在過去的幾個世紀里，科學家們在自然科學的研究方面獲得了巨大的進展，外太空我們已經可以觀察到一百三十一億光年處的天體，據說再往前推六點四億光年處，就是宇宙大爆炸的奇點。粒子世界我們已經可以研究到中子質子之下的六種誇克，發現了質量和能量的互相轉變，人類已經可以登上月球，也可以潛入最深的海溝，然而科學對於精神和意識，對於我們所說的心靈的研究，仍然停留在一個相對膚淺的水平之上。即使是我們對於腦的研究已經十分深入，即使是我們知道了意識來源於丘腦的丘覺，我們依然有很多的困惑，依然有很多的不解之謎。
心靈是什麼？
傳統中醫學認為「心主神志」。神志，指的就是人的精神意識、思維活動。《靈樞·邪客篇》說：「心者，精神之所舍也。」《靈樞·本神篇》又說：「任物者謂之心。」也就是說，能擔任反映客觀事物這種功能活動的是心臟。這一認識，幾千年來廣泛流傳於民眾之中，所以人們通常會有心情、心意、心思、心願等說法，遇到難過的事情，會「傷心、心痛」；遇到高興的事情，會「心花怒放」；著急了會「心焦」，「心裡像長草一樣」；有理想的人會「心高氣傲」，等等。傳說中的太師比干心有七竅，因而十分聰明，然而「心強命不強」，最後還是死於非命。
古人通過觀察的方法，把思考的器官叫作心。這種現象不僅僅發生在我們中國人身上，即使是著名的思想家亞理士多德也認為心臟是思考和感覺的器官，而他睿智的大腦，不過是一個冷卻器。古埃及人也持同樣的觀點，他們在製作木乃伊時處理保存心臟而扔掉腦，把它當作一種廢物。古代的猶太人認為人是用肝臟思考的。一直到了19世紀，人們才知道腦的功能是用來思考的。
今天我們已經知道，現代醫學意義上的心臟，是不會思考的，不過這並不說明它就不參與思考，人的大腦在思考時，心臟要特別為其供給更多的血液，而且據美國人的研究，在更換心臟的病人中，在一部分人身上發生了一種奇怪的現象，接受心臟移植的病人，性格變得和捐贈心臟的人一樣。
中醫認為心所營運的血液，是神志活動的物質基礎。所以《靈樞·本神篇》說：「心藏脈，脈舍神。」脈，就是血脈。可見心主神志的功能，與它營運血液的作用是分不開的，心所營運的血脈充盈，則神志清晰，思考敏捷，精神旺盛。心臟具有充分的陽氣，才能營運血脈；有足夠的血脈，才能蘊蓄陽氣，安神定志；只有具備寧靜的神志，才能較好地支配陽氣和血脈的正常生理功能。所以人的性格、情緒，經常會與心臟的功能狀態有關。
拋開我們思考的物質基礎，也許在心靈這個辭彙里，它傳達給我們的，更多的是靈這一部分。
靈魂是什麼？
靈魂是一個由來已久的概念。在古人眼裡，生命也許是天地間最奇特的現象，一定是有某種東西主宰著物質屬性的肉體，讓它具有了這些奇妙的能力，人們於是把生命里超自然非物質的東西，叫作靈魂。
靈魂不朽是古代希臘人的共同信念。他們認為，人的靈魂本質上屬於另外一個更好的世界，在進入人的身體以前，它不得不喝下「忘河」中的水，忘記它以前的事情，然而才進入一個新肉體。畢達哥拉斯學派進而認為，靈魂不僅不朽，而且可以在多個軀體之間進行轉生，這種理論後來也成為了希臘人靈魂觀的一個基本信念。後來的柏拉圖學派同樣認為，人是由肉體和靈魂組成的，靈魂與肉體是兩個可以各自獨立存在的實體。在亞里士多德看來，靈魂與肉體的關係無非是形式和質料關係的一種特例，作為形式的靈魂與作為質料的肉體結合成一個完整的人。
