維並非能完善地、長久地、穩定地處於明如鏡、止如水的狀態，經常因思維中的雜質干擾而處於散亂、盲目的迷宮中。就思維本身而言，不僅需要受到保護而不受干擾，還需要獲得更大的能量來支持和強化其功能。同時，思維也需要進行保養和矯正，使之處於最佳程序的狀態。若不對思維進行強化和優化性的調理，認識就會處於無力狀態、也會出現偏差，而對真理的追求和把握，是需要思維和認識的絕對清徹和正確，所以思維修對認識而言，是極為重要的。
佛教對思維修所編制的程序就是各種各樣的「觀法」，「觀法」就是思維修。各宗各派有自己特有的觀點，從印度的白骨觀、數息觀、中觀到中國的天台止觀、華嚴法界觀等都是思維修。用現在的話說，這種種思維修，實際就是一種佛教世界觀，通過不斷地修觀，使自己的精神心理和認識，與這些世界觀融為一體，並在修定時，在定中產生相應的作用和效應。
不論是禪是觀，也不論是定是止，歸根結蒂仍然不能超越第六意識的天地，在止觀的作用下，可以「見道」——達到對絕對真理的認識，這就使第六意識的作用和力量發揮到了極致。一經「見道」，思想中的各種「煩惱見」就可以得到根除或轉變。但對於第七末那識這個煩惱的根本源，對於第八阿賴耶識中的「一切種」——這裡面的大多內容是以「業力」形態潛藏於其中的，「見道」後的第六意識對此是沒有直接功用的。第六意識的功用只能是「現行」於意識中的東西發生作用，對尚未「現行」的一切則只能望洋興嘆了。
另一方面，第六意識能「見道」當然是美事，如果沒有「見道」，反而成了「見見」，它的理智活動成了「所知障」，反而束縛了自己，這就惹了大麻煩。所以禪宗常稱這一類陷於佛教文字理論陷餅中的學者為「鬼窟活計」，說道理時頭頭是道，而行為表現則完全是另一回事。這是佛教修行者常常遇到的難題和困境，使人左右為難。怎麼辦呢？禪宗在自己的修行實踐中提出了「全體起用」、「大機大用」等方法，為修行者指出了一條走出困境之路。
圭峰宗密禪師在《中華傳心地禪門師資承襲圖》中評論馬祖大師的禪風時說：
起心動念，彈指動目，所作所為，皆是佛性全體之 用．更無別用。全體貪嗔痴，造善造惡，受樂受苦，此皆是佛性……一切天真自然，故所修行之理，宜順此而乃不起心斷惡，亦不起心修道。道即是心，不可將心還修於心；惡亦是心，不可將心還斷於心。不斷不造，任運自在，名為解脫人。無法可拘，無佛可成……心性之外，更無一法可得故，但任心即為修也。
「起心動念，彈指動目，所作所為」——這是包括了眼耳鼻舌身意全部八識的活動。禪宗認為，「全體貪嗔痴，造善造惡，受樂受苦」——這一切精神內容、行為活動及其最終的承受都是佛性，而且都是「佛性全體之用」。而這一切，又都是「天真自然」的，所以真正意義上的修行，就應該順從人類這種自然天性，既不起心去修道，也不起心去斷惡，當然更不能起心去作惡。為什麼呢？因為佛就是這個包括善惡等一切精神內容的心。既然佛就是這個心，所以修行是多餘的；惡也是精神的功能之一，也是這個心，所以又怎麼能「斷」呢？又如何去「斷」呢？所以不論善惡、道與非道，都應採取「不斷不造，任運自在」的方式和風格，做到了這一點，就是解脫，就是佛了。
所言同是一精明，分為六和合。一精明者一心也，六和合者六根也。此六根各與塵合……中間生六識，為十八界。若十八界無所有，束六和合為一精明，一精明即心也。學道人皆知此，但不能免作一精明六和合解，遂被法縛，不契本心。
