南北朝時期，眾多學派的出現成為佛教中國化進程中一道特殊的風景線，它們從不同的理論方向推動了中國佛學的完形。在譯介佛教經論的同時，中國僧人開始傾心於對佛教義理的探究。特別是在南朝，經論的講習之風大盛。僧人務期兼通眾經，廣訪眾師聽講，一些人也漸以講經知名，並各有專精。由於講習經論的不同，逐漸形成了眾多以弘傳某部經論為主的學派，如毗曇學派、涅槃學派等，其學者也相應地被稱為「毗曇師」、「涅槃師」等，這些學派雖也有稱「宗」的，但事實上尚不能算是真正的宗派，它們只是為隋唐佛教宗派的創立准備了理論條件。當時較有影響的佛教學派主要有：
1．毗曇學派和俱舍宗。毗曇學派是專門研習並弘傳小乘說一切有部論書《阿毗曇》的佛教學派，主要通過對法相的分析表述「四諦」等基本思想，論證解脫的必要性和可能性。毗曇學借東晉道安和慧遠的提倡而開始在南北同時流傳，至劉宋時形成了學派。著名的學者很多，北方首推有「毗曇孔子」之稱的慧嵩。當時其他論師兼習毗曇的也很多，義學僧人大都對毗曇學有所涉獵，這可能與他們視毗曇學為佛學之基礎有關。南朝末年真諦初譯《俱舍論》，由於此論的體系在諸阿毗曇中特別完整，名相解說最為簡明，因而受到歡迎，毗曇學派的一些學者也逐漸轉向對《俱舍論》的研究，成為俱舍師。
2．涅槃學派。涅槃學派是以研習並弘傳大乘《涅槃經》而得名的佛教學派。《涅槃經》的主要思想是「泥洹不滅，佛有真我，一切眾生，皆有佛性」。涅槃佛性問題曾是南朝佛教理論的中心問題。南方涅槃學派的重要代表人物是晉宋時的竺道生，他曾根據自己研習經論的體悟，大膽提出了一闡提也有佛性亦得成佛的主張，並倡立「頓悟成佛」以反對當時流行的漸悟成佛說，與持漸悟說的慧觀形成了南方涅槃學派的兩大系。當時的成論師、地論師等，也大都兼善涅槃學。
3．攝論學派。攝論學派是以研習弘傳真諦所譯的《攝大乘論》而得名的佛教學派。《攝大乘論》為古印度無著所造，是瑜伽行派的重要代表作之一。它比較集中地闡述了瑜伽行派所主張的唯識學說，特別是對三性說和阿賴耶識說等作了細致的論述，奠定了大乘瑜伽行派的理論基礎。《攝大乘論》傳人我國後，最早由北魏佛陀扇多譯出，但未得廣傳。真諦在重譯此論的同時，還首譯了世親的《攝大乘論釋》，系統介紹瑜伽行派的唯識學說，在中土形成了攝論學派。其主要理論是在第八識「阿賴耶識」之外另立純粹清凈的第九識「阿摩羅識」，肯定人人皆有佛性。
4．成實學派。成實學派是研習並弘傳《成實論》的佛教學派。《成實論》的作者訶梨跋摩，原為印度說一切有部的僧人，後受大眾部的影響而著此論批判有部的理論。「成實」，意為成立「四諦」真實的道理，主張人法兩空，反對說一切有部「諸法實有」的觀點，並在有部對世界萬法分析的基礎上提出了「五位八十四法」。此論被認為是由小乘向大乘空宗過渡的重要著作，也有人稱此論為「小乘空宗」的論典。鳩摩羅什為助初學佛者而譯出此論後，其門下劉宋僧導和北魏僧嵩對此深加研究並作註疏，此論遂成為南北朝時期最流行的佛典之一。僧導在壽春(今安徽壽縣)，僧嵩在彭城(今江蘇徐州)分別形成了成實學派的南北兩大系統，世稱壽春系和彭城系。成實師講《成實論》，或兼弘「三論」，或調和《涅槃》，曾對各家學說產生過廣泛的影響。到隋代吉藏創三論宗，判《成實論》為小乘後，成實學派逐漸衰微。唐代唯識學興起，成實學雖仍有餘波，但學派已不復存在。