這種觀點後來一直延續到基督教的理論中。承認每個個體的人都有著不朽的靈魂，也是基督教的核心信條。靈來自於天國，由上帝創造，魂主思考和情感，它們共同支配人的身體。當人死亡時，肉體會腐爛，而靈魂則依生前行為，受到審判，生前信仰基督的，靠基督進入永生。作惡的、不信主的，將受公義的刑罰或者滅亡。世界最後會有毀滅的末日，但在上帝所造的天國中，靈魂卻是永生不滅。
古埃及人相信靈魂可以在未來某個特定的時間復活，所以他們製作木乃伊並保存人的遺骸。
至於今天西方的科學，則徹底地否定了靈魂這種東西。現代科學認為，沒有證據能證明靈魂存在。人死後，生命的特徵消失，肉體也會逐步分解掉，不會留下任何非物質的存在。這種觀點不同於信仰，而是基於這樣一種事實：我們到目前為止，還沒有採集到無可爭議的、來自已知的已死去的人的、能被人或儀器所感知的任何信息。
西方人對待靈魂只有這樣幾種選擇，要麼信上帝，要麼信科學，要麼根本不去管這件事。
有趣的是，在東方人對於靈魂的研究中，似乎反倒顯得更加樸素和深入，不像西方人一樣，輕易地就把這個問題扔給了上帝。
中國道家認為人的靈魂可以分為元神和識神。神是人有三寶「精氣神」中最重要的一寶，其中元神是指與生俱來的稟受於先天的神氣，與出生後由外景事物為心所仼而逐漸產生的後天識神有著本質的區別。《靈樞·本神》說：「生之來，謂之精，兩精相搏謂之神。」《靈樞·天年》又說：「血氣已和，榮衛已通，五臟已成。神氣舍心，魂魄畢具，乃成為人。」意即父母媾精結胎成形之後，神氣駐與心中才產生生命。這也是我們經常說心神、心靈的由來。一般情況下，元神在人體中都處於一種潛伏狀態。人體的識神通常在大腦中活動，它能夠通過意識力控制大腦，從而控制身體行為。由於元神是高靈意識體，具有靈性，而識神只是意識體，沒有靈性，當大腦完全被識神控制時，思維就缺乏靈性。有時候識神活動太累歇息一會兒時，元神得以接觸大腦信息並控制大腦，就會發出靈性意識，這就是人們感受到的「靈感」。元神屬陽，識神屬陰，人如果能摒息雜念，則元神自然出現，調動宇宙間的本源能量元精元氣，就會結成內丹，然後從內丹中產生新的更高能量的生命狀態，即可溝通天地，與天地長存。可以說，道家內丹一派的修行理論，都是建立在元神識神這種理論基礎上的。
佛教中其實沒有靈魂的概念，早期的佛教也不接受靈魂不滅的觀點。只是在接受了印度原始宗教輪回的概念以後，一些流派的佛教理論，才接受了靈魂的觀點。在佛教中，對於人的靈性的研究，具有更加深入細致的特點。佛教理論中，對於「識」和「見」的研究，可以說具有歷史的開創性。
佛教理論認為，所謂的心，是一個整體。東方的傳統和西方的傳統不同，西方人研究一個東西，喜歡把它拆分成更小的單元，而東方人不這樣，認為這個整體是不能拆分的，但是可以從另一個側面去研究。
哪一個側面呢？
比如說，我們把心當作體，也就是本體，我們可以研究它的用——作用。
一切物質現象，佛家稱之為色法；一切精神現象，佛家概括為心法。眾生為物質現象所迷，稱為色蘊，為精神現象所迷，則細分為色蘊、受蘊、想蘊、行蘊、識蘊，合稱五蘊。蘊是積聚的意思，積聚色、受、想、行、識五種元素而成眾生，積聚無明煩惱而受生死。
地、水、火、風四大種及四大種所造諸色，隨形色可見，有體可觸，有業可顯，屬於物質方面的。眾生妄認為物質實有而為其所縛，是為色蘊。內心生起對處境的種種感受，以領納為性，謂領納苦、樂、不苦不樂三種感受，是為受蘊。於境取相，於是各種思想、想像，為想蘊。思想念念迅流、不斷變化，則為行蘊。眾生內心對外境的分別認識，為識蘊。