在黃檗禪師這里，「一精明」就是「全體」意義上的心，但許多修行的人卻不知在全體上起用，僅停留在思維上，知識上，「遂被法縛，不契本心。」所以黃檗禪師還說；「學道人多於教法上悟，不於心法上悟」，「諸佛與一切眾生，唯是一心，更無別法」，「此法即心，心外無法，此心即法，法外無心」。理論畢竟只是理論，實踐才是入道之門，下面看幾則禪宗公案。
(龐居士)後參馬祖，問曰：「不與萬法為侶者是什麼人？」祖曰：「待汝一口吸盡西江水，即向汝道。」士於言下頓悟玄旨。
現代藝術中講「意識流」，其實人的思維活動豈止是「流」，它可以是涓涓泉水，也可以是奔騰洶涌的長江大河。對佛法的追求，三藏十二部的經論又如同意識的海洋，人的精神和認識在其中東流西淌，到底應流向何處呢？「一口吞盡西江水」只是一個譬喻，意識的活動如江水一樣自可流動，如果修行者能把這萬古不息的思維江河「一口吞盡」，其中的境象就另是一番風光了、「吞盡」就「無漏」，意識的全體功用就會展現。
人們對於自己的精神和意識常常處於「沿流觀境」的狀態。思維的本質就是流動，這就決定了其中的內容永遠只是部分和片斷，達不到對全體的把握。「一口吞盡」則能把握思維的動與靜、部分與整體、乃至動態思維和禪定意識中所達不到的地帶。要知道，第六意識和末那識、阿賴耶識原本是一體之心，為區別心的三層功能而安立了這三種識，三者原本沒有不可逾越的鴻溝。「一口吞盡西江水」還不僅僅「吞盡」了第六意識，包括第七末那識和第八阿賴耶識也是被一口吞盡了的。在這樣的「全體」作用之下，禪宗的方法就超越了常規止觀被囿定的第六意識，為佛教的修行，為「頓悟」開闢 了一條大道。
佛教修行，以「信、解、行、證」為其完整的體系，分別被稱為「信門」、「解門」、「行門」和「證門」。以凈土宗而言。是「信行」並重；以天台和華嚴而言，是「行解」相應；就唯識宗而言，則偏重於「解」；就禪宗而言，則「行證」並舉，——這大概是中國佛教中的常規說法，主要是禪宗的說法，其它宗派未必苟同。禪宗的確是這樣認為，《五燈會元》中許多禪師對唯識學都有相應的評判——學習唯識學多年，不解決實際問題，於是才改修禪宗。以至他們都認為唯識學僅僅是「解門」——知識的求證，並非實踐的場所。要成佛必須實踐，要「行」，停滯在「解」上是不解決問題的。
如馬祖的弟子鹽官齊安國師，有一次，一位講華嚴的法師來請教，他問那位法師：「華嚴講幾種法界？」法師說：「廣說則重重無盡，略說則有四種。」鹽官國師把拂塵一豎，問：「這是第幾種法界？」那位法師回答不出，鹽官國師說：「思而知!慮而解，是鬼家活計。日下孤燈，果然失照。」
這是對「解」的批判，如何使修行者自然而然地「行」呢？《五燈會元》中有一則公案很有趣，有個和尚問禪門老宿：「獅子捉兔亦全其力，捉象亦全其力。末審全個什麼力？」老宿說：「不期之力。」 不僅獅子捉兔捉象要調動全身各個部位協調作戰，人們任何一種行為活動，都是全身協調配合參與了的。如走路雖然是腳的事，但眼要看，耳要聽，心要想，手也不能去搗亂——攀著鐵欄桿不讓腳走路，五臟六腑為其提供能量。同時僅僅走路也得使全身各部位的肌肉與腿腳的運動相協調。
禪宗的「全體起用」也是這樣的，不僅要調動第六意識的力量，而且要調動整個八識的力量，這樣來修行，就可以避免「解」的偏隘。
如唐代道吾禪師問雲岩禪師：「觀音菩薩千手千眼，你說其中哪一個是正眼？」雲岩說：「如人夜裡摸枕頭。」道吾說：「我懂了。」雲岩問：「你在什麼地方上懂了？」道吾說：「遍身都是眼啊!」雲岩說：「還不準確，應該是通身是眼。」「正眼」是對佛教智慧的譬喻，這個智慧不僅是第六意識的。八識和全部身體的每一部分都是有份的，因為它們全都投入和參與了。理智活動是全部生命和精神活動的結晶，狹隘片面地使用其功能，反而使人的身心不協調，若身心與理智相協調，那就彼此都有益了。「通身是眼」僅是一個譬喻，意在打破佛教修行中第六意識，也就是「知解」對修行的壟斷，進而打開直通第七末那識和第八阿賴耶識之門。其中的意味是明白的，方法也是極為巧妙的。
