三、行分
(一)迷真起妄生死因
二轉依號分第五十六
當機請位
阿難即從座起，頂禮佛足而白佛言：我輩愚鈍，好為多聞，於諸漏心，未求出離，蒙佛慈誨，得正熏修，身心快然，獲大饒益。世尊！如是修證佛三摩提，未到涅槃，雲何名為干慧之地？四十四心，至何漸次，得修行目？詣何方所，名入地中？雲何名為等覺菩薩？作是語已，五體投地，大眾一心佇佛慈音，瞪懵瞻仰。爾時，世尊贊阿難言：善哉！善哉！汝等乃能普為大眾及諸末世一切眾生，修三摩提求大乘者，從於凡夫終大涅槃，懸示無上正修行路，汝今諦聽，當為汝說。阿難大眾，合掌刳心，默然受教。
【分義】此始為行分，示禪那妙行，令住圓定，定慧雙融，歷位修證。即答阿難妙禪那之請。前定分如得門而入，此行分如升堂入室之次第。此當機請問修證位次。干慧地者，謂欲愛乾枯，根境不偶，即信前一位，為發足修行最初之因。所謂漸次者，即最初干慧之前三漸次。由十信、十住、十行、十迴向至四加行，故名四十四心。加上十地等覺，故成五十五位真菩提路。妙覺乃涅槃之妙果。
二轉依號
佛言！阿難當知，妙性圓明，離諸名相，本來無有世界眾生，因妄有生，因生有滅，生滅名妄，滅妄名真。是稱如來無上菩提及大涅槃二轉依號。
【分義】此正示二轉依號。先立一真法界如來藏性為生死涅槃之因。妙性圓明，離諸名相，本無世界眾生者，是直指一心真源，永離諸妄。以最初一念不覺妄動，因而有生，因生而有滅，因有生滅，故名為妄。因滅生滅，即無生滅性，故名為真。真妄因依，故有轉煩惱為菩提，轉生死為涅槃，是則名為二轉依號。此凡聖二路，皆由迷悟而立，本來無有。
二顛倒因
阿難！汝今欲修真三摩地，直詣如來大涅槃者。先當識此眾生、世界二顛倒因，顛倒不生，斯則如來真三摩地。
【分義】今返妄歸真，只在即妄以明真，非舍妄以求真。只在能識破眾生世界二顛倒之因，顛倒不生，便是真三摩地。二顛倒因者，即眾生顛倒和世界顛倒之因。
一眾生顛倒因
阿難！雲何名為眾生顛倒？阿難！由性明心，性明圓故，因明發性，性妄見生，從畢竟無，成究竟有，此有所有，非因所因，住所住相，了無根本，本此無住，建立世界及諸眾生。迷本圓明，是生虛妄。妄性無體，非有所依，將欲復真，欲真已非真真如性，非真求復，宛成非相。非生非住，非心非法，展轉發生，生力發明，熏以成業，同業相感，因有感業，相滅相生。由是故有眾生顛倒。
【分義】此示眾生顛倒因。妙性本明，圓照法界。由於眾生迷本圓明，性上加明而生妄見。故言由明發性，性妄見生。即前經言：所妄既立，生汝妄能。謂由所發妄相遂起能見之妄見，則眾生世界宛然，生死輪迴因之而立。故言從畢竟無成究竟有。然而此無明妄見與所有眾生世界，當體虛妄，如空中花，夢中物，本無所有。即此無明與眾生世界，本無所因而妄為所因。能住之眾生與所住之世界，本自非有，全體虛妄，了無根本。此顯眾生世界本無。本來無住，而建立眾生世界之妄法。此明眾生顛倒。生住心法，本無自性。於此非生非住非心非法，而妄見有生有住有心有法。從此虛妄展轉發生，熏以成業，同業相感，而有生滅，從此非有而妄成有。由是故有九界眾生顛倒。
二世界顛倒因
阿難！雲何名為世界顛倒？是有所有，分段妄生，因此界立。非因所因，無住所住，遷流不住，因此世成。三世四方，和合相涉，變化眾生，成十二類。是故世界因動有聲，因聲有色，因色有香，因香有觸，因觸有味，因味知法，六亂妄想，成業性故，十二區分，由此輪轉。
【分義】此示世界顛倒因。實相本來空寂，了無所有。因能有之無明妄心，故吸四大外色而成根身器界為所有。所謂所妄既立，明理不逾，故分段妄生。因此東西南北妄成界限，故言因此界立。以妄心無體，本無有因而妄認所因。妄身本空無住而妄執所住器界，則妄心生滅遷流不息，而形成過去現在未來三世之妄相。故言因此世成。由三世四方和合不思議熏變，故變化眾生成十二類。是故世界十二類生，皆因一念無明妄動，而有知聲色香味觸法六亂妄想。由此六亂妄想生滅不停為緣，熏變成業性而為生死因，是故十二區分眾生而為受生之果。由此生滅熏變不止，輪轉不休。所以眾生世界顛倒不息。