在東晉慧遠大師的時期，東林寺實際上是非常興盛的，是南方佛教的中心。到了唐代大周年間，也是非常好的一段時間。
自唐武宗滅佛之後，東林寺就全面衰敗。北宋年間有一個常總禪師在這住持，中興了一段時間。到了明代，又很衰落了。
我們通過明朝文人學士王陽明描寫東林寺的詩歌，就可知一二。他非常感慨，一個曾經輝煌地祖庭寺院，怎麼成了這個樣子?且看他的《遠公誦經台》一詩：「遠公說法有高台，一朵青蓮雲外開。台上久無獅子吼，野狐時復聽經來。」
那見月律師《一夢漫言》里記載的東林寺不僅衰敗，荒草萋萋，大雄寶殿都是灰塵吶，而且想掛個單都不許。
到了太平天國時，這些太平天國是奉行上帝會的，他們所到之處，把本土的宗教——佛教和道教全都摧毀了。
到了清末，包括民國年間，東林寺實際上基本就成了子孫廟，沒有多少房子。子孫廟就是師徒相承，一個派系，雲水僧想掛單都不可以。上個世紀五十年代時果一老和尚想在東林寺掛單掛不了，不讓他掛。
有一個資料提到，在民國年間東林寺非常凋零之時，上海的一批居士想重興東林寺，就想把印光大師請過來。印光大師也沒有拒絕，但是提了個要求——如果我去東林寺，必須要改成十方叢林!
然而這個要求都落實不下來，當時本寺院的那些比丘們就是要堅持子孫廟，那就根本就沒有辦法弄了。
在上個世紀60年代至90年代，果一老和尚三造東林，在他老人家德業的感召下，基本上使東林寺有點規模了。但近年來，那些規模又覺得不夠用了，所以這些年來我們也蓋了一些房子，擴大了一些地面。
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