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注重心性超越的凈宗文化與傾重物質文明的現代自然科學，就其關注的問題，指向的目標以及思維方式悉有諸多的差異，然在文化的體用層面，二者有交叉滲透的互動效應。凈宗與現代自然科學的關係，體現在兩個層面：一是凈宗文化對現代科技的道德制衡;二是凈宗文化對現代科技的認知啟示。這兩個層面的互滲，顯示出凈宗在科技時代獨特的深遠價值，茲分述如下：
自古以來，人類為求得自身的生存與發展，便會產生諸種科技活動。然在農業社會，科技的發展比較緩慢，且與宗教、人文、政治活動相比，處於邊緣地帶。近四百年來，科學技術在人類活動的舞台上，日益扮演著主要角色，披上了高貴眩目的外衣，成了世人頂禮膜拜的對象。客觀地看，科技的發展確實在許多方面改善了人類的生存環境，帶來了某些生活上的便利。科技能解決人類一切問題的樂觀主義在當代全球化的高科技浪潮中，有進一步強化之勢。
科技在日新月異地改變人類生存狀況的同時，其負面效應亦日漸彰顯，人們在享受高科技便利與高物質消費的同時，亦在吞咽著與之伴生的苦果，諸如：環境污染、生態失衡、核武器和生物武器的威脅、精神家園的喪失等。諸種事實表明：解決人類生存的苦難，科技並不是最可靠的東西。有識之士痛苦地意識到這一點，且曾為此付出重大代價。對科技負面效應的指責，從來便與對科技的讚頌並存著，只是聲音微弱不被人們注意(或潛意識拒斥)罷了。1749年，法國思想家盧梭在《論科學與藝術》一書中，指責科學起源於罪惡，且總是給人類帶來災難。他認為科學的目的是虛幻的，效果是危險而有害的，它會使人損失時間，遊手好閒，怠惰奢侈，從而引起風尚解體和趣味腐化，破壞德行。盧梭的這種觀點，在科技高奏凱旋曲的近現代，被認為是不合時宜的奇談怪論。
耐人尋味的是，在科技輝煌的今天，盧梭式的聲音，不絕余響。1978年7月在印度波那舉行的世界秩序標准規劃第14次會議上，由美國世界秩序協會和發展中社會研究中心起草了一份有26名學者簽名的報告，題目為《科學技術的墮落》。開篇雲：「這是一篇對科學技術成為不平等、剝削、壓迫世界工具的控訴書。」報告認為：現代社會不少思想、道德、倫理和文化上的混亂，與科技發展過快有關。應當適度限制科技發展以調整思想，使人類有足夠的道德理性來正面使用科技，造福人類。
美國物理學家羅伯特·s.科恩教授認為：在政治領域中，科學技術所導致的精英人才統治論帶來的危害，可能超過專門知識與專業工作作出的貢獻;在社會方面，科學技術的革新不論成敗，均對公認的文化生活與人類意識有破壞、瓦解、削弱作用。這種說法聽起來有點偏激，卻也能獲得某些資料的支持。比如，原子彈自始至終是由科學家下力氣付諸實施的。1939年3月18日，約里奧·居里在《自然》雜誌發表鈾核鏈式裂變反應的文章，1939年8月2日，愛因斯坦簽署致羅斯福的信，揭開了原子時代的序幕。一位新聞記者曾對美國原子彈之父羅伯特·奧本海默進行采訪，奧氏坦率地承認：正是他們這些人在二戰末期為美國轟炸廣島提供了技術資料，作為技術專家他為這一行為感到嚴重的「道義上的不安」。並雲：「我們物理學家長期以來就生活在這種精神分裂中。」在和平時期，又是科學家們促進研究毀滅性更大的氫彈。射電天文學的先驅，諾貝爾物理獎得主馬丁·賴爾，在去世前給朋友的一封信中寫道：第二次世界大戰後，他想尋找一個遠離軍事應用的研究領域，最後選擇了天文學。然而，在晚年，他發現自己開闢的射電探測技術，卻為軍事帶來了最大的利益。他開始懷疑是否他在1946年當一個農民，或許會好些。馬丁·賴爾教授提出一個建議：在新的恐怖武器發明出來以前，現在停止基礎科學研究可能為時還不晚。這是一位科學家臨終前的反省，其言也善，其被接納也難。
娑婆世界眾生的挾裹佛性的聰明才智，能夠推進科技的迅猛發展，然因內具貪瞋煩惱，致令道德理性嚴重滯後，高精尖的科技大多率先用於軍事。隨著科技發展，人類的心理多向物質功利傾斜，使物質的發展失去人心的控制力量，心被物所役，道德倫理、因果觀念被認為迂腐、保守而拋置一邊。調控制衡人心的力量日漸軟弱乃至消失。道德與科技的失衡直接威脅著人類的生存基礎。所以，重構道德理性乃是現代人類的當務之急。
凈宗文化從深層次提供當代道德理性建構的基石——三世善惡因果律，從多方面賦予超時空的道德價值，諸如：心凈則土凈、和諧平等、慈悲忍讓、生佛一體、自他不二等。如果凈宗文化得以介入現實，或現代人謙恭地接納凈宗文化理念，那麼，凈宗文化一定能有效地為現代科技發展導航，使之彰顯造福人類的正面功能，而最大限度地消解損害人類的負面效應，實現道德與科技的良性互動。
