我們的心識總共有八種，即眼、耳、鼻、舌、身五識，第六意識，第七末那識和第八阿賴耶識。眼耳鼻舌身這五根分別是前五識的住處，就像鳥窩是鳥的住處一樣。
八種心識協同運作，就像是一家公司，末那識就像是公司的大老闆，是公司里做主的人，一切都是它自己說了算。第六意識是老闆的秘書，前五識則是員工。前五識有事都要通過意識來匯報給末那識。而阿賴耶識就像是公司的倉庫，整個公司里所有東西都儲存在阿賴耶識的倉庫裡面，包括前五識發生的事情，第六意識的東西，全部都要在這個倉庫里存儲和提取。末那識大老闆如有任何吩咐，也要透過意識秘書來傳達，五識員工一定要聽從意識的安排，而意識一定要遵從末那識的命令。
所以，我們流轉輪迴，主要是因為末那識的緣故。阿賴耶識是所有心識的載體，沒有阿賴耶識就不可能有末那識，更不可能有意識和前五識。但是幾乎沒有人能感覺到阿賴耶識的存在，無法辨認出它來，更不知道阿賴耶識是如何運作的。如果我們造作了一個惡業或善業，有時會得現世報，有時會得來世報，有時會等到好幾個大劫的來生來世之後才會受報，但這個業會一直存儲在阿賴耶識里，等時間因緣成熟了，就會從阿賴耶識中提取出這個業，形成果報。
因為阿賴耶識的存在，業永遠不會消失。乃至我們現在不停地產生各種各樣的好或不好的念頭，都是從阿賴耶識里來的。比如我們今天發了脾氣，明天就可能會發更大的脾氣，今天發的脾氣就成為明天發更大脾氣的種子，這個種子就是儲藏在阿賴耶識里，種子在阿賴耶識里發展壯大，等因緣成熟就會從阿賴耶識里顯現出來。
我們的各種記憶，善業與惡業，都儲藏在阿賴耶識里，阿賴耶識就是輪迴和涅槃的載體。佛陀是沒有阿賴耶識的，菩薩還存有阿賴耶識，從初地直到十地，十地菩薩最後還有微細的所知障存在，要透過無漏的般若智慧來斷除，而最後所要清凈的就是阿賴耶識。
末那識會障礙我們解脫輪迴，阿賴耶識會障礙我們究竟成佛。阿賴耶識不會阻礙我們解脫輪迴，阿羅漢、初地菩薩、八地菩薩等，他們都有阿賴耶識，這並不妨礙他們解脫輪迴，但是在證得阿羅漢與初地菩薩果位之前，必須要斷除末那識。什麼時候斷除了末那識，什麼時候就出離了輪迴。末那識是令我們流轉輪迴的最可怕的因素，前五識與第六意識都不會對解脫產生太大的阻礙。
所以末那識與阿賴耶識障礙我們的方面不同，不斷除末那識就無法證得阿羅漢，更不可能證得登地菩薩的果位，不斷除阿賴耶識就不可能成佛。
阿賴耶識與如來藏是一體兩面，染污輪迴時是阿賴耶識，清凈成佛後就是如來藏。阿賴耶識是從負面的角度來說，如來藏是從正面的角度而言。譬如一條花繩子，如果把它看成是一條蛇，這就是阿賴耶識;如果能認清它是一條花繩子，這就是如來藏。雖然二者是同一個東西，但是迷惑的凡夫和證悟的聖者會看到不同的東西。
末那識就是我執，就是以自我為中心的執著，它是非常自私的，會造作貪嗔痴等各種惡業，所有煩惱都是因末那識而起。而阿賴耶識則不同，它是非常公正的，無論善業、惡業，它都一絲不苟地存儲起來，沒有任何偏好，所以阿賴耶識就是一個載體。
無論是哪一種心識，都是輪迴里的東西。我們現在所有的感受、認知、概念、分別，全都依賴這些心識而產生。如果我們想要獲得解脫、想要成佛，就要把這些「識」全部推翻，連阿賴耶識都要斷除，更不用說末那識、意識和前五識了。我們以阿賴耶識作為輪迴的載體，從無始以來種下了輪迴的習氣種子，然後由我執——末那識操控一切，讓我們造業、受苦，繼而就會生起更多的煩惱，持續流轉輪迴。
正如我們前面講的，末那識就像一個老闆，需要第六意識和前五識協助它，才能有所作為。比如末那識要看一個人，它需要第六意識產生「想要看那個人」的想法，然後把這個指令傳達給眼識，眼識收到指令後就會去看那個人。眼耳鼻舌身意六根，對色聲香味觸法六塵，產生眼耳鼻舌身意六識，六根、六塵與六識總稱為「十八界」。
內在的六根，接觸外在的六塵，才能產生六識。如果眼根看不見色塵，就不會產生眼識。譬如我們看見一個寶瓶，寶瓶是外緣，即色塵，眼根是內緣，二者相觸產生眼識。其他五識也是這樣，都需要具備三種因素才能產生，一是有內在的六根，二是有外在的六塵，三是根與塵相接觸。如果其中任何一個因素出了問題，六識就無法產生。例如盲人無法看見寶瓶，雖然作為色塵的寶瓶仍然存在，但是因為缺少了眼根，所以無法產生眼識。