宋代著名禪師圓悟克勤說：「全心即佛，全佛即人，人佛無異，始為道焉。」(《圓悟心要》)其中的要害是一個「全」字。眾生們不能「全」用其心，所以是眾生。「全心」就是八識並用，但眾生只知道用前六識，並為第七末那識所利用，不能作全部八識之主。「一口吞盡西江水」、「通身是眼」等都是「全心」、「全體」的作用。再如信解行證，信是全心之信，解是全心之解，行是全心之行，證是全心之證，不能全心、全體投入，佛與眾生就聖凡有別，若能全心、全體投入，那麼佛與眾生就「一二無差別」了。
「全體起用」就是「大用」，許多禪師對這個「大用」是有嚴格的尺度，也有一定的示範。如仰山禪師問偽山禪師：「怎樣才能做到大用現前呢？」偽山沒有回答，從法座上走回了方丈室。仰山跟隨其後，偽山問他：「你剛才提的什麼問題呢？」仰山重複了一遍。偽山說：「那你還記得我回答的話嗎？」 仰山說：「記得。」溈山說：「我說了一些什麼呢？」仰山轉身便走了出去。
再如著名的雲門禪師在一次說法時說：「大用現前的時候，是沒有機械教條的。」有一個憎人問他：「那如何是大用現前呢？」雲門禪師把拄杖一舉，大聲地喝道：「釋迦老子來了啊！」
這兩則公案，都不是用理論來解釋什麼是「大用」，而是用自己的行為來表現這個「大用」，給人以直接生動的感受。因為理論的解釋只能從認識到認識，不能在第六意識上超越，而用行為方式來表現，所得的感受就衝破了第六意識的界限。如體育運動，理論固然重要，但運動員要取得冠軍是需要「全體」投入的，不把整個身心——特別是眼、耳、身、心、意志、毅力、體魄、技巧全部投入，是得不到好成績的。
再如石霜慶諸禪師在道吾禪師那裡學習時，一次他問：「如何是觸目菩提？」道吾沒有理他，卻去呼喚侍者，侍者趕來，道吾分付說：「你去給觀音菩薩的凈瓶添些水。」過了一會兒，道吾問石霜：「你剛才問什麼呢？」石霜重說了一遍，道吾禪師走下禪床，把手一背，一言不發地回了方丈室。這一下，石霜禪師猛地開悟了——這么多的行為都是菩提，都是道，都讓人「觸目」了，這類公案在禪宗內舉不勝舉。
全心，一方面是心意識三大功能，即積起儲藏之心、恆審思量之意、與了明之識三者，即全部八種識的統一；另一方面，是全部精神對象及內容；也就是全體精神及其對象為全心，全部五位百法為全心，三十七道品為全心，乃至全部煩惱為全心。禪宗在天台宗的「性具善惡」上更進一步，「一口吸盡西江水」，哪管裡面是凈水，是污水，總之是一口吸盡。六祖大師說：「何期自性本自具足，何期自性能生萬法」，這個「具足」、「萬法」，都是包容了善惡的。只知善，不知惡，就不能窮盡萬法，就會心有遺漏，就不能被稱為「一切智」，更不能被稱為「一切種智」或「一切智智」。佛菩薩太神聖了，神聖得引起了人們的迷信和誤解，「純善無惡」就是其中的迷信和誤解之一。
以佛教而言，善是教化的主題，「諸惡莫作，眾善奉行，自凈其意，是諸佛教」，這是天經地義的，為大眾所奉行的。但並不排除在特殊的情況下實施「惡教化」。佛經中許多降魔的故事且不說，顯教、特別是密教內許多金剛明王都是佛菩薩行「惡教化」的化身。如現忿怒形、神王形、鬼王形甚至各種畜牲形的金剛明王像。這些「惡教化」的形相，對內地看慣了「溫文爾雅」佛教的人來說，簡直難以思議。
禪宗在修行方法上有許多創新，「全體起用」是其一種，而「惡教化」也是其中的一種。北宋著名的汾陽善昭和石霜楚圓這兩位大師，就愛使用「惡教化」。
