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但即使處在這樣的環境，佛教界也出現了如蓮池祩宏、紫柏真可、憨山德清、蕅益智旭這樣的中興領袖，其中，蕅益大師一生為法忘軀、精勤不已，且貫通儒釋、著作宏富，終成為名滿天下的凈土宗祖師。
然而，少年時的大師卻是反對佛教的，那麼，他是如何盡棄前非，最後又歸心凈土的呢？這是一個極其傳奇又曲折的故事。
一、以千古道脈為己任據《年譜》（弘一大師撰）記載，蕅益大師生於明萬曆二十七年（公元1599），俗姓鍾，名際明，又名聲，字素華，又字振之。晚號“蕅益老人”，別號“八不道人”。江蘇吳縣木瀆鎮鍾氏子。父名岐仲，持誦大悲咒十年，母親金氏夢到觀世音菩薩抱著一個小男孩送給她，生下了後來名聞遐邇的大師。
當時的父母已經四十歲了，年齡老大，加上好不容易得來的一個孩子，自然寵愛有加。因生在佛化家庭，大師很早就開始誦經禮佛，七歲吃素，而且持齋非常嚴格，曾經夢到觀世音菩薩相召勸勉。
到了十二歲，父母送他出外就學。這時候的大師讀了很多儒書，虔心於格物致知之要、居敬慎獨之功，張揚得意，以傳承儒家道統為己任。不僅作了數十篇雄赳赳、氣昂昂的論文批駁佛教，而且從小茹素、久斷葷腥的他這時開始喝酒吃肉了。此舉真令父母大跌眼鏡！要是換做今天，恐怕父母早就氣急敗壞地四處追著打了。
二、傾心佛教，淹貫諸宗然而，蕅益大師的父母畢竟是講道理的。母親嚴厲的教誨，又因為一個偶然的機會閱讀了蓮池大師的《自知錄序》和《竹窗隨筆》，才幡然悔悟，從此不再謗佛，並將以前所有闢佛的文稿付之一炬。
二十歲時，詮釋《論語》“顏淵問仁章”中孔子回答顏淵說：“克己復禮為仁，一日克己復禮，天下歸仁焉！為仁由己，而由人乎哉！”對“天下歸仁”之語起發疑情，隨即苦參力究，不能下筆，廢寢忘食三晝夜，大悟孔顏心學。
然而此時，父親不幸亡故，大師為父親誦《地藏經》超拔，由此萌生出家之心。
後聽一法師講《楞嚴經》中“世界在空。空生大覺”時，懷疑為何有此大覺，能為空界做出預先安排，悶絕不知所措。此時決意出家，體究生死大事。
天啟二年，在一月中三次夢見憨山大師，痛哭緣分淺薄、相見太晚。本欲從憨師出家，然而千里迢遙，遂依憨山大師的高足雪嶺禪師出家，命名智旭。
出家後的大師如魚得水，飽餐佛法甘露，於宗門教下，深參力究。第二年夏，坐禪於餘杭徑山，體究功極，身心世界忽皆消殞。因知此身從無始來，當處出生，隨處滅盡，但是堅固妄想所現之影，念念剎那不住，的確非父母所生。自此，性相二宗，一齊透徹；一切經論，禪宗公案，無不現前。隨即覺悟到此境界非為聖證，故絕不語一人。久之，則胸次空空如也。這個境界，即是天台“六即”中的“名字位”。
二十八歲那年，母親病重，大師回家親自侍奉湯葯，並四次割身肉做葯引，冀望以此孝心令母親增福延壽。然而，母親最終仍然病亡。料理完喪事後，即往深山閉關，以參禪功夫求生凈土。
大師看到當時戒律衰頹，為匡正戒律，閱律三遍。雖然對於戒律的解悟很深，但自愧煩惱習氣強烈，行持不夠，故終其一生從未與人授戒。
三十二歲時，大師私淑天台，究心台部。以天台教觀匡救禪宗之弊，尤志求五比丘如法住世，令正法重興。
三、矢志安養，一意西馳永曆二年，大師已經五十歲了。某天他對成時法師說：“我從前念念想要恢復比丘戒法，近年來卻念念想著求生西方了。”成時法師聽了非常驚訝。後來才知道，大師在家時發大菩提願，後來為匡救聖教，終生孜孜力行。
徑山大悟後，徹見近世禪者之病，在絕無正知見，非在多知見，在不尊重波羅提木叉，非在著戒相。故抹倒禪之一字，力以戒教匡救。尤志求五比丘如法共住，令正法重興。後決不可得。遂一意西馳，冀乘本願輪，仗諸佛力，再來與拔。至於隨時著述，竭力講演，皆聊與有緣下圓頓種，非法界眾生一時成佛，直下相應，太平無事之初志矣。
由此思路一轉，大師晚年就專修凈業了。在《自像贊》中，大師自況：“不參禪，不學教，一句彌陀真心要。不談玄，不說妙，數珠一串真風調。”念佛矢志凈土的目標確定，又假之以懺悔自訟，洗濯心垢，藉此慚愧種子，方堪送想樂邦。大師以身說法，感人至深。
大師的文字般若皆從徹底悲心中流出，可謂婆心切切。故日本京都沙門光廉比丘在1723年重刊《靈峰宗論》序中說：“余亦嘗言，讀蕅益《宗論》而不墮血淚者，其人必無菩提心。”蓮宗十三祖印光大師敬仰贊嘆蕅祖“言言見諦，語語超宗，如走盤珠，利益無盡”。又贊言“宗乘教義兩融通，所悟與佛無異同。惑業未斷猶坯器，經雨則化棄前功。由此力修念佛行，決欲現生出樊籠。苦口切勸學道者，生西方可繼大雄。”
印光大師又曰：“若論逗機最妙之書，當以《凈土十要》為冠。而《彌陀要解》一書。為蕅益最精最妙之注。自佛說此經以來之注，當推第一。即令古佛再出於世，現廣長舌相，重注此經，當亦不能超出其上。”此言可謂高山仰止，心心相應之語。
永曆八年，大師示疾，當時他寄給錢牧齋的信說：“今夏兩番大病垂死。季秋閱藏方竟。仲冬一病更甚。七晝夜不能坐卧。不能飲食。不可療治。無術分解。唯痛哭稱佛菩薩名字。求生凈土而已。具縛凡夫損己利人。人未必利。己之受害如此。平日實唯在心性上用力。尚不得力。況僅從文字上用力者哉。出生死。成菩提。殊非易事。非丈室誰知此實語也。”
大師病到七日七夜不能合眼，唯有痛哭稱念佛名，專求佛力救拔，這對自負高慢者，不啻當頭一棒。
清順治十二年（公元1655）正月二十一日午時，大師趺坐繩床，向西舉手而寂，世壽五十有七歲，法臘三十四。僧夏從癸亥臘月至癸酉自恣日，又從乙酉春至乙未正月，共計夏十有九。
流水有心終匯海。縱觀祖師一生含辛茹苦，護持聖教，為報四重恩，樹立禪、教、律、密、凈之正法，匡正儒家宋明理學之弊端，救世之慈心、宏願、深忍、大行。最後導歸凈土，藉乘本願輪，再來救度娑婆苦難眾生。其深慈大悲，貫徹始終，令見聞者無不興起，被後世奉為凈土宗第九代祖師。
