六祖慧能大師的肉身在文革期間被紅衛兵小將破壞，有紅衛兵用鋸子鋸慧能大師的脊椎，竟然從裡面留出鮮紅的血！！！！紅衛兵當時被鎮住了，不敢再鋸。
後來六祖慧能大師的法身被遊街，善良的的信徒在夜間偷偷把大師的法身藏了起來。
文革結束以後，趙朴老知道此事，寫信給廣東省委，當時的省委書記習仲勛馬上組織人，保護好六祖慧能大師的法身，妥善安置，用心保護。
六祖靈骨被佛源秘密保存起來，香港聖一法師到南華寺，按照佛源的指引偷偷地拍照，記住了埋藏的地點。
一直到1979年，佛源獲平反，隨即奉調到北京中國佛學院主講律學，見到了明真、巨贊兩位法師，告知以六祖真身事，又向趙朴初先生作了稟報。趙朴初一聽，大為震驚，認為這是一件大事！佛源回憶道：「朴老馬上寫信給習仲勛（當時廣東省最高領導）要他派人到南華寺處理這件事。」
習仲勛接信，馬上派專人去南華寺做工作，但當時的形勢是宗教政策尚未完全落實，南華寺方面不同意恢復供奉六祖。來人向南華寺方面傳達習仲勛的原話：「同意要恢復，不同意也要恢復！」話說得擲地有聲，毫不含糊。南華寺方面只能聽命。趙朴初隨即派佛源從北京趕回南華寺，協助處理。習仲勛嚴令保護六祖惠能真身舍利
這段歷史，在佛源老和尚的回憶中，十分感人：「六祖靈骨取出時，因入土已十多年，南方潮濕，肋骨已有霉變，但仍有條塊形。脊骨受潮更重，更不如入土時的形象。丹田祖師的靈骨就更不如從前了。我將二位祖師的靈骨捧回自己的屋中，用木炭火烘乾抹凈，用一整塊檀香木將脊骨、肋骨一節節駁接在檀香木上，粘好之後，再如法放入真身內。外用綢布和漆封閉，並在檀香木上刻記，載明因果。六祖的腑臟已朽，只好烘乾成末，與檀香末混合塑形，放置於六祖胸內。當時我嚎啕大哭，發誓要生生世世護持六祖真身。當年的情況難以想像，如果我知道我不會死的話，決不會把六祖、丹田的靈骨埋到後山，受此損壞。此事我亦未盡到保護之責，心裡難受之極，只有今後更加細心愛護常住，捨身忘命也要保護好六祖。」
佛源老和尚親眼所見，六祖靈骨，歷經一千二百多年，仍是金黃色，且堅硬沉重。而丹田祖師的靈骨相對呈黑色，分量也輕得多，「端的有金銅之別，確實不可思議。」
佛源老和尚還反思道：「如果不經文革浩劫，六祖真身絕不會受此損壞的，我作為六祖的兒孫，不知道為此哭了多少次、多少年！但那個年月，周圍每天都有人盯著我，誰敢露面哭泣。有的人只顧自己出風頭，管他六祖不六祖。憨山大師也被一個獅子蟲砍了一刀，好在胸背只打了酒杯大的洞，沒有如六祖、丹田那樣把臟腑都掏出來。」
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