光緒二十三年(1897年)丁酉夏，法雨寺大眾一再堅請大師講經，大師推辭不掉，就為大家講了一座《佛說阿彌陀經要解便蒙鈔》。《便蒙鈔》是清代紅螺山資福寺達默法師在道光十七年己亥(1837年)於武漢寶通寺編寫的，他在自序中介紹他曾講彌陀要解十有餘座。「於己亥歲。結夏武昌寶通寺，共二三蓮友敷揚此解，隨解隨錄，次後漸集成帙。」至於首次出版流通可能是在道光末年(三十年，1850年)，見當時資福寺方丈凈業蓮村氏的序言。這本鈔是達默法師鑒於彌陀要解，文深理奧，不便初學者理解，所以按照天台教理，逐條著鈔，使初學之士，易於進步。印光大師這次講經就選擇《便蒙鈔》來講，這一講就講了一個多月。
大師講完《便蒙鈔》後，就在寶珠殿一側的關房閉關專修念佛。大師不作講經的法師，大概講經的人也需要相應的身體素質，大師小時候害過眼病，如果說話過多，眼睛就發紅，而難以看字，這是大師所示現不講經的一個客觀原因。更重要的原因在於，大師以凈土為宗，凈土宗的道風在於實行，而不在於講說教理。以言教者訟，如果沒有實證的功夫，你說得就算再有道理，別人也不一定聽從，甚至還會腹誹(心裡懷疑)。以身教者從，如果你行動上做到了，再去教別人，別人就會遵從。因此大師把主要精力放在實修念佛上。
閉關是佛教的一種修持方式，指閉門謝客而隱居修行。閉關的人或者閱讀大藏經研究教理，或者專修一種法門，根據各人預期的目標而有所不同。期限也不一定，有幾個月的，也有數年的。閉關期間，以不出關房為原則。因此，關房外須有人護持飲食、醫護等事，稱為護關。閉關先制身一處，進一步制心一處。佛經上說：制心一處，無事不辦。大師修凈土宗，閉的是凈土關。大師閉關的期限定為三年，護關侍者是融明法師。一座寺院有法師發心閉關修行是寺院的一件大事，往往要舉行很隆重的閉關儀式，由方丈帶領全體僧眾到大殿禮佛後，送閉關者入關，等閉關圓滿結束時，方丈再帶領大眾迎接閉關者出關。印光大師這次閉關如何修行沒有留下記載，不敢妄測。這裡引用大師復明心師書，從大師對明心法師閉關的指導中可以看出大師閉關的經驗：
「閉關專修凈業，當以念佛為正行。早課仍照常念楞嚴，大悲十小咒。如楞嚴咒不熟，不妨日日看本子念。及至熟極，再背念。晚課彌陀經，大懺悔，蒙山，亦須日日常念。此外念佛宜從朝至暮，行住坐卧常念。又立一規矩，朝念一次，未念前拜若干拜。(先拜本師釋迦牟尼佛三拜，次拜阿彌陀佛若干拜，再拜觀音勢至清凈大海眾各三拜，再拜常住十方一切諸佛，一切尊法，一切賢聖僧三拜。)念佛或一千聲，或多或少，念畢再拜若干拜。午前一次，午後一次。再歇一刻做晚課。初夜念蒙山，後念佛若干聲，拜若干拜，發願迴向，三皈依後，心中默念佛號養息。卧時只許心中默念，不可出聲。出聲則傷氣，久則成病。雖是睡覺，(音教)心仍常存恭敬。只求心不外馳，念念與佛號相應。若或心起雜念，即時攝心虔念，雜念即滅。切不可瞎打妄想，想得神通，得緣法，得名譽，想興寺廟。若有此種念頭，久久必至著魔。若不與汝說破，恐汝以此為好念頭，妄想日日增長，必定著魔無疑。縱令心凈妄伏，亦不可心生歡喜，對人自誇。有一分就說有十分，此亦著魔之根。......入關儀式，亦無定章，總以至誠恭敬為主。要在先日禮佛，陳己志願。當日大殿禮佛，至關房令護關人鎖門。門上只貼(不慧明心，發心閉關，專修凈業，普為自他，懺除宿咎，增長善根。)作兩行寫於一紙上，貼於門正中上節。不必學不洞(音董)事的人，用三叉封皮寫封條，俗鄙之極。日期自擇，亦不可請人封關。此種都是擺空架子，光極不以為然。」
印光大師1897年閉關，到1900年第一期三年閉關結束後，護關侍者融明法師回了家鄉，大師給他寫了一封信，囑咐他要親近凈土道場和凈業知識，以免在與俗人的來往中，忘掉了念佛求生凈土的大事。要做到「當時時努力。若能念念在道，隨忙隨閑，不離彌陀名號。順境逆境，不忘往生西方。便可於父母之邦，隨緣常住。」又說：「諦法師專修凈業，予料其必得大利益。以彼撐持道場種種心，皆死盡無餘。念佛之心，又懇切之極。恐彼深得三昧，我尚未能一心，他日何顏見彼。故當仁不讓，又欲閉關。」諦法師是指大師的好友天台宗高僧諦閑大師，聽到諦閑大師閉關，印光大師從1900年到1903年又繼續閉關修行了三年。
大師在閉關中專修念佛，並寫信與諦閑法師交流了對寶王隨息念佛方法的看法，信中說：「光自出家以來，即信凈土一法。但以業障所遮，二十年來，悠悠虛度。口雖念佛，心不染道。近蒙法師訓勵，誓期不負婆心。無奈昏散交攻，依舊昔時行履。因日閱十餘紙凈典，以發勝進之心。至寶王隨息法門，試用此法，遂覺妄念不似以前之潮湧瀾翻。想久而久之，當必有霧散雲消徹見天日之時。又查文類，聖賢錄，皆錄此一段。因悟慈雲十念，謂藉氣束心，當本乎此。而蓮宗寶鑒亦載此法。足見古人懸知末世機宜，非此莫入，而預設其法。然古人不多以此教人者，以人根尚利，一發肯心，自得一心。而今人若光之障重根鈍者，恐畢生不能得一念不亂也。故述其己私，請益高明。當與不當，明以告我。光又謂只此一法，具攝五停心觀。若能隨息念佛，即攝數息念佛二觀。而攝心念佛，染心漸可斷絕，瞋恚必不熾盛，昏散一去，智慧現前，而愚痴可破矣。又即勢至都攝六根法門。愚謂今之悠忽念佛者，似不宜令依此法。恐彼因不記數，便成懈怠。有肯心者，若不依此法，決定難成三昧。法師乘願利人，自雖不用，當為後學試之，以教來哲。若是利根，一七二七定得一心。縱光之昏鈍魯劣，想十年八年或可不亂矣。」