汾陽善昭禪師有一天對廟里的僧眾說：「昨天晚上，我夢見死去的父母向我要酒肉錢，我心裡難過，所以不免要順隨風俗習慣，買點酒肉紙錢來祭祀一番。」但汾陽禪師在祭奠之後卻獨自坐在案桌上旁若無人地喝酒吃肉，僧眾們都看不下去，一起指著他罵：「今天才知道你原來是個酒肉和尚，有什麼資格給我們當老師呢？」於是打起包袱離開了。只有大愚守芝、石霜楚圓等六七人沒有走。汾陽禪師卻說：「那麼多閑神野鬼，只消一盤酒肉、兩百紙錢就打發乾淨了。《法華經》說：此眾無枝葉，唯有諸真實。我這里現在就是清凈道場了。」石霜楚圓留了下來，他不是沒有頭腦，而是很有頭腦，他知道老師是極有功夫的，所以留下來。但汾陽禪師卻讓他去打雜，從不允許他上堂問法。他不甘心，也多次沖闖入祖堂向老師求法，結果次次都遭到汾陽禪師的辱罵。有時聽汾陽撣師東拉西扯，又盡是一些誹謗、貶低其他禪師的惡劣語言。有時也給學生們講一講課，但常常夾雜許多庸俗下流的事情。這實在讓石霜楚圓看不下去了。有一次他向汾陽禪師訴苦，並有所抱怨，但他話還未說完，汾陽禪師舉起棒子就打。石霜楚圓用手抵擋，汾陽禪師卻把石霜楚圓的嘴一掩。就這么一掩，石霜楚圓就大徹大悟了，說：「這下我才知道臨濟宗使人開悟的方法，簡直不是一般人所能理解的啊。」
這兩則故事說明了什麼呢？汾陽禪師這是在用「惡」的那一面讓人悟道。一般人學修佛法，只知善法，不知道佛法的善是針對著惡而言的。這里用「惡」，恰恰又是針對著善的，因為這兩者都是片面的心性，未能得其全體。只有陰陽合壁，善惡溶融，才得盡心性全體的妙用。在生活中常常有這樣的情況，看見一個老實巴交、中庸平和的人，這類人渾身上下沒有一根刺，順來順受，逆來亦順受——這個人有點脾氣多好啊，人們可能有這樣的感嘆。另一方面，如果一個人脾氣太大，渾身是刺，動輒橫生是非，——這個人少一點脾氣多好啊!於是人們又可以引發這樣的感嘆。人脾氣大了不行，一點脾氣都沒有也不怎麼好，因為其中缺少人格的圓滿。同樣，佛法的圓滿，本身就是人生的圓滿，就是人心的圓滿，就是人們精神的圓滿，如果這個精神中還欠缺部分內容，又怎麼能夠圓滿呢？天台講「一念三千」，「圓融三諦」，華嚴講「理事無礙，事事無礙」，如果心性中缺少了一部分，哪怕是惡，那還稱得上「圓融」，稱得上，「無礙」嗎？
禪宗的方法，並不注重於理論，而在於活潑潑的那一念的靈動，要在這一念之上轉身，在這一念之上悟入，要在這一念之上成佛。這一念，既是人們平常的思善思惡的一念，又不是思善思惡的一念。六祖說「不思善，不思惡，正恁么時，那個是上座的本來面目」，馬祖說「即心即佛」，馬祖又說「非心非佛」，馬祖還說「不是心，不是佛，不是物」，其實都是指的這一念。這一念是「全心」之念，是能善能惡、能動能靜的一念；是能生千念萬念的一念，是能容千念萬念的一念；既是剎那而滅的一念，又是一念萬年、萬年一念的那一念。在這一系列意義上，禪宗通過這「當下一念」，打開了心靈沉重之門，使人在直接的感受上體悟到全部精神，全部佛法的秘奧。如果僅僅停留在認識的比量活動上，僅僅停留在對書本的認識上，是談不上這樣的感受的。唐末五代時，有個和尚問投子大同禪師：「在全部經、律、論這三大部的教藏內，還有沒有一些更特殊、更稀奇的事呢？」投子禪師說：「有啊！就是能把經、律、論這三藏產生出來的那個東西嘛。」——這個東西是什麼呢？就是我們這個心，這個心上靈動著的那一念。再如雲門宗的祖師雲門文偃禪師，一天寺廟的僧眾都在搬柴，他用手拈起一小塊柴片，又拋在地上，說：「全部佛教，三藏十二部經論，只是為了說明這個。」