《阿彌陀經》的疏鈔，大文分為三部分。一通序大意，二開章釋文，三結釋咒意。
一通序大意
分為五部分，(一)明性、(二)贊經、(三)感時、(四)述意、(五)請加。
(一)明性
靈明洞徹，湛寂常恆，非濁非清，無背無向，太大了啊真體。不可得不可思議的，難道就是自性嗎?
通序經意，大文分為五部分。從第一的明性，到第五的請加，這裡說明性。《阿彌陀經》因為是全部彰顯自性，又經典都是不離自性的，所以首先標出來啊。靈就是靈覺，明就是明顯。日月雖然明，不能稱為靈。現今只有至明之中，神解不測，明不能夠盡情表達，所以叫靈明。徹就是通啊，洞是徹到極致啊。日月雖然遍照，但不能照到覆蓋的盆里，這是徹而未徹。現今這靈明，光輝天地，透徹金石，四方上下，沒有障礙，因為是洞然的徹，沒有不徹的。不是相對隔來說通的徹，是洞徹啊。湛就是不染，寂就是不搖。大地雖然寂，不能稱為湛。現今只有至寂之中，瑩凈沒有渣滓，寂不能夠盡情表達，所以叫湛寂。恆就是久啊，常是恆到極致啊。大地雖然堅硬，但難逃壞劫，這是恆而未恆。現今這湛寂，推及到無始，引向那無終，從古到今，沒有變易，因為是常然的恆，沒有恆不恆的。不是相對暫來說久的恆，是常恆啊。所謂非濁，說有就不受一塵。所謂非清，說無就不舍一法。所謂無背，縱放也沒有向哪裡去。所謂無向，迎接也沒有從哪裡來。是說這個靈明湛寂，不可以用清濁向背求啊。舉出清濁向背，含意包括善惡、聖凡、有無、生滅、增減、同異等，太大了啊二句，是贊辭。大就是當體得名，具有遍常二個意義。因為橫遍滿十方，豎窮極三際，更沒有法可以與它相比的，不是相對小來說大的大啊。真就是不妄，因為三界虛偽，只有這個是真實。所謂不是幻不是滅，不可破壞，所以說是真啊。所謂體，所有萬法不超出一心的體。體包括相用，總之叫做真體啊。所謂不可思議，如上面的明而復寂，寂而復明，清濁沒有形，向背不能得。那麼心言的路都絕了，沒有容下思議的了。所謂不可思，就是法沒有相狀可想，思就生亂。經上說：「汝暫舉心，塵勞先起。」(稍有動心就煩惱先起)就是這樣啊。又法沒有相狀可想，思也是徒勞的。經上說：「是法非思量分別之所能及。」(這個法不是思量分別能達到的)就是這樣啊。所以說心要攀緣而思慮沒有了啊。所謂不可議，就是理圓言偏，言說生起理就喪失了。經上說：「凡有言說，皆成戲論。」就是這樣啊。又理圓言偏，言說不能盡情表達。經上說：「一一身具無量口，一一口出無量音，如善天女，窮劫而說，終莫能盡。」(每一身有無量口，每一口有無量音，如善口天女，就是到了窮劫也說不盡)就是這樣啊。所以說口要談論而言詞喪失了啊。又這部經原來名叫「不可思議」，所以用這四字總體讚歎前文，因為是至理的極名啊。末句總結，說這個「不可思議」，應當是什麼東西?只有自性如此。說到性有二種，兼有無情的部分，叫做法性。單獨有情的部分，叫做佛性。現在說的自性，就是指佛性而言啊。性要加上自，因為法本來如此，不是造作得來的。因為是我自己，不是屬於別人。這個自性，有很多名字，也名叫本心，也名叫本覺，也名叫真知，也名叫真識，也名叫真如，種種的沒有完。總而言之，就是人的靈知靈覺本來具有的一心啊。現在說明不可思議，只有這個心而已，更沒有別的東西有這不思議體與心相同啊。若是就這部經，初句就是無量光，因為洞徹無礙。二句就是無量壽，因為常恆不變。三四句就是靈心的絕對，光壽交融，因為一切功德都是無量的。五句是總贊，就是經上說的：「如我稱贊阿彌陀佛不可思議功德。」末句總結，說阿彌陀佛全體是人的自性啊。又初句靈明無所不照，就是用大。二句靜寂無所不含，就是相大。三四句迥然斷絕二邊，就是體大。五句是總贊，所謂即是三即是一，雙泯滅雙依存，言辭喪思慮亡，不可思議。末句也是總結到自性啊。又初句說照，就是解脫德。二句說寂，就是般若德。三四句說寂照不二，就是法身德。五句是總贊，末句是總結，根據上面可知，又用四法界會意。那清濁向背，是事法界。靈明湛寂，是理法界。靈明湛寂而不變隨緣，清濁向背而隨緣不變，是理事無礙法界。不可思議，是事事無礙法界。因為這部經分攝在圓中，也能少分事事無礙，最後說自性，也是總結四法界歸到一心啊。
(二)贊經
有二部分，1總贊，2別贊。
1總贊
去掉濁就是澄清，返回就是相向，超越三祇在於一念，等齊諸聖在於片言。至極的妙用啊，也不可得不可思議的，難道是《佛說阿彌陀經》嗎?
