清光緒三十年(1904年)，甲辰年，大師44歲。這一年大師做的比較大的事是協助諦閑法師為溫州頭陀寺請大藏經。
前文說了，1900年大師第一期三年閉關期滿，曾給護關侍者融明法師寫信，提到諦閑法師放下一切，專修凈業。所以大師也繼續閉關到1903年。同一時間，諦閑法師則在溫州頭陀寺閉關三年，教觀並進，定慧雙融，曉夜淬礪，唯勤唯精，深得法益。兩位大師互相策勵，同時閉關專修。到1903年的時候，兩位大師都出關了。諦閑法師出關以後，受法兄授公囑託，重起宏規，擔任頭陀寺住持，開講了《楞嚴經》。秋天又講了《彌陀要解》和《梵網合注》。印光大師出關後則仍住法雨寺藏經樓。
1904年的時候，諦閑法師要為頭陀寺迎請龍藏。早在清光緒二十四年的時候，了余和尚當時是普濟寺監院，請諦閑法師去講過《法華經》，並建為蓮篷請諦公住過，所以那時諦公就與印光大師認識了，並且成為好朋友。現在請大藏經，想起印光大師不就是幫助化聞和尚請藏經，然後來到普陀山的嗎。所以諦老正好請印光大師一起去北京幫忙料理印製大藏經的事宜。
順便交代一下溫州頭陀寺，頭陀寺是俗稱，本名密印寺，始建於後漢乾佑間(948—950年)。據《重建頭陀密印禪寺碑記》等記載，唐代高僧永嘉大師(或稱宿覺、元覺、真覺大師)曾棲止於此。明林增志青年時，亦在此讀書，林為瑞安人，崇禎進士，後仕官少詹事，明末，隨唐王赴閩，官至禮部尚書，明亡後，回到溫州匿名隱居該寺，削髮為僧，著力興復禪寺。歷時四載，於順治8年(1651年)冬落成，寺宇規制偉然，與浙江北部的雙經、天童、雪竇等諸大佛寺同樣雄偉。
大師這次到北京是故地重遊，因為大師從光緒十二年到光緒十八年都在北京附近的紅螺山資福寺和北京的龍泉寺、圓廣寺參學。當然這次北京請藏很順利，經印完以後，還要等幾天才出發回頭陀寺。大師是讀書人出身，自然愛書，作為出家人更加珍惜佛經佛書。而城南琉璃廠書肆林立，不僅舉子們應考的各種書籍應有盡有，平常找不到的佛經單行本有時在這裡也會找到。大師光緒十三年朝五台前就去琉璃廠尋找過《清涼山志》，並且還找到一本。這次借著藏經起程前的幾天空閑時間，大師又到琉璃廠去看看。
琉璃廠西街位於和平門外，街長300多米，遼代時這裡是京城的東郊，叫海王村，金代叫海王莊，元代開始在這裡設置官窯，燒制琉璃瓦，為四大官窯之一。明代為營建宮殿，擴大了琉璃廠的規模，為工部五大廠之一。清代初期，琉璃廠遷移至京西琉璃渠，此處仍沿用琉璃廠之名。清朝建立以來，這裡逐漸形成一條以書鋪、字畫為主的書畫街，並為文人學士、社會名家和鑒賞、訪書、藏書者所青睞。潘際雲有詩雲：「細雨無塵駕小車，廠橋東畔晚行徐。奚童(按：奚童指未成年的男僕)私向輿夫語，莫典春衣又買書。」描述了這裡對讀書人的魅力。
大師這次在琉璃廠有重大收獲，在一家書店裡發現兩部清世宗撰著的《揀魔辨異錄》，大師把它們都請了回去。《揀魔辨異錄》是一本什麼樣的書呢?大師為什麼這么重視這本書呢?原來這本書與禪宗歷史上一件大事有關。晚明時期的禪宗漢月法藏禪師(1573—1635)雖嗣法密雲圓悟禪師(1566—1642)，然而又自稱得心於宋朝高峰原妙(1238—1259)，印法於寂音(1071—1295)，主張古今可遙相嗣法。其著作《五宗原》，認為「威音王佛之圓相早具五家宗旨」。其門人潭吉弘忍也作《五宗救》，論證他們倡導的法門「宗旨」，是從上六祖五宗世代相傳的真正「法乳」。其師密雲禪師反對他們的觀點，師徒關於「臨濟宗旨」的論辯，引起禪門諸家諍論不已。清世宗雍正皇帝也是禪門的大師，至雍正十一年，他選編歷代禪師的語錄，全面了解到法藏及其徒弟的訛妄，就下令將《五宗原》毀板，並禁止私藏流通。他摘錄法藏、弘忍、具德所說，悖道悖倫，妄造悖理之各語言八十餘段，一一批駁，名為《揀魔辨異錄》。印光大師贊同雍正皇帝的觀點，認為《揀魔辨異錄》的文字，凡讀書人讀了，都能夠增長莫大的學識。而對於參禪之人更為有益。認為法藏法師乃佛法中怨，最初親近天童密雲悟祖，得小悟處，便想當千古第一高人，自以為無師自悟。密雲要給他傳法，他不肯接受就離開。密雲祖師追上他，他還不肯受法。雲祖勉強要他接法，他就以三玄三要要求密雲祖師回答，之後才勉強接受了密雲祖師的傳法。法藏所說的事，都是妄造。士大夫信奉他就像信奉活佛一樣。有談及法藏缺點者，必有大禍。
大師請到的兩部《揀魔辨異錄》，一部送給了諦閑法師，希望他幫助流通。一部自己留著。後來聽說日本弘教書院印大藏經，大師去南京拜訪楊仁山居士的時候，就托楊居士把自己保存的那部《揀魔辨異錄》送給日本入藏。後來大師自己仔細校訂之後，又勸狄楚青居士石印了一千部，再到民國七年，又在揚州藏經院刻印流通。
大師和諦閑法師一起護送大藏經到頭陀寺，走水路，到達溫州剛登岸的時候，碰到天氣突變，雷電大作，將要下大雨。為了不讓藏經受到污損。兩位大師虔誠祝禱，以冀龍天護佑。一面又多僱工人搬運。經過數小時，終於把裝大藏經的箱子都運到了頭陀寺。等到全部大藏經剛進大殿的時候，大雨就傾盆而下了。當時路邊有很多信眾在路邊迎候觀看，都說感應不虛，不可思議。大師幫忙把大藏經在藏經樓安頓好了以後，仍回到普陀山法雨寺。