全部佛教經典，在整個人類文明所創造的文化中，只是其中很小一個部分，把全世界的圖書都收齊，裡面的內容又說明了什麼問題呢？要知道，這一切都是人的自我體現，都是從人類的思想中、心中、心中的那「一念」中流出來的。「這個」，禪宗常常用這不確定語言來提醒人們對心中的那一念來進行體會。「這個」是什麼？這「一念」，又是什麼？明白於此，在禪宗內就算過了一關。蘋果是什麼滋味，你吃了，知道了，說清楚或說不清楚是沒有關系的，總之你吃到了，知道蘋果的滋味了。如果自己沒有親自咬上一口，無論別人把蘋果的滋味說得如何清楚明白，也無論自己聽得如何清楚明白，那滋味仍然不得而知。這就是禪宗對待佛教經論的態度。
圭峰宗密大師在其《禪源諸詮集都序》中，對禪宗的方法和理論有較為系統的說明。他把禪宗的發展和當時的狀態分為三個層次，分別是息妄修心宗、泯絕無寄宗和直顯真性宗。對照原文看看，不無啟迪。
初，息妄修心宗者，說眾生雖本有佛性，而無始無明覆之不見，故輪迴生死。諸佛已斷妄想，故見性了了，出離生死，神通自在。當知凡聖功用不同，外境內心各有分限，故須依師言教，背境觀心，息滅妄念。念盡即覺悟，無所不知。如鏡昏塵，須勤勤拂拭，塵盡明現，即無所不照。又須明解趣入方便：遠離憒鬧，住閑靜處，調身調息，跏趺宴默，舌拄上顎，心注一境……
這基本上是印度的禪法，一面是心，一面是境；一面是凈，一面是染；一面是真，一面是妄；一面是佛，一面是眾生。這裡面的差距要說有多大就有多大，所以必須修習禪定止觀，「依師言教，背境觀心，息滅妄念。念盡即覺悟，無所不知」。圭峰大師認為，這是禪宗內的基本層次，不明白「心佛眾生三無差別」的道理，不明白「煩惱即菩提」的道理。這種禪修把原本一體的人生宇宙割裂開來，又重新縫合，簡直是多此一舉。但對那些執迷難悟的人來說，卻不失為一種好 辦法。
二、泯絕無寄宗者，說凡聖等法，皆如夢幻，都無所有。本來空寂，非今始無。即此達無之智，亦不可得。平等法界，無佛無眾生，法界亦是假名。心即不有，誰言法界？無修不修，無佛不佛。設有一法勝過涅槃，我說亦如夢幻。無法可拘，無佛可作，凡有所作，皆是迷妄。如此了達本來無事，心無所寄，方免顛倒，始名解脫……
這是印度禪法和中國道家老莊思想相融合的一種禪法。在先秦道家，特別是《莊子》中，禪的氣息是很重的。如「飛鳥之景，未嘗動也」，「身如槁木，心如死灰」，「坐忘」，「心齋」等，都是禪定的真實寫照。再如「穀神不死，是謂玄牝」，「道法自然」，「棄聖絕知」，「無為而無不為」等老子這類融理論和實踐為一體的學說，構成了道家修為的完整體系。禪宗內的牛頭宗和石頭禪系，的確有著濃厚的道家氣息。圭峰大師所用的「泯絕無寄」，恰好也是用的莊子之語，盡管他在用佛教術語來說明這一切。
在泯絕無寄宗這里，已經沒有了心和境、凈和染、真和妄的差別，也沒有佛和眾生的差別了。這里是「平等法界，無佛無眾生」的境界，修與不修是一回事，「無修不修，無佛不佛」，一切都在絕對的同一中失去了差別和界限。這已是極高的禪法了，但圭峰大師認為還不夠，還有更高一層的禪法在它之上，因為這種禪法還沒有「活」起來，還沒有體現大道的全貌，還沒有體現佛性的全貌，於是他又提出了第三層，也就是最高層次的禪法，這就是「直顯真性宗」。圭峰大師說：