五蘊又名五陽，陽是遮蔽的意思，五陽遮蔽了我們本具的妙明真心，使般若智慧不能顯現。眾生妄執物質的精神為實有，五蘊交互作用，妄加取捨，遂生苦樂得失之見，依此造業不休，輾轉受果，於是生生世世永在輪回。
然而證悟的大菩薩，明了身心世界都是自性顯現，立斷分別五蘊皆空。空是性空，以五蘊法皆無實性故。宇宙間一切法皆非孤立而自有，乃相互依而有，即依他而起，即會合多緣而生，所以說請諸法無自性，無實體，皆是顧名安立。
心的作用，在小乘佛法中，可以分為眼、耳、鼻、舌、身、意六識，其中我們的眼睛能看到各種各樣的東西，就是眼識的功能。這裡面，眼睛只能看見而不會分別，如果你是在區別眼前的這個是什麼、那個是什麼，就已經是意識在作用了。
耳朵具有聽的功能，被稱為耳識。同樣耳朵只是具有聽見的功能，而不會區分這個聲音那個聲音。一區分，就是意識在作用了。
同樣的，鼻子具有嗅覺，叫作鼻識，
舌頭具有味覺，叫作舌識。
意識是第六識，具有認識抽象概念的功能，與前五識可以同時作用。
六種識心中，前五種識心，所依的是形象的如眼等五根；第六意識所依的，是沒有形象的第七識意根，第七識專執第八識見分為我，而成我執，由我執發生意識，而見萬法。而五識的功能是直覺的前五識緣境時、唯感現量，全無分別作用，而且只能各緣一境，又只能緣現在境，不能緣過去或未來。第六識則長於對法境的分別計度，既感現量，也有比量、非量，同時能憶過去，預想未來，為一切善惡的主謀。
第八識阿賴耶識里的阿賴耶，是藏的意識，所以第八識又叫作藏識。「阿」在梵文里指的是「心」，「賴耶」(laya)在梵文里意思是「積」。喜瑪拉雅山的「拉雅」(laya)與阿賴耶的「賴耶」在梵文里是相同的。「喜瑪」是「雪」的意思，所以喜瑪拉雅山是「積雪之山」。阿賴耶識就是心所積存的一種意識，接近於現代心理學所說的「潛意識」或「無意識」。
阿賴耶識所積所藏的是什麼呢？藏的是諸法的種子，這是傳統的說法，換成今天的話，即是人前七識作用時的作用力、影響力，無論善惡，全部收藏其中。一切眾生，每一個起心動念，或者語言行為，都會在第八識中形成一個烙印，這些烙印，也就是我們通常所說的業種，這業種在未受報前都藏在阿賴耶識中。
人的前七識隨著人的死亡都會消失掉，但是無論是生是死，第八識依舊存在。而含藏在第八識的業種，會在下一世的生命歷程中產生作用，形成所謂的果報。第八識可說是支持前七識運行的生命源流，第八識的本體，其實是川流不息的生命能源，也即是這個世界所有現象的本源。
我們每一個人，都通過這個第八識，與這個世界上的萬事萬物相聯繫。因為這個第八識，我們的生命，其實是生活在一種無比廣闊的時空之中。為什麼人會有各種各樣的性格？會什麼人的命運千差萬別？往世累積的業種和習氣，其實一直在影響著我們今生的一舉一動。我們今天的一舉一動，又影響著我們的未來。
阿賴耶本是猶如虛空一般的心性法界，世間萬物山河大地人世百態皆是阿賴耶的顯現變化。阿賴耶有如鏡子，而五根六識對境顯現的影像就構成了我們的意識。阿賴耶本自清凈，而我們意識對於外境所起貪、瞋、痴、慢、疑的五毒染污了我們的意識，生命才變得痛苦不堪，人世才有如火窟。阿賴耶本自解脫，所以心靈本自解脫。
因為第八識的這種作用，佛學理論中才有「萬法唯心造」的說法。每一個人的一顆心都為自己創造出自己的世界，每一個人眼中所看到的世界都是不同的。