對於六根具全的人來說，六識是如何持續運作的呢?以眼識為例，眼根與色塵接觸的第一剎那產生眼識，第一剎那的眼識就作為「因」，引發第二剎那的眼識，再引發第三剎那的眼識等等，如此延續下去，產生持續的眼識。
眼耳鼻舌身這前五識是純凈的、無分別的，譬如眼識看見寶瓶的時候，對於這個寶瓶的材質是金的還是銀的、貴的還是賤的、新的還是舊的等等，眼識都不會辨別，僅僅只是看到寶瓶而已。但與此同時，意識會相伴而生，意識會去辨別這是個寶瓶，它是金的還是銀的、貴的還是賤的、新的還是舊的等等。在眼識產生的第二剎那，意識就會參與進來，開始產生分別念。經過意識的辨別之後，末那識就會對寶瓶產生執著，隨之造業，然後業就會儲存在阿賴耶識之中。
如果一個人禪定修得很好，定力很深，他就可以做到看東西時視而不見，因為眼睛看見東西並不會產生分別，分別是意識的作用。比如他看見一個人，他不會去分別看見的是什麼人，這時只是眼識在起作用。對於我們一般人來說，在眼識產生的第一剎那，我們也不會分別看到的是什麼，只是看到了而已。例如我們看到一個人，在第一剎那不會去分別看到的是什麼，這時眼識已經完成了任務，但是第二剎那就會引發意識，意識就會產生分別，這個人是男人還是女人，是親人還是仇人等。意識產生分別之後，我執就會隨之產生煩惱，譬如看到一個不喜歡的人就會生起嗔恨，看到一個美麗的異性就會產生貪慾等等。末那識會伴隨著貪嗔等煩惱的產生而生起執著，同時，業也就形成了，這個業就會儲存在阿賴耶識中，成為下一世流轉輪迴的一個因素。
只要我們不打破這個循環，就永遠沒辦法解脫輪迴，就永遠都逃不出末那識的魔爪，一直都被末那識造下的業所禁錮。末那識就是這樣透過意識來傳遞指令給眼耳鼻舌身五識，五識身不由己地為意識和末那識服務。所以說「眼不見心不煩」是有道理的，有時沒有眼識也有一定的好處。盲人或聾啞人雖然生活很不方便、很可憐，但他們也因此而減少了很多造業的機會，比其他人減少了很多是非。有時我們喜歡說三道四，往往都是因為看到或聽到某些事情之後才會說，看不到、聽不到，也就無從說起了。譬如盲人無法瀏覽淘寶網，所以就不會因為在網上淘寶而浪費時間、起煩惱、造業了。
如果不學習佛法，我們終其一生都不了解自己的心是如何運轉的。我們是怎麼看的、怎麼聽的?念頭是從哪裡來的?業力是怎麼產生的?善業惡業都儲存在哪裡?除了佛法之外，即便是我們所崇尚的科學也無法給出答案。佛法中對於心識的闡釋是非常嚴謹的，每一種識產生的原因、條件、過程、結果，都講解得非常詳盡，也可以說這就是佛法科學。然而，佛法不但為我們闡明了心識是如何運作的，還告訴我們如何轉化它，告訴我們清凈它的方法。所以佛法是在科學之上，是超越科學的，它所揭示的不但是輪迴的真相，同時還揭示了轉化輪迴的方法以及清凈之後的狀態。
八識是大乘唯識宗的觀點，小乘不主張末那識和阿賴耶識的存在，只承許前五識和第六意識。唯識宗對於心識的研究是非常豐富和細緻的。簡單來說，前五識只是單純地負責接收信息，例如眼識只負責看到東西的顏色和形狀，然後由意識來分別判斷，是紅的還是黃的、長的還是短的，繼而分別出好的或不好的，然後末那識會執著好的、排斥不好的，為了得到好的、排斥不好的而採取一些行動，因此而造業。
阿賴耶識則一直等在那裡，收藏我們造下的各種各樣的業，無始以來的善業、惡業統統都收藏在阿賴耶識里。隨著業力種子的成熟，如果是非常嚴重的惡業，我們就會墮入地獄，比較嚴重的惡業就會墮入餓鬼道，一般的惡業會墮入畜生道。如果是最好的善業，我們會投生天道，一般的善業投生人道，最差的善業會投生阿修羅道。這些善惡業的種子全都儲存在阿賴耶識里，阿賴耶識是非常稱職的管家，絕對不會出錯，你前後所造的惡業、善業，阿賴耶識都會根據造業的時間、大小等等，把果報的成熟安排得非常合理，不會有一丁點的差錯。