直顯真性宗者，說一切諸法，若有若空，皆唯真性。真性無相無為，體非一切。謂非凡非聖，非因非果，非善非惡等。然即體之用，而能造作種種，謂能凡能聖，現色現相等。於中指示心性，後有二類，一雲：即今能語言動作，貪嗔慈忍，造善惡受苦樂等，即汝佛性，除此別無佛也。了此天真自然，故不可起心修道；道即是心，不可將心還修於心；惡亦是心，不可將心還斷於心。不斷不修，任運自在，方名解脫。性如虛空，不增不減，何假添補？但隨時隨處息業，養神聖胎，增長顯發，自然神妙。此即為真悟、真修、真證也。二雲：諸法如夢，諸聖同說，故妄念本寂。塵境本空，空寂之心，靈知不昧。即此空寂之知，是汝真性。任迷任悟。心本自知。不籍緣生，不因境起，知之一字，眾妙之門。由無始迷之，故妄執身心為我，起貪嗔等念。若得善友開示，頓悟空寂之知，知且無念無形，誰為我相人相？覺諸相空，心無自念；念起即覺，覺之即無。修行妙門，唯在此也。故雖備修萬行，唯以無念為宗。但得無念知見，則愛惡自然淡泊，悲智自然增明，罪業自然斷除，功行自然增進。既了諸相非相，自然無修之修，煩惱盡時，生死即絕。生滅滅已，寂滅現前，應用無窮，名之為佛。然此兩家，皆會相歸性，故同一宗。
「直顯心性宗」這兩大派別，實際上仍然是心念所表現的不同方面。「一切諸法，若有若空，皆為真性」，這個真性，就是人們的心，而且就是心中這活潑潑的當下的一念。離開了當下的這一念，全體的心就失去了作用和依據。這一念是什麼呢？當然不是任何具體的東西，所以必須是「無相無為，體非一切」是，也是「非凡非聖，非因非果、非善非惡」的。這個心，這個當下的一念，既能產生和接受一切，又超然於一切之上，超然於一切之外。這一念就是全體人生和宇宙，就是人的全部生命的基礎和精神的基礎，也是修道成佛的依據。
同時，這一念又是「空寂之知」，這種知性，「不藉緣生，不因境有」，是絕對的自知和自覺。這個絕對的自知和自覺，是無條件的，沒有任何內容的，既是宇宙萬有的「體」，也是宇宙萬有的「用」；既是「全體」，也是「大用」，所以才有「知之一字，眾妙之門」的功用。這是從整個真如上著手，而非僅在第六意識的「止」或「觀」上迴旋，前面所例舉的那些公案，都是對這種「直顯心性」的說明。不僅禪宗如此，連高舉止觀旗幟的天台宗也是如此。天台智者大師制定那麼宏大的止觀，但同時又「說止破止，說觀破觀」，讓人們體會那個高於止觀的存在。不管怎麼說，止觀是「我」在修，是「我」用心、用心上的那一念在修，離開了「我」，離開了這個心和心上當下的一念，一切止觀都是毫無意義的。但是這當下的一念，並非僅為第六意識的場所，而是聯通了眼耳鼻舌身意這八識之中的。圭峰大師說：「其中所說諸法，是全一心之諸法；一心，是全諸法之一心。性相圓融，一多自在。故諸佛與眾生交徹，凈土與穢土融通；法法皆彼此互收，塵塵悉包含世界。相即相入，無礙熔融，具十玄門，重重無盡，名為無障礙法界 。」人們當下的這一念，就是圭峰大師所說的「全諸法之一心」，就是「無障礙法界」，這里沒有根塵識的差別，也沒有十八界的差別，也沒有菩提煩惱的差別，但卻含容了這一切。黃檗禪師在其《宛陵集》中也有這樣的表述；
據我禪宗中，前念且不是凡，後念且不是聖；前念不是佛。後念不是眾生。所以一切色是佛色，一切聲是佛聲。舉著一理，一切理皆然。見一事，見一切事；見一心，見一切心；見一道，見一切道；一切處無不是道；見一塵，十方山河大地皆然；見一滴水，即見十方世界一切性水。又見一切法，即見一切心，一切法本空，心即不無，不無即妙有。有亦不有；不有有，即真空妙有。既若如是，十方世界不出我之一心；一切微塵國土不出我之一念。
這就是禪宗的「全體起用」和「大機大用」的最好說明，但修行者怎樣才能使這個「全體」「大用」的一念不落入第六意識的「知解」中，怎樣使這一念達到「全體起用」或「大機大用」的境界呢？
