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由於敦煌遺書分藏於世界各地，至今缺乏一個完整的聯合目錄，因此藏經洞里到底藏了多少遺書？這個問題至今還是一個迷。有人推測三四萬、有人認為是六七萬，也有人認為總數大約在十萬左右。據筆者推測，如果將撕成幾截的卷子都綴合起來，算作一件，那麼其中漢文文獻的總數大約不會超過四萬件。
藏經洞中以佛教文獻數量最多，要佔到總數的90%至95%左右。這些佛教文獻大約包括如下一些內容：
(一)大藏經已收之經、律、論著作。這部分著作又占據了敦煌遺書中佛教文獻的絕大部分，由於敦煌遺書的年代比傳世的刻本藏經要早得多，因此，它反映了這些著作較早的形態，有著較高的校勘價值。尤其一些抄寫精良的官方寫本，更是如此。此外，這些著作的寫本末尾不少都附有題記，往往會提供給我們不少意想不到的寶貴資料。
(二)未入藏的經、律、論著作。敦煌遺書中有一批經、律、論著作是傳世的漢文大藏經所沒有收入的。例如署名為龍樹著的《因緣心論頌》《因緣心論釋》；據說是佛說的《大乘四法經》；署名為世親的《大乘四法經釋》；署名為馬鳴的《八種粗重犯墮》等。這些著作有些是敦煌被吐蕃占領時期從藏文翻譯過來的，所以未被漢文大藏經所收。我們知道，龍樹、世親、馬鳴都是印度佛教著名僧人。因此，敦煌資料的出現為我們研究他們的著作與思想提供了新的資料。
(三)疑偽經。
(四)經論律章疏。傳統的大藏經一般只注意搜集翻譯的經典，對這些中國人自己所撰的章疏不甚重視。而正是這些章疏反映了中國人是怎麼理解及發展印度佛教思想的，對我們研究中國佛教具有重大意義。在這里，敦煌藏經洞出土的一大批古佚章疏就顯得非常寶貴了。
(五)經錄。佛經目錄是我們研究佛經最基本、最原始的資料。以前我們只能看到傳世大藏經中所保存的若干標准經錄，敦煌遺書中則保存了豐富多彩、形態各異的許多經錄。比如品次錄、流通錄、藏經錄、點勘錄、配補錄、轉經錄、抄經錄等等，為我們了解古代藏經的抄寫、管理、流通、配補等一系列情況，提供了第一手資料。其中像伯3010號，解開了大藏經的帙號這一千古之迷。
(六)反映寺院宗教活動的材料。例如已引起學者們廣泛注意的變文、講經文就是在寺院宗教活動上唱講的。還有如授戒的牒文，進行布薩(佛教僧侶或信徒為更好地遵守戒律而定期舉行的一種宗教活動)的記錄、寺院的僧人名單等等，反映了敦煌寺院的實際活動狀況。這可以作為我們以敦煌為標本來研究中國佛教的實際活動的珍貴史料。
(七)反映寺院經濟活動的材料。敦煌遺書中大量關於寺戶上役活動的記載、借契單據、入破歷，反映了寺院的階級關系與經濟形態，已引起學者的注目。如姜伯勤先生利用這些材料寫成了《唐五代敦煌寺戶制度》一書。對佛教寺院經濟的研究作出卓越的貢獻。
(八)其它，這里包括大量的僧人詩文、邈真贊等遺書，它們既是文學作品，也是當時僧人生活的實錄。
總之，敦煌遺書中所存與佛教有關的卷子確是一大寶庫。這一寶庫至今仍缺乏系統的整理與研究，有許多領域至今無人探索，還是一塊有待開墾的處女地。我們希望更多的人能對它產生興趣，共同努力，把我國的敦煌學研究推向更高的水平。