5．地論學派。地論學派是研習並弘傳《十地經論》的佛教學派，為北朝所特有，且對北朝佛教影響最大。古印度世親的《十地經論》原是對《華嚴經·十地品》所說菩薩修行的十個階位(十地)和教義作的解釋，由於它特別發揮了「三界唯心」和「唯識」等理論，因而成為瑜伽行派早期的代表作之一。譯出此論的北魏僧人菩提流支和勒那摩提對論中所論的「阿梨耶識」和佛性的解釋各不相同，其徒遂分為地論學派的南北兩道，佛教史上稱其為相州南道和相州北道。相州南道和相州北道曾圍繞著當常、現常(即佛性的本有、始有)問題進行過長期的爭論，並在判教問題上有過四宗五宗之爭。地論學派在南北朝末年和隋代便趨於與攝論學派融合，至唐代唯識宗和華嚴宗創立以後，便不再獨立存在。
6．三論學派。三論學派是以《中論》、《百論》和《十二門論》這「三論」為理論依據而成就的學派。「三論」雖由後秦鳩摩羅什譯出，由僧肇等人加以闡釋發揮，但三論學的興起卻始於梁代的僧朗。僧朗之後有僧詮、法朗等繼續弘傳三論之學。法朗的弟子很多，知名者號稱「二十五哲」，影響最大的吉藏即為隋唐佛教宗派三論宗的創始人。
7．十誦律學派。十誦律學派所研習的《十誦律》為小乘說一切有部的根本戒律，是傳人中土的四部廣律中最早譯出並得以弘傳的一部律書。原為後秦弗若多羅和鳩摩羅什共譯，後因弗若多羅入滅，由曇摩流支和鳩摩羅什續譯，共成五十八卷。當時南方的律學幾乎都限於《十誦律》，弘傳此學的人很多，至齊梁時而盛極一時。著名的十誦律師有慧猷，及其弟子慧光、僧璩、智稱、僧祐等。唐代時，弘傳《四分律》的律宗興起，《十誦律》的研究遂不再被重視。
8．四論學派。北方的四論之學是將《大智度論》與「三論」並重的一個學派。龍樹所著的《大智度論》為論釋《大品般若經》的重要論書，該論全面闡發了《般若經》的「性空假有」思想，有「論中之王」之稱。著名的四論學者有北齊的道長、東魏的曇鸞和北周的靜藹等人。曇鸞等後又歸宗凈土。
9．四分律學派。四分律學派研習弘傳的《四分律》原為印度部派佛教上座部系統法藏部所傳的戒律，在佛教諸部戒律中對中國佛教的影響最大，後成為唐代律宗所依據的基本典籍。《四分律》在後秦時由佛陀耶舍和竺佛念共同譯出後，直至北魏時的法聰、道覆等才專事弘傳。後又有慧光作《四分律疏》，此學才大盛。慧光已判此律為大乘律，唐代道宣更認為此律內容應屬大乘，並據此而創立了中國佛教宗派律宗。
10．楞伽學派。在北方有一批專以四卷本《楞伽經》為印證並遞相傳授的禪師，始倡者為中國禪宗奉為東土初祖的菩提達摩，傳其禪者有慧可等。慧可的弟子有那禪師、璨禪師等，那禪師及其弟子慧滿等都常齎四卷《楞伽》以為心要。此系禪學後演化為中國禪宗。
11．凈土學派。隨著宣揚凈土思想的佛經相繼譯出，當時北方也出現了一批專事弘傳阿彌陀凈土信仰的僧人，代表人物有曇鸞，倡導稱名念佛法門，開凈土信仰的一代風氣，對中國凈土宗的形成影響極大。他的著作《往生論注》等奠定了中國凈土宗的理論基礎，其倡導的修行方法也為凈土宗所繼承和發展。
南北朝佛教學派的繁興在客觀上使佛學理論得到了深化。當時的佛教界對涅槃佛性義、真俗二諦義等佛學基本理論，都進行過激烈的爭辯。即使講解同一經論的學者，見解也往往有所不同。南北朝時期，佛學上的爭論最後表現為傳法定祖的問題，學派逐漸有了教派的性質。在義理紛爭的情況下開始出現了判釋佛說經教的「判教」。判教的方法非中土所創，但中土的判教在佛教學派向佛教宗派的演進過程中起了特別重要的作用。到隋唐時，隨著封建統一王朝的建立和佛教寺院經濟的進一步發展，中國化的佛教宗派相繼形成，學派林立的南北朝佛教也就過渡到了宗派並存的隋唐佛教。
