民國十一年(1922年)陰曆十月，印光大師再次來到南京。適值馮夢華、魏梅蓀與王幼農、龐性存等居士，妙蓮法師，心凈法師等出家師父，以殺劫彌漫，思為挽救，商量購買方峻生先生位於三汊河地區的方家大圩後庄若干畝地，籌備建立法雲寺念佛放生道場。按照印光大師的看法，在國困民窮、政治動盪的時期建立新的寺院，前景是不樂觀的，但不忍拂諸大善士的發心，所以不僅沒有反對，而且力所能及地加以贊助提倡。大師當即把鄧契之供養的一百元捐給了建廟基金。
大家商議，邀請印光大師為發起人，請大師撰《金陵三汊河法雲寺放生池疏》，一則募緣，二則普勸一切人戒殺放生。大師撰寫出來後，魏梅蓀居士請人刻板出了單行本，普遍流通。疏文贊「金陵為文獻之邦，素稱佛國。其地之人，多有大乘根性。」略述歷代高僧弘法及顏魯公放生護生懿行。談建放生池緣起，最後說：「須知放生原為戒殺，戒殺必從吃素始。倘人各戒殺，人各吃素。則家習慈善，人敦禮義。俗美風淳，時和年豐。何至有刀兵劫起，彼此相戕之事乎。此挽回天災人禍，正本清源之要務也。凡有欲家門清泰，身心康寧，天下太平，人民安樂者。請皆於戒殺放生吃素念佛中求之，則求無不得矣。」
經與方峻生兄弟商議，購買其後莊田地面積約一百五十畝，地價議定大洋一萬零五百元，方峻生昆仲難舍能舍，慷慨同意以五千元作功德。請求將祖先和父母的牌位，永遠供在念佛堂，以期仗佛慈力，接引往生，用報親恩。
關於道場的章程，按照印光大師的提議，將作為專修凈業道場。長年念佛，每日功課與普通打佛七同。分別請南京羊皮巷觀音庵住持妙蓮和尚和當家心凈法師擔任住持和當家。道場的名字效法凈宗八祖蓮池大師的道場雲棲寺，所以取名為法雲寺。大師給魏梅蓀居士的信中談到：「閣下以法雲為寺名，其用意甚深。竊念法雲寺，已成江南第一慈善道場，當獨行一法，不與諸方相同。一，不剃度，二，不傳法，所有住持，唯賢是取。亦不問是臨濟，曹洞，天台，賢首，但須篤信凈土法門，言行相應即可。其住持論次數，不論世代。乃大公無私之道場，非如傳剃度，傳法徒之涉於專私之范圍也。」
臘月，法雲寺開工，掘池墊基，次年蓋蓮舍，及用屋十餘間。挖掘池塘九面，可以分類放生各種水族，免致魚賊害魚。
民國十二年陰曆八月，法雲寺念佛放生道場初具規模，應魏梅蓀居士邀請，高鶴年居士陪大師赴南京參加了慈幼院法雲寺放生池開幕典禮。當時南京名流皈依者眾，大師方便說法，契理契機，闡述因果和凈土，由此放大光明，大眾紛紛解囊相助，功德不可思議。
法雲寺成立後，護法諸公又提議附設了佛教慈幼院，收養教育孤兒，設立慈悲醫室，備有中、西醫葯，專為貧苦病人免費診治。
注釋：
[1] 妙蓮法師：生卒年份不詳。大約民國11年之後，擔任南京羊皮巷觀音庵住持。觀音庵建於明末原稱桓因寺，清季洪楊亂後，永固長老恢復。民國三年密盡法師住持，附設佛經流通處。民國十九年秋駐軍。1937年日軍佔領南京時被毀。民國二十八年夏歷七月妙蓮法師募緣重修。妙蓮法師熱心公益，對於護教事務多方奔走，兼任南京三汊河法雲寺住持。民國十三年刻印印光大師所校正的《觀無量壽佛經善導疏》。印光大師贊其「性情純篤」、「頗有老成氣概」。
[2]心凈法師(1890—1942)，湖北天門人。自幼出家，受具後朝禮名山，遍參知識。在寧波阿育王寺，曾燃二指，供養舍利。心凈法師聞知印光大師創立放生念佛道場的發心，與自己本願相投，便慨然應承，擔當此事一切籌辦的任務。
