真諦所傳的瑜伽行派學說，與其前菩提流支譯傳的不同，也與以後玄奘譯傳的大有出入。真諦不少譯本，玄奘都重新譯過，很多不同。玄奘門下認為，這些都是真諦譯錯了的，幾乎一無是處。但因真諦的譯本早經流行，發生了影響，所以當時還是有人相信真諦之說。於是引起了新舊譯的爭論。關於這方面的材料現存有唐代靈潤所舉的十四點異義(見日人良遍《觀心覺夢鈔》)。近人梅光羲還增加了八義(見《相宗新舊兩譯不同論》)。這些異義，其中確有出於舊譯錯誤的，但主要原因還是來自兩家學說的淵源不同。換言之，就是兩家所得無著、世親的傳承不同。
印度瑜伽行派學說前後期的變化很大，初期從彌勒、無著到世親就有變化，甚至一部《瑜伽師地論》前後說法就不一致，其他論書各個部分的說法更多出入。就是同一人的著作，例如，無著寫的《莊嚴論》與《顯揚論》，就有不少自相矛盾的地方。至於世親，學問面相當廣，一生的學歷變化也相當大。最初他學的是小乘有部，其後轉學經部，再後又改學大乘，在大乘中他開始學的是法相，以後又集中於唯識。這些經歷變化自然要反映到他的著作中去。因此，傳譯到中國就有各種不同的說法了。真諦之學，有兩個重要特點︰第一，關於唯識一般只講八識，至阿賴耶識為止，真諦則在第八識外還建立了第九識，即阿摩羅識(無垢識或凈識)。此第九識是結合『如如』和『如如智(正智)』而言，『如如』指識性如如，『如如智』指能緣如如之智。第二，關於三性，這是瑜伽行派的總綱，相當於中觀派的二諦，真諦講三性把『依他起』的重點放在染污的性質上，強調依他同遍計一樣，最後也應該斷滅。
真諦生當於陳那、安慧的時期，學說上不能不受到他們的一些影響，例如，他就譯過陳那著的《觀所緣緣論》。他雖沒有介紹過安慧的著作，但是在中國一般認為他受安慧的影響很大。實際上，真諦和陳那、安慧之前最忠實地遵守世親舊說的難陀，更為接近。難陀舊說一直在印度與他家並行，所以玄奘在印度時，還特地向勝軍論師學習過它，並在那爛陀寺開過講座。因此，真諦所傳譯的純是舊說，當然會與玄奘所傳的不同了。玄奘之學是在陳那、安慧之後，經過護法、戒賢、親孕幾代人發展了的。這種傳承上各異的情況，反映在翻譯上形成了新譯與舊譯的不同，可以說是很自然的。
真諦在所譯各書中，特別重視《攝大乘論》。因為此論集中反映了瑜伽系大乘和他系以及小乘不同的觀點，是屬於一系學說的根本典據。道宣在《續高僧傳》中就說，『自諦來中夏，雖廣出眾經，偏宗《攝論》』。真諦對此論的翻譯也特別用心，而且自作《義疏》。同時對參與譯事的僧宗、慧愷等人毫無保留地諄諄教誨。現在《義疏》雖已不存，但他的《世親釋》譯文中還攙雜有他自己的許多說法，可以尋繹。並且他把這部《論釋》和《俱舍論》看成是世親的兩大代表作，同樣的『詞富理玄』。《俱舍》，可謂世親前期思想的一個總結，《攝論釋》，則是他後期思想的一個開端。真諦本人對這兩部書的翻譯也甚滿意，嘗說此兩譯『詞理圓備，吾無恨矣』，因而發願要大力宣揚。在這個過程中，他的得意門生慧愷不幸夭折，真諦非常痛心，特別到法准房中，和他的得力門徒道尼、智敫、慧曠等十二人共傳香火，要兩論的傳承誓無斷絕。因此，在他死後，門人雖分散各處，卻都能承其遺志繼續傳播《攝論》。
