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藏傳佛教密宗盛行用人的骨骼製成各種法器。骷髏碗也稱人頭器，它是密宗修祛者舉行灌頂儀式時，在灌頂壺內盛聖水，頭器內盛酒，師傅將聖水灑在修行者頭上，並讓其喝酒，然後授予密法。灌頂的意義是使修行者聰明和沖卻一切污穢。
關於骷髏碗使用，《格薩爾王傳》中有記載：格薩爾王在長臂妖魔面前束手無策，後因得到王妃梅薩的幫助，在頭蓋骨碗里裝上毒藥水，使命根子海水乾枯，用金斧子砍斷命根地，用神弓寶箭射死命根子牛，並在妖魔額前水晶小魚發光時，用箭射中後才將魔國王制伏。然而西藏骷髏碗的使用並非自古以來就是司空見慣的。
桑耶寺建成後，白若雜那在印度學得密法，返回西藏開始傳播。密宗的修行儀式遇到來自貴族的激烈反對，赤松德贊之妃側綳紗說：“所謂嘎巴拉，就是人的頭蓋骨；所謂巴蘇大就是掏出來的人的內臟；所謂岡凌，就是用人脛骨做的號；……，這不是教法，是從印度進入西藏的罪惡。”這段史料說明當時骷髏碗的使用並非是司空見慣的，它於數百年後在西藏普及是隨著密教在西藏的廣泛傳播而開始風行的，而非土生土長。密宗禮儀中使用骷髏碗的作法傳入西藏之前，西藏沒有普遍使用骷髏碗。
在元代，王室對藏傳佛教格外偏愛。據說藏僧楊璉真伽曾勾結維吾爾族宰相桑哥盜掘南宋帝後卿相陵寢一百多座，以宋理宗頭蓋骨奉給帝師為飲器。
十三世紀中葉，西方人的游記中敘述了西藏天葬和骷髏碗使用的風俗，這段時期，正是藏傳佛教大量向中原傳播的階段。
在明朝，憲宗開始，藏僧受到皇帝的寵信；在北京的市民中間，有些人混入藏僧行列，掘墓發棺將頭蓋骨等製成骷髏碗具賣給藏僧供修法事之用。說明這段時期藏傳佛教中使用骷髏碗已經成為代表性的行為。
西藏密宗法器：人骨笛藏語稱為“罡洞”，長約三十厘米，是用人的小腿骨製成，局部包銀或銅，吹起來聲音尖利刺耳，給人以恐怖之感。
西藏密宗法器：骨珠以修持成就之喇嘛的眉心骨或頭頂骨做成。一位喇嘛只能取一枚，故一百零八顆的念珠，即是一百零八位成就喇嘛之加持。另外，骨珠所代表的意義，若依世俗義來說，是表示無常，提醒死亡隨時到來，當精勤修持。若依勝義說，則是表徵空性。
