起信論與天台宗
早期天台大師是不注重《起信論》的，真正開始對《起信論》進行研究，並以天台宗思想來會通《起信論》的，是天台宗的中興者，唐代的荊溪湛然。湛然為了重興天台，與華嚴宗抗衡，於是開始注意到華嚴宗一向重視的《起信論》，尤其是《起信論》中「真如不變隨緣」的思想，並作了與華嚴宗不同的解釋與發揮。
《起信論》講真如與生滅「非一非異」本來就可以從不同方面理解。華嚴宗講理事不二，是從「性起」方面說的，所以法藏注釋《起信論》不變隨緣義，是基於「性起」的觀點。湛然依《起信論》，乃是為了說明天台宗的「性具」之義。他認為《起信論》之一心攝世、出世間法，即是一心本具十界三千世間法為體所謂「一切諸法無非心性，一性無性，三千宛然」，就是此義。根據這種思想，湛然認為《起信論》的真如隨緣不變的學說，強調的是真如與變滅現象的一體性，有情無情事物都與佛性是同體的。他所著《金剛鋅》一文中雲：「萬法是真如，由不變故：真如是萬法，由隨緣故。」即是說，不變與隨緣是一致的，不變即隨緣隨緣即不變。這樣，湛然的「性具」說，依據《起信論》比華嚴更進一層，由理事無礙說而發展為理事互具說。
宋代天台宗內部山家、山外二派關於觀心問題的論爭，實際上也是圍繞著對《起信論》「一心二門」，真如不變隨緣的不同理解而發生的。
從晤恩為首的天台山外派，按照華嚴宗「性起」真心說的路子，對《起信論》加以引申發揮。在觀心方法上，他尤其發揮觀性義，主張修習觀法，要在直契真心中之佛性上下功夫，則自能隨十界緣而不變，亦不變而隨緣，不必通過「觀心」。後來他的弟子源清、洪敏也都堅持這種思想。而這卻引起以知禮為代表的天台山家派的批評。知禮認為晤恩的學說只講到《起信論》心真如門，不了解生滅門的意義，因而是有偏向的。他認為只有「觀心」，而不是「觀性」，才是天台宗的本來宗旨，才是《起信論》「圓教」的精神所在。所謂「觀心」法，就是依事見理，平看一切，從具體的事物、現象與生活現實人手逐漸向上趨向菩提。無論是晤恩的「觀性說」，還是知禮的「觀心說」，其實都是各自引申《起信論》的一個方面而已。山外之學，直接從心真如門人手，認識真如，依理顯事的方法，走的正是《起信論》「唯證相應」的頓悟法門：山家之學主張從心生滅門人手，依事顯理的方法，則顯然是從《起信論》「隨順」的方便觀法中脫胎出來。而這兩種方法，在《起信論》中是兼容互補的。
明代的智旭大師，教宗天台，他十分推崇《起信論》，並為此寫了一部《起信論裂網疏》。他完全依照湛然、知禮的天台理路去發揮《起信論》，認為《起信論》中真如門與生滅門、染與凈、真與俗二諦唯是一法，不變隨緣即是隨緣不變突出了理事互具的「性具」說傾向。從華嚴、天台諸家對《起信論》心性、緣起學說的不同理解與發揮，已可以看出《起信論》思想的復雜性與涵容性。
起信論與禪宗
中國禪宗的傳承與發展，經歷了由依《楞伽經》到依《起信論》的過程。四祖道信開始把《楞伽經》與《般若經》結合起來，並進而與《起信論》的思想相貫通，經弘忍、神秀、惠能、荷澤神會諸大師的不斷弘揚，《起信論》的精神越來越深入到中國禪學的骨髓之中。
五祖弘忍開創的「東山法門」，提倡「守心第一」的觀心方法。「守心」，從根本上說，就是「守本真心，妄念不生」，這種思想出自《起信論》一心即摩訶衍的說法，其突出當下悟人心真如門的頓悟方式，也是經由《起信論》真如門引申出來。
東山法門重視《起信論》的心真如門，神秀才引用心生滅門的本覺學說，傾向於從始覺向究竟覺的漸入方法。神秀所作《大乘無生方便門》一文中講的方便通經，廣引聖典就是依照《起信論》的生滅門，通過「離念」的不斷修習而最終證悟本有「覺性」的。由於神秀以《起信論》作為自己通經的根本，從而影響到禪門北宗的傳承，都以《起信論》為先要。
惠能主張「無念為宗，無住為本」則是從另一個方面發揮《起信論》。惠能提出「直心」的觀心方法，所謂「直心」，具體說，就是從生滅門直下悟入真如本覺的證悟方法。這既不同於弘忍大師由真如門人[入]手，直契真如，更不同於神秀禪師由生滅門出發，經由始覺到究竟覺的不斷漸修，而是《起信論》中念即無念，「知念無自相」方法的直接引入。
所以惠能反對「空心不思」，「念盡除卻」，而提出要在念念不住的生滅現象中，直下無住，見自本性：在活潑的生命流動中，當下解脫，「雖即見聞覺知，不染萬境而常自在」。這種不住內外，來去自由的觀心方法，經由神會「正念真如法」的進一步弘揚，到洪州禪提出「任心即修為」的見性方法，更是日見光大了。
《起信論》心性學說與理論構架，不僅影響中國佛學的發展，而且也提示了中國哲學的思惟理路。如宋明理學的「心統性情」說，就明顯地從《起信論》「一心二門」中提煉出來;而宋明理學講的「虛靈知覺」與「明覺」之心，也無非是《起信論》心性本覺說的延伸。乃至近現代中國哲學的許多思路，仍在自覺地沿用或發展《起信論》的思想。以馬一浮、熊十力、牟宗三、唐君毅等現代新儒學的代表，或多或少都受到《起信論》的啟示，來建構其道德形上學或文化哲學的思想體系。如牟宗三以「一心二門」的架構來建立的「二層存有論」，通過真如門與生滅門的劃分來詮釋康德區分自在之物與現象界的特殊意義，從此與康德哲學相會通，可以說是《起信論》精神和思維方式的現代運用。
