瑜伽行派是印度大乘佛教的另一大派別。瑜伽行派的形成有著深刻的理論背景和社會原因。以龍樹為代表的中觀學派，對世界是空的本性有著透徹的說明，深化了佛學的緣起理論。然而，佛教的最終目的是解脫成佛，空與成佛又是怎樣的關系?中觀學派對眾生成佛的根據，也就是佛性問題說明不足，對一切眾生悉有佛性解釋不夠，這些體現在實踐層面，就容易產生虛無主義，即「惡趣空」的傾向。基於這樣的因緣，公元3—5世紀，出現了一批特別重視探討世界與人的本性以及成佛問題的經典，包括《大方廣如來藏經》、《佛說不增不減經》、《勝鬟經》、《解深密經》、《入楞伽經》等。從當時社會背景來看，其時正是印度笈多王朝的鼎盛時期，佛教得到了封建貴族和商人的支持；良好的經濟狀況，又為進行深入的哲學探討創造了條件。在佛教創立以前，古印度就有瑜伽派，他們的修行方法為佛教所吸收。瑜伽，意為「相應」，指一種觀悟真理的修行方法。大乘瑜伽行派因強調瑜伽的修行方法而得名，又因其理論上主張「萬法唯識」、「識有境無」而被稱為「大乘有宗」。
代表瑜伽行派思想的主要經論有《解深密經》和《瑜伽師地論》等，無著的《攝大乘論》，世親的《唯識二十論》、《唯識三十頌》、《大乘百法明門論》等在學派的創立中也起了極大的作用。瑜伽行派的思想特色是從認識論的角度出發，在義理層面解釋宇宙人生的本質，說明眾生成佛的依據。該派特別注重概念的深化與創新，建立了唯識無境、八識與種子，三性三無性、轉識成智等學說，並善於運用因明的方法，形成了一個從世界觀、認識論到解脫論的完整的理論體系，具有很強的哲理性，極大地增強了佛學的理論說服力。
瑜伽行派對「識」有著詳盡的分析，提出了「八識」與「種子」說。根據瑜伽行派的理論，能夠變現萬法的「識」有八種，即眼識、耳識、鼻識、舌識、身識、意識、末那識、阿梨耶識(亦譯為「阿賴耶識」、「阿刺耶識」等，意譯為「無沒識」、「藏識」等，又別稱「種子識」、「異熟識」等)。其中前六識分別與人的感官(根)相對應，第七識末那識的意思是「恆審思量」，它的主要職能是執持阿梨耶識為「我」，有自我意識的含義，廣義來說，一切「無明顛倒」也都發生於此識，因此也稱「染污識」。八識中的阿梨耶識是最根本的，它是萬法的總根源。阿梨耶識有「能藏、所藏、執藏」三義。八識在發生作用的時候，分別有能緣與所緣兩個方面，即能見的「見分」和所見的「相分」，起返照功能證知見分作用的「自證分」和確證自證分的作用的「證自證分」。人生歷劫的經驗沉澱儲存在阿梨耶識中，當這種經驗或者說習氣成為引發同類事物作用的原因時，就叫做「種子」。阿梨耶識中含藏著變現世界萬法的各種種子；種子發生作用，顯現萬法，叫做「現行」。而所謂的萬法只不過是阿梨耶識中種子的顯現，因此萬法的存在均離不開阿梨耶識。
瑜伽行派思想的根本命題是「唯識無境」。「唯識無境」指萬法唯識所現，識外無真實之境。唯識無境具體來說有兩層含義。首先，人們關於世界的一切認識都由心識所變現，在心識之外沒有真實的外境。他們觀察到，不同的人對同一境界(對象)的認識往往有很大的差別，同一個人對同一對象的認識也不是一成不變的，這說明「識，，不受「境」的制約，「境」隨著「識」而變化；還有一些認識現象，如夢境、幻境或其他一些謬識，或無實境可循，或與實境不符，更可以證明，不是「境」引生「識」，而是「識」變現「境」。其次，包含並體現了瑜伽行派的整個修行觀，即「轉識成智」——通過修行，除去阿梨耶識中的雜染成分，而獲得清凈的種子。具體來說，即轉凡夫有漏的八識成為佛的四智：轉第八識為大圓鏡智，轉第七識為平等性智，轉第六識為妙觀察智，轉前五識為成所作智。
瑜伽行派從名言種子的角度闡發緣起，提出了「三性說」。三性指：一、遍計所執性，又作虛妄分別相、分別性，指對無實體的存在計執為實我、實法，而生起妄執之心；二、依他起性，又作因緣相、依他性，「他」，即指「眾緣」，意謂萬法皆依眾緣而生起；三、圓成實性，又作第一義相、真實相，謂在「依他起性」上遠離「遍計所執性」的謬誤，便能體悟到萬法既無「人我」又無「法我」的真實本性，由此顯示的真如實性即為圓成實性。
瑜伽行派在方法論上，特別注重對佛教邏輯「因明」的運用。「因明」是一種推理證明的學問，起源於古印度正統婆羅門哲學派別關於祭祀的辯論，其中正理派曾以此作為他們學說的中心。大乘佛教中觀學派的龍樹全盤否定正理派的邏輯學說，瑜伽行派則出於辯論的需要而逐漸吸取並發展了古因明，使之成為駁斥外道、宣傳教義的重要工具。
瑜伽行派的實際創始人是無著與世親兄弟倆。該派尊彌勒菩薩為始祖，相傳無著曾上天受彌勒口授，回來後誦出了《瑜伽師地論》作為創立學派的理論根據。關於彌勒，佛典中記載他住在兜率天宮，曾從佛授記將繼承釋迦佛位於未來成佛。據一些學者考證，歷史上確有其人。但一般認為，瑜伽行派的實際創始人是無著、世親。他們生於北印度犍陀羅婆羅門家族，兩人都從說一切有部出家。無著先修習小乘空觀，感到不滿，傳說後來經彌勒指點而改信了大乘。世親原來對有部的阿毗曇很有研究，曾著《俱舍論》，對小乘學說十分自信，反對大乘，後經無著的影響而改宗大乘。兄弟倆共同弘揚彌勒的學說。世親的繼承者有親勝和火辨兩家。親勝一系有德慧、安慧等人，史稱前期瑜伽行派或唯識古學，又因其否認「相分」的真實性，並認為「見分」也無其行相，故亦稱無相唯識派。中國南北朝時期菩提流支和真諦所傳的主要就是這一系的思想。火辨一系的繼承人有陳那、護法等，這一系比較重視因明的研究，被稱為後期瑜伽行派或唯識今學，又因主張「相分」真實有體，「見分」取「相分」為境時，「見分」上會生起「相分」之行相，故亦稱有相唯識派。由唐玄奘傳人並據以創立唯識宗的主要是這一系的思想。