一般來說，如果是先造了惡業，後造了善業，那麼惡業的果報應該先成熟，善業的果報後成熟。但這也不是一定的，如果造善業的力量特別強大，那麼善業的果報就會先成熟，造惡業的情況也是如此。佛法中說「因果不虛」，輪迴中一切都是依照因果的規律來運行的，而因果規律就是體現在阿賴耶識之中。一切好的念頭、不好的念頭，所產生的業力種子全都儲存在阿賴耶識里，阿賴耶識就像最好的秘書，會毫無遺漏地記錄下所有事情，而且一剎那都不會散亂。正如我現在所講的這些，全都會被我的阿賴耶識記錄下來。所以說「因果不虛」。
輪迴就是這樣形成的，一切都是因為八種心識的作用，所以佛陀說，自己是自己的怙主，自己也是自己的敵人。阿賴耶識里存儲的善業多還是惡業多，決定了你自己得到的快樂多還是痛苦多，與其他任何人都沒有關係。所以我們應該盡力發展自己的善業，而想要斷除惡業，唯一的方法就是禪修，但是禪修需要一個前提，就是聞思佛法。不聞思佛法，就無法產生聞所生慧和思所生慧，就不可能得到正確的禪修結果。沒有經過聞思佛法的似是而非的修行，就像服用麻醉藥一樣，只能得到暫時的安慰，不能真正解決問題。
我們認識到末那識就是善惡的根源，我執在操縱這一切，它是阿賴耶識這個倉庫的主人，它指使著意識這個秘書，支配著眼耳鼻舌身五識，末那識一方面通過意識接收五識傳來的信息，一方面將我執煩惱的決定通過意識傳達給五識，讓五識去造業。譬如它通過眼識看到一個人，經過意識的分別判斷為自己不喜歡的人，然後讓意識下達命令給舌識，開始辱罵、誹謗那個人，同時也讓眼識兇巴巴地瞪著那個人。
末那識雖然厲害，但是如果前五識和意識不配合它，它就什麼都做不了。比如末那識很想罵人，讓意識命令舌識去罵人，但是如果舌識不聽話，那就不會罵出口了。
如果我們僅僅是知道這些，還是沒有辦法逃脫末那識的掌控。末那識是個名副其實的大老闆，沒有人能夠挾制它，前五識和意識都很可憐，都被末那識任意擺布著，只要不幹掉末那識，六識就永遠得不到自由，輪迴就會一直持續流轉下去。就像我們這輩子一樣，下輩子也許更糟糕，或許會變成牛馬豬狗。只要我們還在輪迴之中，就會有末那識存在。動物界的弱肉強食、互相殘殺，也是為了滿足末那識的我執。
所以佛陀告訴我們，輪迴中充滿了痛苦，一定要解脫。可是我們要從哪裡解脫呢?並不是從外界的環境中解脫，也不是從家庭、公司里解脫，而是從末那識的魔掌中解脫。無始以來都是末那識在左右我們、主宰我們、支配我們，所以我們要學習般若、中觀等法教，用無我的智慧來斷除末那識。我們要透過聞思修佛法，透過觀想、持咒等修持來轉化八識，應該以高深的禪定將阿賴耶識轉化為大圓鏡智，將末那識轉化為平等性智，將第六意識轉化為妙觀察智，將前五識轉化為成所作智，而這四種智慧的本體就是法界體性智。法界體性智是對所有智慧本質的描述。
證得佛陀的境界就是證得五種智慧和法、報、化三身，稱為三身五智。這時八識就徹底消失了，眼識消失後，我們見到的不再是高樓大廈、山河大地，那隻是之前輪迴中的幻覺而已，轉化之後的成所作智，所見到的不再是一個充滿穢惡的世界，而是一切都是清凈圓滿的。所以想要達到佛陀的境界，一定要超越凡夫的思維、觀念，凡夫的思維、觀念就是八識的境界。我們不能一邊學佛，一邊發展壯大末那識和阿賴耶識，那就只能永遠處在輪迴之中。我們學佛的主要任務就是不斷提高智慧，將八識轉化為四種智慧，這才是學佛的成就。
轉八識成四智就像將冰塊融化成水，識與智、迷與悟，就是一體的兩面，以前是冰，現在是水。水從哪裡來?從冰而來。四種智慧從哪裡來?從八識轉化而來。這就是學佛，也就是證得佛果。
所以，我們不但要了解輪迴是怎樣形成的，八識是如何運作的等等這些佛教的科學，同時還要知道如何才能轉化八識，如何才能斷除輪迴，這才是學佛的目的。一談到成佛，我們往往就會在頭腦里呈現出一尊佛的樣子，其實成佛並非如此，四種智慧並沒有「樣子」，因為四種智慧是超越時空的，既然超越時空，又怎麼會有一個形象呢?超越二元對立就不可能是我們的思想所能觸及的。
所以說佛法是「無上甚深微妙法」，如果沒有福報，就會「百千萬劫難遭遇」，我們現在之所以能夠遇到，真是無量劫來累積了無量福德的緣故啊!