上面說的靈明湛寂的本體，本來沒有清濁向背，畢竟平等，惟有這一心。現在是對生滅門說的。因為不如實知真如法一，不覺心起而有那念頭，就被無明覆蓋。失去本質流向末端，渾亂真體，所以名叫濁。如澄凈泥沙，再恢復凈潔，這叫做清，就是指轉變五濁而成為清泰啊。無明牽引，背棄本覺追逐塵境，漸漸遠離真體，所以名叫背。返回原路，再使歸還，這就是向，就是指背離娑婆而向極樂啊。然而這就是對眾生一期從迷到悟來說的，似乎有澄清返回的跡像。而對於自性，其實沒有得失，也沒有增損。所以有時濁有時清，水沒有變換性質，忽然背離忽然正向，人沒有二個身體。所謂修證就不是沒有，污染就不得到啊。所謂三祇，就是三阿僧祇劫啊。僧祇的解釋見後面文字。說到三，因為以釋迦成道，從古釋迦佛到屍棄佛，經歷七萬五千佛，從屍棄佛到燃燈佛，經歷七萬六千佛，從燃燈佛到毗婆屍佛，經歷七萬七千佛，就是三祇啊。經過很多劫，遠之又遠，而今不超過一念，快速超出生死。所謂一念，就是能念阿彌陀佛的一念啊。所謂諸聖，就是佛以及菩薩啊。從凡到聖，隔了又隔，而今不超出片言，直登不退菩薩地位。所謂片言，就是所念的阿彌陀佛的片言啊。至哉二句，是贊辭。至，是極啊。至極而沒有增加啊。妙的意思，就是上面四句總體的妙義。用的意思，就是力用啊。那垢心很難清凈，混濁如黃河。妄想很難收服，放逸如奔馬。經歷恆沙無數量的劫，輪轉沒有休止。攻讀三藏十二部的文字，覺得路太遠。而能使濁變清，背離的轉向，一念頓時超越，片言就證，力用的妙，怎麼可以思議?用是從體相而出，所以只說妙用啊。末句總結，說這樣的妙用應當是什麼經?只有《佛說阿彌陀經》，能夠擔當。有人問：「小乘不說了。就拿大乘經典來說，廣大堆積如山，為什麼妙用偏贊這部經?」答：「經典中雖然有這個意義。沒有如這部經的明確並且簡單的。所以稱性而談，正直而說，不是不圓頓。而澄濁返背，方便沒有彰顯。其餘的法門，或者浩大廣博而難修持，或者幽深而不知所措。現今只要片言名號，便入一心，就能往生，直到成佛。即方便又成圓頓，神功勝力，不歸這部經，那又歸誰呢?」又先前是性德，現今是修德，先前是自性清凈，現今是離垢清凈，甚至性盡障盡等，互相交融不二，就如教中說的。
2別贊
有四部分，(1)先出說經所以，(2)統論凈土功德，(3)特示持名為要，(4)廣顯持名所被
(1)先出說經所以
故我世尊，乍說三乘，終歸一實，等頒珍賜，更錫殊恩。
承上。這部經具有如是不可思議功德，所以佛說這部經，是有原因的啊。乍就是暫時啊，暫時的說法，不是究竟啊。所謂三乘，乘本來沒有三，權且方便說有三，就是聲聞、緣覺、菩薩啊。終是對乍說的，實是對權說的。意思是世尊剛成正覺，演講大《華嚴》，大教難以投放，隨眾生的根機，說三乘法。然後會總權法歸到實法，都給與大車，所以叫「等頒珍賜」(《法華經》里的比喻)，這是如來一代時教的大概啊。而在其中，又生出念佛一門，不論大根小根，只要是念佛的，就能往生。也不用等待根機成熟，這才是會總權法歸到實法。只要是往生的，就能達到不退，比喻不按次第的提升。世襲的官，這個恩是非常的，名叫殊恩啊。又殊恩含有二個意義，一是念佛是恩中的殊恩，二是持名念佛，又是殊恩中的殊恩啊。
指示四十八願的願門，開啟一十六觀的觀法，願願歸向普度，觀觀主導妙心。
上面是贊凈土法門的殊勝。現今對於凈土，先出其他經典，然後對比這部經更為殊勝。願門，觀法，都在二部經中。說從初願直到願終，無非是含攝所有眾生同生凈土，從初觀直到觀末，都是空假中道圓極一心。由這一心，生出大願而成正覺。就是用本願還度眾生，而歸一心凈土法門。二經對照，意義如此。
