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靈魂，是許多宗教的說法，認為人有一個永遠存在、不變的精神實體，人死後，仍然有自我意識，有一個清清楚楚的精神生命。佛教則認為人的生命由身、心和合，而人心，機理極其復雜精妙、功用極其繁多神奇。如果將人心比喻為一座冰山，前六識（眼識、耳識、鼻識、舌識、身識、意識）只是這座冰山露出海面的一小部分，而第七、第八識（靈魂）就像這座冰山深藏海中的部分，現代心理學將之稱為潛意識、無意識。
第八識又稱之為神識、阿賴耶識，它隨時在輸入、儲藏、處理、輸出一切信息，是恆常活動不息、內涵不斷變化如瀑布的生命之流。它隱藏於內心深處，微細難知，如同虛空，既非是有，無形無相；也非是無，其作用明顯：在熟睡、昏迷、被麻醉、處胎等情況下，如果沒有阿賴耶識，是誰在起著維持生理活動的作用？為什麼遺忘幾十年的印象又能突然浮現在腦海？它們儲藏在哪裡？阿賴耶識是一種功能性存在，不是實體，用現代物理學的觀念說，它可能是場態，一種特殊的能量場，一種信息波集合體。
阿賴耶識的運作不僅貫徹人的一生，還貫徹過去、現在、未來三世。它是無情的、公正的心靈電腦，每個人的性格、愛好、天賦、吉凶、運氣、免疫力、壽夭等，都儲存在這裡，這就是所謂的靈魂密碼、基因密碼。思維只不過是靈魂密碼支配下的程序運算。
腦科學、神經科學的實驗證明，移動一根手指之類的活動，在意識到需要移動它的半秒鐘之前就開始了，說明“無意識”在意識之前進行籌劃。大腦處理信息的大部分過程是由無意識自動進行的，人的判斷受到已經存在於無意識中的潛在信息的影響。
從系統結構來看，人和計算機的基本架構類似，計算機有硬體、應用軟體和系統軟體三個部分，人體也有身、心、靈三個部分。無論是現代或未來高超的解剖技術，都不可能在人體找出心識和靈魂存在的物質證據，但並不能就此否定心識和靈魂的存在，就像解剖計算機無法證明軟體的存在一樣。
所以就理上說，神識與靈魂，有本質上的不同，它不是固定不變的精神實體；如從事上說，則都顯示“死後生命不滅”之理，故隨俗使用“靈魂”一詞。生命畢竟不同於單純的物質，生命的表現就是精神——靈魂指導下的肉體活動。離開靈魂的內涵，軀體只是一團肉、一具屍。靈魂回到你身里，你才成為能思、能說、能動的活人。
現代流行“人死永滅”“沒有靈魂”，他們認為精神活動只是大腦的功能，大腦壞了，心智功能就喪失。所以認為是大腦產生了心智，而不是靈魂。這樣的論調在邏輯推理上，不甚妥當。如果靈魂必須通過大腦，才能對外表現心智功能。那麼大腦壞了，只是靈魂對外的聯絡管道壞了，並不能證明“沒有靈魂”。就像電話打不通的時候，往往是電話線斷了，並不是電話機的問題。
說精神完全是大腦神經活動的作用，面臨著一類特異現象的挑戰：如世界上現有的幾十名“無腦人”（腦中唯腦脊液），其智商反而普遍偏高；腦手術案例表明：切除大腦皮質一半，並不影響意識。何況僅依據精神活動和腦神經活動有極密切的聯繫，並不足以斷言死後精神活動停止。
當代腦科學權威、諾貝爾醫學獎獲得者c·艾克爾斯教授，通過多年實驗研究，得出結論：“神經細胞彼此之間有無形的溝通物質，這就是靈魂的構成……它控制著大腦，就好比人腦指揮電腦，它使大腦內的腦神經細胞發動工作，這種非物質的‘識我’，在肉體大腦死亡之後，仍然存在並仍能有生命活動形態，可以永生不滅。”
美國加州工學院著名神經生理學家史柏理博士，曾經以其分解人類大腦兩半球的詳細功能學說而獲1981年諾貝爾醫學獎。他說：“人的自我是一種嶄新的必要的非物質，只出現於復雜分層結構組織的肉體大腦，控制著大腦的每部分，制約著合計一百億個腦神經細胞的機械功能的本能活動。”
西方科學界怎麼證實靈魂的存在？——“瀕死體驗研究”與“靈魂脫體經驗研究”。
