明白了煩惱障、業障、報障能障聖道以及人天勝妙好事，我們就要依靠正確的方法來懺悔，才能懺悔清凈。
祖師大德依佛經所述，將佛教的懺悔分為三種：作法懺、取相懺和無生懺。智者大師在《釋禪波羅蜜》中說：「今明懺悔方法，教門乃復眾多，取要論之不過三種，一作法懺，此扶戒律以明懺悔，二觀相懺，此扶定法以明懺悔，三觀無生懺悔，以扶慧法以明懺悔」。
我們先講作法懺，我們按次第先講作法懺。作法懺能滅除遮罪，遮就是佛制定遮止的禁戒，違反了禁戒就是犯了遮罪，那什麼是遮戒呢?十重戒是性戒，其餘的都是遮戒。依據小乘佛教的宗義，比丘的四波羅夷是重戒，比丘尼的八波羅夷是重戒，這些不許懺悔。犯了重戒，就好比人的頭被砍斷了，就好比破碎的石頭不可能再複合一樣，除了波羅夷重戒之外的僧殘、波逸提、波羅提提舍尼、突吉羅這些才許可懺悔。波羅夷重罪之外的這些罪都是屬於遮罪，如果犯了，首先應當依照佛制，佛制定的儀規來作懺法。佛制，我們說佛制來作懺法。
作懺法是小乘的懺法，雖然不夠殊勝，但是能使罪業減輕。作懺法時，要請大比丘為證，對大比丘懺悔，要具足五個條件：第一是偏袒右肩，第二是右膝著地，第三以殷重心雙手合掌，第四稱自己名，說出所犯之罪，第五是頂禮大比丘。如果是僧殘罪，我們剛才講的波羅夷是斷頭，僧殘罪也是非常厲害的，但是它僅次於波羅夷，就好比斷掉了我們的肢體，這是僧殘罪。必須請二十位比丘，讓犯戒的人六夜行摩那埵，供給承事滿七天，眾僧為他羯磨除去罪業，使他戒律恢復清凈，這是比丘犯僧殘;如果是比丘尼犯僧殘呢，那就要四十位僧眾。我們簡單地講這是作懺法，作法懺是小乘懺法。
下面是取相懺和無生懺，都是屬於大乘懺法。作法懺，我們剛才講的是在大眾面前懺悔，取相懺就是在佛菩薩像前，發露自己過去所造的惡業。痛徹懺悔，不斷地禮拜，直到感應佛菩薩現瑞放光。比如像佛來摩頂、見光，這就證明所造的惡業消除了。《梵網經》菩薩戒四十八輕中，第四十一條為利作師戒中說：「若有犯十戒者，應教懺悔，在佛菩薩像前，日夜六時，誦十重四十八輕戒，若到禮三世千佛，得見好相，若一七日、二三七日，乃至一年，要見好相，好相者，佛來摩頂，見光見華，種種異相，使得滅罪，若無好相，雖懺無益，是人現身亦不得戒」，這就是教犯了十戒的人，要做取相懺，一旦得見瑞相就能滅罪。這里的十戒就是波羅夷重戒，包括殺戒、盜戒、淫戒、妄語戒、酤酒戒、說四眾過戒、自贊毀他戒、慳惜加毀戒、嗔心不受悔戒、謗三寶戒，犯了這十重戒就是性戒，性罪就是自性罪，犯了性戒要以取相懺來滅罪。
取相懺在家裡或者寺院里都是可以做的，就是要在佛菩薩像前懺悔，要先以香花來供養，念佛菩薩名號，禮拜佛菩薩。最重要的是發露懺悔，將自己的過去現在所做的罪業，坦白的說出來，不能覆藏，然後立誓以後不再重造，請菩薩為自己作證明。
取相懺不像作法懺，短時間內就行就能完成，取相懺必須要經過幾天幾個月幾年，甚至要幾十年的懺悔才能完成。因為如果心不清凈，就好比一潭濁水月光不能影現，所以要下苦功夫，一心一意的懺悔業障，才能感應瑞相現前。當然在懺悔的過程中，身心會越來越輕鬆，心情也越來越愉悅，壓力也越來越輕，這就是業障減輕的證明。大家一定要相信懺悔的力量，堅持做下去。
凈土宗的蕅益大師就非常重視懺悔，他將《占察行法》與大悲懺、凈土懺作為自己懺悔罪障的常用懺法。在《大悲行法道場願文》中，大師對自己一生的過失和業障進行了總結，認為自己有六大罪過，大罪有六種，而小過蓋無數焉，小過非常的多了。明知向上一路，而不能親到佛祖處受用，這是第一個;第二個明知圓頓教觀，而不能登五品以凈六根;我們對這兩條無懺無悔，六根，往生現在還都先要享享福，以後再去往生，你看大德們，不能親到佛祖處受用都要懺悔，不能以凈六根都要懺悔。明知大小毗尼，而不能清凈性遮諸業，也要懺悔;明知殺業是刀兵劫因，而殺機尚未永盡，還沒有完全的斷除;明知偷盜是飢饉劫因，而偷心尚未全斷;明知淫慾是疫病劫因，而淫機尚自熾然。你看大師懺悔的多徹底。此外，在《結壇水齋持大悲咒願文》中，蕅益大師還對自己過去犯下的謗佛罪，進行了深刻的懺悔。因為蕅益大師過去是學儒的，他在懺文中就說，言念智旭，蕅益大師蕅益智旭，智旭就是蕅益大師，「言念智旭，七歲斷肉，未知出世正因，十二歲學儒，乃造謗法重業，又復喜談人過，鮮克己非，每忽人長，不知己短，雖時時發願，亦數數廢忘，或猛厲自訶，或紆迴自馳，或身汩浮沉之浪，雲何度他，心纏愛見之絲，雲何脫彼」，在願文的最後大師說：「敬對三寶，大悲菩薩，然香十炷，結七七壇，謹服水齋，至心持大悲圓滿神咒十萬八千，以此功德，必求加被，願從今去，戒根永凈，遮性無虧，定慧齊彰，寂用自在，三塗息苦，九品蓮敷，共睹須彌毫相，同圓法界藏身，大師發願，希望禮敬三寶，燃香供佛，虔誠持齋，至心持咒的功德，以此功德，求佛加被自己往生凈土」。
我們也應該向大師學習，在佛前要志誠懺悔自己的罪業，只有通過懺悔加以改過，才能避免墮入惡道。如果能以殷重心懺悔，以此懺悔之力迴向求生極樂世界，這樣一定往生。正如大師在《示法源》中說：「若知迴向，雖誤作惡行，速斷相續心，起殷重懺悔，懺悔之力亦能往生」，這是取相懺。
第三種懺法是無生懺，無生懺就是以般若智慧懺悔，就是觀罪性空。世間萬有諸法本來是如幻如化，都是因緣和合的假相，不是實有，眾生執著世間萬法為實有，而造下無邊罪業，如果能夠以般若智慧，照見諸法如幻如化，那麼罪業也是如幻如化，那麼罪業滅除即得解脫。就像六祖所說：「罪性本空由心造，心若滅時罪亦亡，心亡罪滅兩俱空，是則名為真懺悔」。
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