2006年6月8日黃居士晚上發燒，不僅拒絕醫藥，一反常態的，連滴水也不沾。6月9日上午，圖書館負責人徵得黃居士本人同意，送醫治療。檢查結果是肺部嚴重感染，有生命危險。醫生說，黃居士從進醫院開始，神智始終清楚，口中不停念著阿彌陀佛，從無間斷。
6月8日晚上，圖書館負責人曾於夢中見到一男子要走，請為他安排時間，希望不超過9日下午五點。因他第一站要到香港，在老法師講經時謝恩。果然，黃居士於6月9日下午4時50分往生。足以證明古大德於往生傳記所記載，真信切願，三年念佛決定往生之語，真實不虛。
以下是黃忠昌居士往生的詳細經過：
當時黃忠昌閉關念佛快三年了。有一天突然停止吃飯進水。躺在床上，看起來很難受的樣子，大家都以為他感冒了。隨後他就開始發燒。他以前感冒從來不吃藥，不吃飯，只喝水就能好，但是這次水也不喝了。因為他發願止語所以只能用紙條交流。他在紙條里說他沒事，不用管他。後來他燒的更厲害了，而且肺部非常難受可以從他的表情就能看出來。於是問他要不要吃藥。他告訴大家不要管。
但是當天晚上館長在睡夢中有一名男子來告訴他在明天下午3點50想去香港感謝師父，叫館長幫他買好船票。館長早晨起床的時候還在想這個事情呢。臨出門的時候告訴管理人員要注意道場：可能有事情要發生。
上午的時候看他很難受的樣子，就問他要不要去醫院。黃居士點頭允許。就送往醫院，並給黃居士隨身攜帶一個念佛機。到了醫院，呼吸科專家都聚集到醫院里准備搶救，大家很擔心。大家在念佛堂里給黃居士立了吉祥牌位。
館長去醫院看他時，看到黃居士在搶救台上光著身子，鼻子里、嘴裡都是管子，身上貼著很多小圓盤的東西。黃居士在掙扎，想拔出管子，因為很難受。館長說：「黃居士！我們現在全力以赴，爭取把你接回去，你在這裡要放下！念佛求生凈土！念佛求生凈土！！！」黃居士就安穩下來了，看樣子他是徹底放下了。館長就出來了。這已經是下午三點多了。大家給黃忠昌居士一直誦阿彌陀經。大家誦完經，剛走到辦公室，館長就來電話。語氣很凝重的告訴大家，趕快立牌位，黃居士已經往生了，就在剛才。
在空白牌位在寫上「黃忠昌」三個字的時候，有的法師和義工哭了。寫好以後，把牌位送到念佛堂里，把吉祥牌位換下來。念佛的居士看到以後，有的也哭了。
這個時候，館長到了。馬上給老法師打電話。因為老法師那個時候正在講華嚴，所以就沒能接。我們這個時候就在排班，准備24小時助念。我記得那個時候念佛堂里的磁場極為庄嚴，從來沒有過那種庄嚴。後來老法師來電話，老法師說：「我講經的時候，黃忠昌來過了」 大家都驚訝！那個夢境就是告訴館長，黃忠昌往生前要去香港給老法師頂禮，然後在老法師那裡往生。師父講經的時候，是在入定的狀態。師父當時就在攝影棚里，只有師父和攝影師兩人。師父確定的告訴大家黃居士往生凈土了，大家都很歡喜。
夜晚，大家去醫院助念。因為醫院的規定，不能進病房只能站在門外。其實當時是黃忠昌居士的神識去了師父那裡，師父自然加持幫助他往生凈土。能夠在師父講經的時候往生凈土，實在是太殊勝了。
因為醫院斷定黃忠昌居士為嚴重的傳染性肺炎，所以始終沒有放人。沒辦法大家才去醫院助念的。凌晨一點多，殯儀館的車來了。三位法師按照醫生的要求，穿上了隔離服進去給黃忠昌居士穿往生服。當時把他送到醫院的時候，就打電話通知了他的家人。他的家人都信佛，就告訴大家如何處理全聽道場的。真的很佩服他的家人。
在給黃忠昌居士穿往生服的時候，正對著的天空出現了紅色的光，很亮。服穿完了以後，把他推出來，剛一推出來，天空就開始下雨。小雨實在是太神奇了。而且還有異香出來。當時他的兩個姐姐和媽媽都在場，也感到不可思議。
車子緩慢的開出來醫院了。館長在後面拍車子大聲喊：「黃忠昌！你要給大眾做個好樣子！做個好樣子啊！」他的姐姐也在喊：「**（他的小名）！你在西方等我，我也去！」當時大家很感動。
因為殯儀館在郊區，大家回到道場的時候，黃居士還沒到殯儀館。外面的雨還在下。過了一會，接到殯儀館的電話，說已經順利到達了。館長囑咐他們不要放入冰櫃。這時外面的雨突然停了....
天下雨代表龍天善神為黃忠昌菩薩洗塵。黃忠昌菩薩往生以後，從他出門開始一直到達殯儀館這一路都有善神用甘露洗塵。當年佛舍利去台灣的時候，也有這個情況出現。九華山仁德法師往生的時候也是這樣。
當晚師父給大家說：「黃忠昌居士之所以在往生前受到如此痛苦，是因為他年輕的時候有吸煙的惡習，使許多人吸了二手煙。所以這是果報。」大家都很感嘆。本來他的病會推後，因為黃忠昌居士念佛共兩年十個月，念佛功夫非常好，已經可以來去自如了，所以他想在往生前就把這個果報提前受完。一來自己省事，二來給大眾做示現。
第二天一早大家就去了殯儀館，准備火化。一直等到中午，揀出了許許多多的舍利子和舍利花。當時殯儀館負責煉人的工人說：「真是奇怪，怎麼他會有這么多花花綠綠的珠子出來？」當時大家都笑了館長就在那裡給他講解。當時在火化的時候，四周天空出現了很多吉祥雲。
就這樣，當晚館長做夢，黃忠昌來感恩館長的護持，告訴館長他已經往生凈土了。從此大家就堅信有極樂世界了.