臨床死過已相當長時間、大腦功能消失的患者重新恢復了生命，他們往往能夠講述在另一個世界的短暫旅行中，經歷的奇特遭遇，還能夠講出病房裡所發生的一切。他們能準確地說出參加急救的醫護人員的數目，一字不漏地說出他們之間的談話，描述出急救小組所採用的方法。其準確程度說明這不可能是夢境，也不是什麼幻象，生下來就是盲人的瀕死體驗者自述在離體經歷中看見了搶救自己的醫護人員和其他一些人與事物。這說明在人的機體沒有生命活動之後，在人的身上還有某種意識形式東西的存在；這種存在可能構成了死亡後生命的第一個根據。詳見美國趙蔚陽博士著《神秘的生命靈光》。海南出版社出版發行。1999年2月第一版。
脫體經驗：“一個人似乎從身外的角度知覺世界並常常報告說看到了自己軀體的一種經驗”（《心靈學》523頁）。古籍中所載神遊、魂游、入冥、出神、靈魂出竅等，及許多瀕死體驗，都可以看作脫體經驗一類。西方有關方面的專家用多種方法對脫體經驗作了探測研究。對一些能隨意進入脫體經驗的人用各種儀器測試的結果表明，心率、腦電圖、眼動等生理指數都逐漸發生了變化，然與睡眠和作夢時的這些生理指數有別，說明脫體經驗並非在睡眠中發生。
第一個以科學的實驗證實靈魂存在的，是英國醫生山姆。帕尼爾博士。他用一個木板，上面放了一些小物品，吊在瀕死的人病床手術台的上方天花板上。病人是看不到這些小物品的。其理論是，假如病人有靈魂，在昏死過去之後靈魂會飄到上方，能夠看到板子上面放的是什麼東西。等他蘇醒過來之後，能夠告訴醫生，這就證實了他有靈魂。只要有一個人能夠說得出來，那就證實真的有靈魂。帕尼爾醫生對一百多個病人進行這樣的實驗，只有七位，經歷了瀕死體驗靈魂脫體以後，他們能夠準確說出木板上放的小物品是什麼。
美國加州大學查爾斯。塔特博士，他也用科學的實驗證實靈魂的存在。他先在紙條上列印五位隨機數字，然後將紙條放在實驗室一個很高的架子上，再讓能夠靈魂出體的健康人進實驗室躺在床上。如果實驗者的靈魂出體，能夠看到這個紙條上所寫的五位隨機數字，等靈魂歸位後能夠說出來，這樣就證實了靈魂的存在。這個實驗反復地進行，五位數字不斷變換，每次實驗者都能夠準確地說出。從這些實驗得到一個結論：靈魂確實是存在的。
義大利學者馬協婁。巴希博士，組織心理學的專家學者、電子工程師、志願的研究對象——剛剛死去孩子的母親在晚上進行實驗。他用電子管收音設備，每次都能夠收錄不同的靈性講話，還能與死者對話。這是真實的科研實驗。這些事實應可充分肯定靈界人物（靈魂）的存在性。
有的人記得前世，古希臘著名哲人畢達哥拉斯自憶靈魂在幾個人身上輪回了二百零九年，並見其友人死後轉生為狗。1956年出生於土耳其的男孩伊士邁記憶前世的奇聞，曾轟動世界。這一專題的學術著作就有數百本，《輪回生死論》《東西方輪回事記匯編》《靈魂轉世》等。以及中國的《西藏生死書》《因果輪回實錄》《生與死》《人類神秘現象破譯》等等。
許多人在催眠的過程中，能描繪前世的人、事、物。經過查證，許多案例確有其人其事。如美國李亞倫只讀過十年級，催眠狀態下，說古埃及的語言，寫下古埃及的文字，說自己是埃及法老卡立克拉特斯，後來研究埃及學的學者，證實李亞倫寫的確實是古埃及文字，歷史上真的有這位法老。
《晉書·阮瞻傳》：瞻善辯，不信鬼，有客與他辯。客敗，現鬼形而滅，瞻精神崩潰，病故。廣西電影製片廠在拍攝《周恩來》的過程中，屢屢出現不可思議的神秘現象，導演丁蔭楠頻頻嗟嘆：“總理有靈，天助我也！”
08年汶川地震，救災志願者回成都後，深夜，總聽到屋裡有人哭。有的夢到遇難者說：“為什麼死的是我，不是你？！”軍醫出身的著名作家畢淑敏的報告文學《預約死亡》：醫護人員親眼看見臨終安養醫院死去的人深夜在一起跳舞。09年夏筆者生病住院，同室病友講：幾乎每夜11點後，我不敢睡，一合眼，就有兩個陰人來拉我。管床醫師講：一個重病患半夜死後，屍體還在床上，在樓梯口我卻看見她的背影輕飄飄往外走。《榮格自傳》載著名心理學家親歷的鬧鬼事件……
《心靈學》一書總結一百多年來魂靈調查的成果說：“看來無可置疑，正常、健康的人們的確會偶然看見魂靈，只有白痴才會否認這些事實。”（129頁）
