葯師咒來自（唐三藏法師義凈奉詔譯）的《葯師琉璃光七佛本願功德經》。葯師琉璃光如來，是東方凈土凈琉璃世界的教主。葯師法注重利益現實人間，故特別契合當今時代的眾生。持葯師咒是易行的葯師法門，若能至心修持，不僅有消災、延壽滿願的利益，還有促使眾生早成佛道的功德。
葯師咒不同版本 一、玄奘、義凈大師譯本玄奘譯《葯師琉璃光如來本願功德經》及義凈譯《葯師琉璃光七佛本願功德經》中咒語相同，即人們常誦的版本：
南無薄伽伐帝 鞞殺社 窶嚕 薜琉璃 跋喇婆 喝啰闍也 怛他揭多也 阿啰喝帝 三藐三勃陀耶 怛侄他 唵 鞞剎逝 鞞剎逝 鞞剎社 三沒揭帝 莎訶。
二、一行大師譯本出自《葯師琉璃光如來消災除難念誦儀軌》，內容與前本形同，但一行師使用長音、二合等形式，所譯咒音比較準確，其咒如下：
曩謨(引)婆(去)[言*我][口*縛]帝(一)佩殺紫野(二合)虞嚕(二)吠[口*女]哩也(二合)缽羅(二合)婆羅惹野(三)怛他(引)櫱哆(引)野(四)阿羅喝(二合)帝(五)三藐三沒馱(引)野(六)怛你也(二合)他(引)(七)唵(八)佩殺爾曳(二合)(九)佩殺爾曳(二合)(十)佩殺紫野(二合)(十一)三麼弩櫱(二合)帝(十二)娑[口*縛](二合)賀(引)(十三)。
三、永樂大鍾蘭札體梵咒版本此版本咒心稍有不同，多出“摩訶佩殺爾曳(二合)”及“羅惹”，其咒如下：
曩謨(引)婆(去)[言*我][口*縛]帝(一)佩殺紫野(二合)虞嚕(二)吠[口*女]哩也(二合)缽羅(二合)婆羅惹野(三)怛他(引)櫱哆(引)野(四)阿羅喝(二合)帝(五)三藐三沒馱(引)野(六)怛你也(二合)他(引)(七)唵(八)佩殺爾曳(二合)(九)佩殺爾曳(二合)(十) 摩訶佩殺爾曳(二合)（十一）佩殺紫野(二合)羅惹(十二)三麼弩櫱(二合)帝(十三)娑[口*縛](二合)賀(引)(十四)。
四、藏文版葯師佛心咒除其藏文注音形式外，內容近於永樂大鍾版本，但在“喇雜”前少“貝堪則”一詞，其咒如下：
喋雅他 嗡 貝堪則 貝堪則 瑪哈貝堪則 喇雜 薩目（兒） 嘎喋 梭哈。
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